Back to chapter

5.7:

Частица ядра нуклеосомы

JoVE Core
Biologie moléculaire
Un abonnement à JoVE est nécessaire pour voir ce contenu.  Connectez-vous ou commencez votre essai gratuit.
JoVE Core Biologie moléculaire
The Nucleosome Core Particle

Langues

Diviser

Частица ядра нуклеосомы состоит из октамера, который содержит четыре вида гистонов, и окружен левосторонней катушкой ДНК. Частицы ядра нуклеосомы играют важную роль в функции ДНК путем контроля уплотнения структуры ДНК и хроматина. Эта роль настолько важна, что гистоны являются одними из самых высокоплотных белков в эукариотах, от гороха, до коров и других организмов.Например, есть только две различные аминокислоты из 102 для гистонов H4 растений гороха, и коровы. У этих четырёх видов гистонов, которые образуют частицу ядра нуклеосомы H2A, H2B, H3, и H4, некоторые характеристики совпадают. Во-первых, они все малы, и содержат не более 135-ти аминокислот.Во-вторых, они имеют общий структурный мотив, гистонную складку. Гистонная складка состоит из трех альфа-спиралей, соединенных двумя петлями. Когда частицы ядра нуклеосомы собираются вместе, гистоные складки связываются друг с другом сначала во взаимодействии, которое описывается как рукопожатие, формируя два димера H2A, H2B и два димера H3, H4.После этого димеры H3, H4 образуют тетрамер, который далее формирует октамер частицы ядра нуклеосомы с помощью димеров H2A, H2B.Структура этотого гистонного октамера порождает обширные взаимодействия между гистонами, и намотанной вокруг них ДНК. Имеется более 100 водородных связей между гистонами и ДНК нуклеосомного ядра. И многие из них находятся между ними аминокислотные основами гистонов и сахаро-фосфатным остовом ДНК.Наконец, многие из аминокислот в каждом гистоне ядра это лизин или аргинин, которые имеют положительные заряды, эффективно нейтрализующие отрицательно заряженную основу ДНК.

5.7:

Частица ядра нуклеосомы

Нуклеосомы — это комплекс ДНК-гистон, в котором нить ДНК намотана на гистоновый кор. Гистоновый кор представляет собой октамер, содержащий по две копии гистоновых белков H2A, H2B, H3 и H4.

Парадокс

Нуклеосомы, как это ни парадоксально, выполняют две противоположные функции одновременно. С одной стороны, их основная задача – защитить хрупкие нити ДНК от физического повреждения и помочь достичь более высокого коэффициента упаковки. С другой стороны, они должны позволить ферментам полимеразы получить доступ к ДНК, связанной с гистонами, для репликации и транскрипции. Механизм, с помощью которого нуклеосомы решают эти две проблемы, заключается в частичном разворачивании ДНК из нуклеосом или модификациях гистоновых белков.

Структура кора

Белки гистонового кора имеют общий структурный мотив, называемый “гистоновой складкой”, и обладают подвижной расширенной хвостовой частью. Гистоновая складка состоит из альфа-спиралей и петель. Во время димеризации гистонов петли двух гистоновых белков выравниваются вместе, образуя гистоновый димер.

Каждый гистон связывается с тремя последовательными малыми бороздками ДНК. Альфа-спираль и N-концевой хвост каждого гистонового белка играют решающую роль в связывании с ДНК. Следовательно, любые химические модификации гистонового хвоста могут изменять сборку и функциионирование хроматина. Некоторые из наиболее распространенных модификаций гистонов включают ацетилирование, метилирование и фосфорилирование.

Варианты гистонов

Гистоновые белки имеют различные изоформы, или варианты, такие как H2A.1, H2A.2, H2A.X, H3.3 или CENP-A. Эти варианты различаются своими аминокислотными последовательностями и выполняют разные функции. Нуклеосомы с вариантами гистонов значительно более подвижны, чем обычные нуклеосомы. Например, показано, что включение H2A.Z в нуклеосому активирует транскрипцию.

Suggested Reading

  1. Ramaswamy, Amutha, Ivet Bahar, and Ilya Ioshikhes. "Structural dynamics of nucleosome core particles: comparison with nucleosomes containing histone variants." PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics 58, no. 3 (2005): 683-696.
  2. David Goodsell. "Nucleosome," PDB-101, Published July 2000, Accessed September 18, 2020. 0.2210/rcsb_pdb/mom_2000_7.
  3. Bowman, Gregory D. "Mechanisms of ATP-dependent nucleosome sliding." Current opinion in structural biology 20, no. 1 (2010): 73-81.