Mikrobielle biofilmer er generelt konstituert av distinkte subpopulasjoner av spesialiserte celler. Single-celle analyse av disse subpopulasjoner krever bruk av fluorescerende reportere. Her beskriver vi en protokoll for å visualisere og overvåke flere subpopulationswithin<em> B. subtilis</em> Biofilmer med fluorescens mikroskopi og flowcytometri.