以上のタンパク質の半分以上は、電子顕微鏡像および三次元再構成の両方に挑戦している小タンパク質(分子量<200 kDa)のである。最適化されたネガティブ染色は、高いコントラストと異なる生理学的条件下で小さな非対称のタンパク質または複合体の比較的高い解像度(〜1 nm)の画像を得るため、堅牢かつ高スループットのプロトコルである。