Summary

Profilering van vetzuur 13C Isotopologue geeft inzicht in de trofische Carbon overdracht en lipide metabolisme van ongewervelde consumenten

Published: April 17, 2018
doi:

Summary

Het vetzuur trofische marker aanpak, dat wil zeggen, de assimilatie van vetzuren als hele molecuul en transfer in consument weefsel met geen of een kleine wijziging, wordt gehinderd door lacunes in de kennis in de vetzuurstofwisseling van kleine bodem-ongewervelde dieren. Isotopologue profilering wordt geleverd als een waardevol instrument te ontwarren trofische interacties.

Abstract

Vetzuren (FAs) zijn nuttig biomarkers in voedselweb ecologie, omdat ze meestal als een volledige molecuul geassimileerd en naar weefsel van de consument met klein of geen wijziging verplaatst, waardoor de voeding routeren tussen verschillende trofische niveaus. De FA trofische marker aanpak wordt echter nog steeds belemmerd door de beperkte kennis in lipide metabolisme van de fauna van de bodem. Deze studie gebruikt volledig gelabelde palmitinezuur (13C16:0, 99% van het Atoom) als een tracer in vetzuur metabolisme trajecten van twee brede bodem Collembola, Protaphorura fimata en Heteromurus nitidus. Om te onderzoeken het lot en metabole wijzigingen van deze voorloper, wordt een methode van isotopologue profilering gepresenteerd, wordt uitgevoerd door de Spectrometrie van de massa, met behulp van enkele ion monitoring. Bovendien, de upstream laboratorium experiment voeding wordt beschreven, evenals de extractie en de methylering van dominante lipide breuken (neutrale lipiden, fosfolipiden) en de verwante formule en berekeningen. Isotopologue profileren niet alleen opbrengst de algehele 13C verrijking in vetzuren is afgeleid van het 13C-label voorloper maar produceert ook het patroon van isotopologues meer dan de massa van de bovenliggende ion (dat wil zeggen, het molecuulion FA M+) van elk label FA door één of meer massa eenheden (M+ 1M+ 2M+ 3, enz.). Deze kennis kan conclusies over de verhouding van het dieet routering voor een volledig verbruikt FA in vergelijking met DOVO biosynthese. De profilering van de isotopologue wordt voorgesteld als een nuttig instrument voor de beoordeling van de vetzuurstofwisseling in bodem dieren te ontwarren trofische interacties.

Introduction

In een cryptische habitat zoals bodem, trofische relaties zijn moeilijk te pakken en verder worden beperkt door de geringe omvang van de fauna. Het laatste decennium heeft gezien van vooruitgang in de biochemische ecologie, met name in het gebruik van vetzuren als biomarkers voor het definiëren van de strategieën van de voeding van de fauna van de bodem onder veld voorwaarden1,2,3. Dit is gebaseerd op het feit dat de vetzuren uit bronnen kunnen worden opgenomen in het weefsel van de consument als hele moleculen, een proces genoemd dieet routering4. Overdracht van vetzuren is gemeld over drie trofische niveaus, dat wil zeggen, van schimmels aan nematoden Collembola5. Onlangs, de roofzuchtige fauna werd beschouwd als6,7 en de eerste recensies over vetzuren als trofische markeringen in bodem voedsel webs zijn gepubliceerde8,9.

Meer gedetailleerde informatie over trofische interacties wordt bereikt door stabiele isotoop vetzuur sonderen (FA-SIP). De bepaling van 13C /12C verhoudingen in vetzuren in de voeding en consumenten kan toeschrijven binaire koppelingen en schatten de bijbehorende koolstof-stroom, en heeft gewerkt in terrestrische, zoetwater en mariene voedsel webs10,11 ,12,13. Het uitgangspunt is dat dieet gerouteerde vetzuren geen enzymatische processen gelden; daarom hun 13C signaal, dat wil zeggen, de 13C /12C verhouding van het vetzuur, de consument is vergelijkbaar met die in de voeding1. Een geleidelijke uitputting van de handtekening van de 13C in de voedselketen is echter gemeld in aquatische systemen, waardoor het belemmeren van brede toepassing van FA-SIP in trofische studies14,15,16. Kennis in het lipide-metabolisme in de meeste ongewervelden in terrestrische levensmiddelen webs is bovendien nog beperkt.

Een goed begrip van de lipide metabolisme trajecten in consumenten is essentieel voor het gebruik van trofische marker vetzuren als middel voor de bepaling van de stroom van de kwantitatieve koolstof in voedselweb ecologie. Met dit in gedachten, 13C-isotopologue profilering, welke in principe kan worden toegepast voor onderzoek naar het metabolisme van de koolstof van een biologisch systeem17, is een veelbelovende methode. Na de invoering van een 13C-gelabelde koolstof substraat, de verdeling van de 13C in het metabolische netwerk is sinds de gegenereerde stofwisselingsproducten in de show van de consument een specifieke isotopologue distributie traceerbaar. Dit kan worden geëvalueerd door kwantitatieve nucleaire metabole resonantie spectroscopie18,19 of massaspectrometrie20,21, met de laatste favoriet in biologische monsters met lage biomassa als gevolg van de hogere gevoeligheid.

Hoewel isotopologue profilering is met succes toegepast op aminozuren en verstrekt inzicht in het metabolisme van koolstof in vivo bacteriële pathogenen17,22,23, de implementatie ervan in vetzuren zuren is achtergebleven. De eerste gedetailleerde analyse over het lot van een stabiele isotoop geëtiketteerd voorloper vetzuur, haar dieet routering of afbraak via β-oxidatie, in de bodem-ongewervelde consumenten, werd onlangs uitgevoerd door Menzel et al. 24. hier, de methodologische basis voor opneming experimenten met 13C gemerkte vetzuren gevolgd door isotopologue analyse van belangrijke nakomelingen in frequente bodem-ongewervelde dieren, de Collembola, worden verstrekt. Deze microarthropods zijn een goed Modelgroep als zij belangrijke onderdelen van de bodem voedselweb en zijn goed onderzocht voor hun trofische marker vetzuren8,25 vormen.

Een goed begrip van de lipide metabolisme trajecten in consumenten is essentieel voor het gebruik van trofische marker vetzuren als middel voor de bepaling van de stroom van de kwantitatieve koolstof in voedselweb ecologie. Dit protocol geeft de ontwerp en instellen voor een laboratorium voederen van experiment, en de biochemische procedures voor extractie en methylatie van dominante lipiden breuken (neutrale lipiden, fosfolipiden) van de Collembola. Het toont hoe de samenstelling van de isotopologue van vetzuren wordt geanalyseerd door de Spectrometrie van de massa en beschrijft de verwante formule en berekeningen. Deze procedure resulteert in: (i) de ratio’s van isotopologues meer dan de massa van de bovenliggende ion (dat wil zeggen, het molecuulion vetzuur M+) door een of meer massa-eenheden (M+ 1M+ 2M+ 3, enz.) en (ii) de totale 13 C verrijking in vetzuren is afgeleid van het 13C-gelabelde voorloper. Hoewel gebruikt voor Collembola, kan deze aanpak in het algemeen worden toegepast op enige andere interactie van predator en prooi op de vooronderstelling dat deze culturable in voldoende hoeveelheid onder gecontroleerde omstandigheden om een succesvolle label opname en de daaropvolgende verificatie.

Protocol

Het beschreven protocol valt niet onder de bevoegdheid van Animal ethiek. Echter, wanneer mensen de beschreven protocollen bij hogere dieren passen, zorgen dat de institutionele dier-ethische commissie goedgekeurd het protocol voor dierlijk behandeling. 1. teelt van dieren Opmerking: Al uitgelegd experimentele stappen zijn gebaseerd op gevestigde protocollen26,27,28. Biotests…

Representative Results

Verse gewicht en lipide inhoud van CollembolaIn de loop van de beschreven experiment veranderde de inhoud van NLFAs en PLFAs niet aanzienlijk na verloop van tijd, overwegende dat het verse gewicht van specimens licht maar niet aanzienlijk24 gestegen. Beide parameters geven een goed niveau van fysieke fitheid van de specimens van de Collembola. Wees ervan bewust te onderzoeken Collembola van verse gewicht en lipide inhoud gedurende het gehele ex…

Discussion

Isotopologue profielen

Een gedetailleerde analyse van de kwantitatieve aspecten in 13C distributie in FAs moet randtechnologie toewijzen van koolstof partitioneren in voedsel webs. Het huidige werk werkzaam isotopologue profielen om te beoordelen van de 13C /12C verhoudingen in gemeenschappelijke FA biomarkers voor tropic interacties. Deze methode is een gevestigde aminozuur p.a. door vloeistofchromatografie (LC-MS) en onderzoeken van het metab…

Acknowledgements

De financiële steun van R. Menzel en L. Ruess door de Deutsche Forschungsgemeinschaft (RU RU780/11-1) wordt dankbaar erkend. R. Nehring werd gefinancierd door RU 780/10-1. Tot slot zijn wij zeer dankbaar aan Dr Hazel Ruvimbo Maboreke voor proeflezen van onze manuscript.

Materials

neoLab-Round jars neoLab 2-1506 69 x 40 mm, 10 pacs/pack
Charcoal activated Carl Roth X865.1 p.a., powder, CAS No. 7440-44-0
Alabaster Dental RÖHRICH-GIPSE http://www.roehrich-gipse.de/dentalgipse.php
Chloroform Carl Roth 7331.1 HPLC ≥ 99,9 %
Methanol Carl Roth P717.1 HPLC ≥ 99,9 %
Hexan Carl Roth 7339.1 HPLC ≥ 98 %
tert-Butyl methyl ether (MTBE) Carl Roth T175.1 HPLC ≥ 99,5 %
Aceton Carl Roth 7328.2 HPLC ≥ 99,9 %
NaOH Carl Roth 6771.1 p.a. ≥99 %, in pellets
di-Natriumhydrogenphosphat Carl Roth P030.1 p.a. ≥99 % , water free
Na-dihydrogenphosphat Dihydrat Carl Roth T879.1 p.a. ≥99 %
Hypochloric acid (6 N) VWR International 26,115,000 AVS TITRINORM vol. solution
Bond Elut (Columns) Agilent Tech. 14102037 HF Bond Elut-SI, 500 mg, 3 mL, 50/PK
Präparatengläser Duran Glasgerätebau Ochs 135215 Ø 16 x 100 mm, plus screw cap with handy knurl and integrated PTFE/silicone gasket
Supelco 37 Component FAME Mix Sigma-Aldrich 47885-U Supelco 10 mg/mL in methylene chloride, analytical standard
FlowMesh Carl Roth 2796.1 Polypropylene mesh, approximately 0.3 mm thick, with 1 mm strand spacing
Bacterial Acid Methyl Ester (BAME) Mix Sigma-Aldrich 47080-U Supelco 10 mg/mL in methyl caproate, analytical standard
Methyl nonadecanoate Sigma-Aldrich 74208 analytical standard ≥ 98.0 %
Hexadecanoic acid-1-13C (Palmitic) Larodan Fine Chemicals 78-1600 GC ≥ 98.0 % (13C: 99.0 %)
RVC 2-25 CDplus Martin Christ Gefrier-trocknungsanlagen Compact benchtop midi concentrator
Alpha 2-4 LDplus Martin Christ Gefrier-trocknungsanlagen Drying manifold
MZ 2C NT Vacuubrand GMBH Vacuum pump
Roto-Shake Genie Scientific Industries Combined rocking and rotating device
XP64 Micro Comparator Mettler Toledo Super high precision balance
GC-System 7890A Agilent Tech. Gas chromatograph
7000 GC/MS Triple Quad Agilent Tech. Triple Quad mass spectrometer
7683B Series Injector Agilent Tech. Sample injector
Heraeus Multifuge 3SR+ Thermo Scientific Centrifuge with 10 ml tube rotor

References

  1. Ruess, L., et al. Application of lipid analysis to understand trophic interactions in soil. Ecology. 86 (8), 2075-2082 (2005).
  2. Ruess, L., et al. Lipid composition of Collembola and their food resources in deciduous forest stands – Implications for feeding strategies. Soil Biology and Biochemistry. 39 (8), 1990-2000 (1990).
  3. Chamberlain, P. M., Bull, I. D., Black, H. I. J., Ineson, P., Evershed, R. P. Fatty acid composition and change in Collembola fed differing diets: identification of trophic biomarkers. Soil Biology and Biochemistry. 37 (9), 1608-1624 (2005).
  4. Stott, A. W., Davies, E., Evershed, R. P., Tuross, N. Monitoring the routing of dietary and biosynthesised lipids through compound-specific stable isotope (delta C-13) measurements at natural abundance. Naturwissenschaften. 84 (2), 82-86 (1997).
  5. Ruess, L., Haggblom, M. M., Langel, R., Scheu, S. Nitrogen isotope ratios and fatty acid composition as indicators of animal diets in belowground systems. Oecologia. 139 (3), 336-346 (2004).
  6. Pollierer, M. M., Scheu, S., Haubert, D. Taking it to the next level: Trophic transfer of marker fatty acids from basal resource to predators. Soil Biology and Biochemistry. 42 (6), 919-925 (2010).
  7. Ferlian, O., Scheu, S., Pollierer, M. M. Trophic interactions in centipedes (Chilopoda, Myriapoda) as indicated by fatty acid patterns: Variations with life stage, forest age and season. Soil Biology and Biochemistry. 52, 33-42 (2012).
  8. Ruess, L., Chamberlain, P. M. The fat that matters: Soil food web analysis using fatty acids and their carbon stable isotope signature. Soil Biology and Biochemistry. 42 (11), 1898-1910 (2010).
  9. Traugott, M., Kamenova, S., Ruess, L., Seeber, J., Plantegenest, M. Empirically characterising trophic networks: What emerging DNA-based methods, stable isotope and fatty acid analyses can offer. Adv Ecol Res. 49, 177-224 (2013).
  10. Hammer, B. T., Fogel, M. L., Hoering, T. C. Stable carbon isotope ratios of fatty acids in seagrass and redhead ducks. Chemical Geology. 152 (1-2), 29-41 (1998).
  11. Budge, S. M., Iverson, S. J., Koopman, H. N. Studying trophic ecology in marine ecosystems using fatty acids: A primer on analysis and interpretation. Marine Mammal Science. 22 (4), 759-801 (2006).
  12. Haubert, D., et al. Trophic structure and major trophic links in conventional versus organic farming systems as indicated by carbon stable isotope ratios of fatty acids. Oikos. 118 (10), 1579-1589 (2009).
  13. Ngosong, C., Raupp, J., Richnow, H. H., Ruess, L. Tracking Collembola feeding strategies by the natural 13C signal of fatty acids in an arable soil with different fertilizer regimes. Pedobiologia. 54 (4), 225-233 (2011).
  14. Bec, A., et al. Assessing the reliability of fatty acid-specific stable isotope analysis for trophic studies. Methods in Ecology and Evolution. 2 (6), 651-659 (2011).
  15. Gladyshev, M. I., Makhutova, O. N., Kravchuk, E. S., Anishchenko, O. V., Sushchik, N. N. Stable isotope fractionation of fatty acids of Daphnia fed laboratory cultures of microalgae. Limnologica. 56 (Supplement C. 56 (Supplement C), 23-29 (2016).
  16. Gladyshev, M. I., Sushchik, N. N., Kalachova, G. S., Makhutova, O. N. Stable isotope composition of fatty acids in organisms of different trophic levels in the Yenisei river. PLoS One. 7 (3), e34059 (2012).
  17. Eisenreich, W., Dandekar, T., Heesemann, J., Goebel, W. Carbon metabolism of intracellular bacterial pathogens and possible links to virulence. Nature Reviews Microbiology. 8 (6), 401-412 (2010).
  18. Eylert, E., Bacher, A., Eisenreich, W. NMR-based isotopologue profiling of microbial carotenoids. Methods Mol Biol. 892, 315-333 (2012).
  19. Garton, N. J., O’Hare, H. M. Tuberculosis: feeding the enemy. Chemical Biology. 20 (8), 971-972 (2013).
  20. Rosenblatt, J., Chinkes, D., Wolfe, M., Wolfe, R. R. Stable isotope tracer analysis by GC-MS, including quantification of isotopomer effects. Am J Physiol. 263 (3), E584-E596 (1992).
  21. Fernandez, C. A., Des Rosiers, C., Previs, S. F., David, F., Brunengraber, H. Correction of 13C mass isotopomer distributions for natural stable isotope abundance. J Mass Spectrom. 31 (3), 255-262 (1996).
  22. Heuner, K., Eisenreich, W. The intracellular metabolism of legionella by isotopologue profiling. Methods Mol Biol. 954, 163-181 (2013).
  23. Willenborg, J., et al. Characterization of the pivotal carbon metabolism of Streptococcus suis serotype 2 under ex vivo and chemically defined in vitro conditions by isotopologue profiling. J Biol Chem. 290 (9), 5840-5854 (2015).
  24. Menzel, R., Ngosong, C., Ruess, L. Isotopologue profiling enables insights into dietary routing and metabolism of trophic biomarker fatty acids. Chemoecology. 27 (3), 101-114 (2017).
  25. Buse, T., Ruess, L., Filser, J. New trophic biomarkers for Collembola reared on algal diets. Pedobiologia. 56 (3), 153-159 (2013).
  26. Hutson, B. R. Effects of variations of the plaster-charcoal culture method on a Collembolan, Folsomia candida. Pedobiologia. 18, 138-144 (1978).
  27. Fountain, M. T., Hopkin, S. P. Folsomia candida (Collembola): a "standard" soil arthropod. Annu Rev Entomol. 50, 201-222 (2005).
  28. ISO, I. O. f. S. . Soil Quality-Inhibition of reproduction of Collembola (Folsomia candida) by soil pollutants. , (1999).
  29. Welch, D. F. Applications of cellular fatty acid analysis. Clin Microbiol Rev. 4 (4), 422-438 (1991).
  30. Dodds, E. D., McCoy, M. R., Rea, L. D., Kennish, J. M. Gas chromatographic quantification of fatty acid methyl esters: flame ionization detection vs. electron impact mass spectrometry. Lipids. 40 (4), 419-428 (2005).
  31. Kuppardt, S., Chatzinotas, A., Kastner, M. Development of a fatty acid and RNA stable isotope probing-based method for tracking protist grazing on bacteria in wastewater. Appl Environ Microbiol. 76 (24), 8222-8230 (2010).
  32. Zhang, X., He, H., Amelung, W. A GC/MS method for the assessment of 15N and 13C incorporation into soil amino acid enantiomers. Soil Biology and Biochemistry. 39 (11), 2785-2796 (2007).
  33. Vetter, W., Thurnhofer, S. Analysis of fatty acids by mass spectrometry in the selected ion monitoring mode. Lipid Technol. 19 (8), 184-186 (2007).
  34. Thurnhofer, S., Vetter, W. A gas chromatography/electron ionization-mass spectrometry-selected ion monitoring method for determining the fatty acid pattern in food after formation of fatty acid methyl esters. J Agric Food Chem. 53 (23), 8896-8903 (2005).
  35. Haubert, D., Haggblom, M. M., Scheu, S., Ruess, L. Effects of fungal food quality and starvation on the fatty acid composition of Protaphorura fimata (Collembola). Comparative Biochemistry and Physiology B-Biochemistry & Molecular Biology. 138 (1), 41-52 (2004).

Play Video

Citer Cet Article
Menzel, R., Nehring, R., Simsek, D., Ruess, L. Fatty Acid 13C Isotopologue Profiling Provides Insight into Trophic Carbon Transfer and Lipid Metabolism of Invertebrate Consumers. J. Vis. Exp. (134), e57110, doi:10.3791/57110 (2018).

View Video