يبدأ هضم البروتين في المقام الأول في المعدة،وهي البيئة الحمضية القوية التي يمكن أن تعطّل بنية البروتين،وتكشف روابط الببتيد داخل سلسلة متعددة الببتيد. فمثلاًيكسر بيبسين أنزيم المعدة الروابط ليشكّل أجزاء أصغر من الببتيد،سلاسل أقصر من الأحماض الأمينية. عندما تنتقل الببتيدات إلى الاثني عشر،ينشّط دخول الأجسام العديد من الإنزيمات الأخرى مثل التربسين،والتي تستمر في تفتيت روابط الببتيد،مما يخلق مجموعة متنوعة من الببتيدات الأقصر.يفرز السطح الظهاري للأمعاء الدقيقة عدة ببتيداز،وهي إنزيمات تغيّر سلاسل الببتيد القصيرة إلى أحماض أمينية فردية. ثم يتم امتصاص هذه الأحماض الأمينية في مجرى الدم حيث يمكن حملها في جميع أنحاء الجسم لاستخدامها في تركيب البروتين أو نقلها إلى الكبد حيث يتم استخدامها لإنتاج الطاقة.