A digestão de proteínas começa primariamente no estômago. O ambiente altamente ácido que pode quebrar a estrutura proteica expondo as ligações de peptídeos dentro de uma cadeia polipeptídica. Por exemplo, a enzima estomacal pepsina quebra as ligações para formar fragmentos menores de peptídeos, cadeias menores de aminoácidos. À medida que os peptídeos se movem para o duodeno, a entrada de quimo ativa várias outras enzimas, como a tripsina, que continuam a quebrar as ligações peptídicas criando uma variedade de peptídeos ainda menores. A superfície epitelial do intestino delgado secreta várias proteases que são enzimas que quebram cadeias curtas de peptídeos em aminoácidos individuais. Esses aminoácidos são então absorvidos na corrente sanguínea onde podem ser carregados por todo o corpo e usados para síntese proteica ou transportados para o fígado onde são usados para produzir energia.