Eiwitvertering begint in de maag, waar de zeer zure omgeving de eiwitstructuur gemakkelijk kan verstoren door de peptidebindingen van polypeptideketens bloot te leggen. Nadat polypeptideketens door een reeks spijsverteringsenzymen in afzonderlijke aminozuren zijn gebroken, worden de aminozuren via de bloedbaan naar de lever getransporteerd om energie te produceren.
Pepsine is een protease, of eiwitverterend enzym, dat in de maag wordt geproduceerd en een van de belangrijkste spijsverteringsenzymen in het menselijke spijsverteringsstelsel is. In combinatie met chymotrypsine en trypsine, die vrijkomen in de dunne darm, verbreekt pepsine de verbindingen tussen specifieke soorten aminozuren om kortere polypeptideketens te vormen. Andere enzymen, peptidasen genaamd, splitsen vervolgens één aminozuur af van de uiteinden van deze polypeptideketens. De dunne darm kan de afgesplitste aminozuren gemakkelijk opnemen.
De lever speelt een essentiële rol bij de stofwisseling van eiwitten. Levercellen veranderen verteerde aminozuren uit de dunne darm zodat ze kunnen worden gebruikt om energie te produceren of om koolhydraten en vetten te maken. Een bijproduct van dit proces is een giftige stof, ammoniak genaamd, die door de lever vervolgens wordt omgezet in een veel minder giftige stof die ureum wordt genoemd. Ureum wordt vervolgens in het bloed afgegeven en naar de nieren getransporteerd. De nieren scheiden ureum uit via de urine.
