Journal
/
Genética
/
En virtual machine-platform til ikke-computerfolk til brug af deep learning til at klassificere biologiske sekvenser af metagenomiske data
JoVE Revista
Genética
Author Produced
Se requiere una suscripción a JoVE para ver este contenido.  Inicie sesión o comience su prueba gratuita.
JoVE Revista Genética
A Virtual Machine Platform for Non-Computer Professionals for Using Deep Learning to Classify Biological Sequences of Metagenomic Data

En virtual machine-platform til ikke-computerfolk til brug af deep learning til at klassificere biologiske sekvenser af metagenomiske data

DOI:
10.3791/62250-v

•

09:34 min

•

September 25, 2021

•

,
1Microbiome Medicine Center, Department of Laboratory Medicine, Zhujiang Hospital,Southern Medical University, 2Center for Quantitative Biology,Peking University, 3State Key Laboratory of Organ Failure Research,Southern Medical University

Capítulos

  • 00:07Introduction
  • 01:35The Installation of the Virtual Machine
  • 04:11Create Shared Folders and Prepare the Files for the Training Set and Test Set
  • 06:55Digitize the Biological Sequences Using “One‐Shot” Encoding Form
  • 07:27Train and Test the Artificial Neural Network
  • 08:12Result
  • 08:52Conclusion

Summary

Traducción Automática

Traducción Automática

Dette selvstudium beskriver en enkel metode til at konstruere en deep learning-algoritme til udførelse af 2-klasses sekvensklassifikation af metagenomiske data.

Tags

Virtual MachineDeep LearningBiological Sequence ClassificationMetagenomic DataSpecies ClassificationGene Function ClassificationHost ClassificationDeep Learning FrameworkSequence ClassificationVirtualBoxUbuntu

Article

Embed

Añadir a la lista de reproducción

Usage Statistics

Videos relacionados

En robot platform for High-throughput protoplastisolering og Transformation

Forstyrrelser af Cirkulerende miRNA i irritabel tyktarm Opdagede Ved hjælp af en Multiplexed Højkapacitetsforskning Gene Expression Platform

Metagenomisk Analyse af ensilage

Ved hjælp af en GFP-mærket TMEM184A Construct til Bekræftelse af Heparin receptor Identity

Protokoller til C-Brick DNA Standard Assembly ved anvendelse af Cpf1

Robust DNA isoleret og høj overførselshastighed sekventering bibliotek konstruktion til Herbarium prøver

CRISPR/Cas9-medieret målrettede Integration In Vivo ved hjælp af en homologi-medieret End at deltage-baseret strategi

IT analyse af sekvens Data fra Batch gær 2-Hybrid skærme

Høj overførselshastighed identifikation af regulerende gensekvenser ved hjælp af næste generations sekventering af cirkulære kromosom kropsbygning Capture (4C-seq)

En dyb-sekventering-assisteret, spontane Suppressor skærm i Fission gær Schizosaccharomyces pombe

Read Article