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新しいウイルスのゲノムを発見する感染葉からの RNA の解析とウイルス粒子粗抽出 DNA の結合解析
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Journal JoVE Immunologie et infection
Combining Analysis of DNA in a Crude Virion Extraction with the Analysis of RNA from Infected Leaves to Discover New Virus Genomes
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新しいウイルスのゲノムを発見する感染葉からの RNA の解析とウイルス粒子粗抽出 DNA の結合解析

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•

08:56 min

•

July 27, 2018

DOI:

10.3791/57855-v

DOI:
10.3791/57855-v

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08:56 min
July 27, 2018

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1Texas A&M Agrilife Center at Dallas, 2Noble Research Center,Oklahoma State University, 3Department of Biology, College of Engineering and Natural Sciences,The University of Tulsa, 4Bioinformatics and Genomics Core Facility, Department of Biochemistry and Molecular Biology,Oklahoma State University

Summary

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二本鎖 DNA のゲノムを持つ植物ウイルスを識別するために新しいアプローチをご紹介します。我々 は感染葉から DNA や RNA を抽出し、次世代シーケンシングを行う標準的な方法を使用します。Bioinformatic ツールは、コンティグにシーケンスを組み立てる、ウイルスのゲノムを表すコンティグを識別し、分類グループにゲノムを割り当てます。

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DNA AnalysisCrude Virion ExtractionRNA AnalysisInfected LeavesNew Virus GenomesEnvironmental VirologyBadnavirusesHomogenizationDifferential CentrifugationBio-analyzerLaboratory ProtocolLeaf GrindingUreaDetergentCentrifugationPellet SeparationVirus PurificationDNA Sequencing

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Verchot, J., Thapa, A., Wijayasekara, D., Hoyt, P. R. Combining Analysis of DNA in a Crude Virion Extraction with the Analysis of RNA from Infected Leaves to Discover New Virus Genomes. J. Vis. Exp. (137), e57855, doi:10.3791/57855 (2018).

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