Summary

基于刀豆球蛋白A的沉降测定法,用于测量葡聚糖磷酸酶的底物结合

Published: December 23, 2022
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Summary

该方法描述了一种基于凝集素的 体外 沉降测定,以量化葡聚糖磷酸酶和支链淀粉的结合亲和力。该共沉降测定法对于测量葡聚糖磷酸酶底物结合是可靠的,可应用于各种可溶的葡聚糖底物。

Abstract

葡聚糖磷酸酶属于更大的双重特异性磷酸酶(DSP)家族,可去磷酸化葡聚糖底物,例如动物中的糖原和植物中的淀粉。具有模型葡聚糖底物的葡聚糖磷酸酶的晶体结构揭示了由DSP和碳水化合物结合结构域组成的独特的葡聚糖结合界面。然而,定量测量葡聚糖-葡聚糖磷酸酶与生理相关底物的相互作用对于葡聚糖磷酸酶家族酶的生物学理解和能量代谢的调节至关重要。本手稿报告了一种基于刀豆球蛋白 A (ConA) 的体外沉降测定,旨在检测葡聚糖磷酸酶对不同葡聚糖底物的底物结合亲和力。作为概念验证,测定了葡聚糖磷酸酶拟南淀粉过量4(SEX4)和支链淀粉的解离常数(KD)。SEX4突变体和葡聚糖磷酸酶家族的其他成员的表征进一步证明了该测定法在评估蛋白质 – 碳水化合物相互作用的差异结合方面的实用性。这些数据证明了该测定法适用于表征各种淀粉和糖原相互作用的蛋白质。

Introduction

葡聚糖磷酸酶是蛋白酪氨酸磷酸酶 (PTP) 超家族1 中功能多样化的双重特异性磷酸酶 (DSP) 亚家族的成员。它们存在于大多数生命形式中,包括广泛不同的光合生物、人类、脊椎动物以及一些无脊椎动物和原生生物2,3,4植物含有三种已知的葡聚糖磷酸酶:淀粉过量4(SEX4),Like Four1(LSF1)和Like Four2(LSF2)5,6,7缺乏葡聚糖磷酸酶的植物显示出暂时淀粉降解和淀粉在叶片中积累的速率降低8,9。拉福林是葡聚糖磷酸酶家族的创始成员,该家族使脊椎动物和人类的糖原去磷酸化3,10。拉福林的突变导致神经退行性拉福拉病,这是一种致命的常染色体隐性癫痫形式11。葡聚糖磷酸酶是糖原和淀粉代谢所必需的,并且已成为调节植物淀粉含量和治疗神经退行性Lafora病的重要酶12,13。最近对葡聚糖磷酸酶的X射线晶体学研究与模型葡聚糖底物揭示了底物结合和葡聚糖去磷酸化的催化机制14,15,16,17然而,目前对葡聚糖磷酸酶如何与其生理底物结合的理解是不完整的。

淀粉是由80%-90%支链淀粉和10%-20%直链淀粉18制成的葡萄糖不溶性聚合物。植物葡聚糖磷酸酶的底物是磷酸化的碳水化合物分子,如糖原和淀粉颗粒。磷酸化的葡萄糖基残基以1:600的磷酸:葡萄糖基残基比例存在。有趣的是,磷酸盐仅存在于支链淀粉分子19上。主要植物葡聚糖磷酸酶SEX4作用于淀粉颗粒以去磷酸化支链淀粉分子。SEX4的X射线晶体结构与结构引导的诱变研究相结合,证明了SEX4对葡聚糖结构内不同位置的独特底物特异性15。我们最近表明,SEX4的生物学相关活性只能在作用于其可溶的支链淀粉底物20时观察到。然而,由于底物的结构复杂性、更广泛的结合特异性以及蛋白质与其底物之间的低结合亲和力,理解葡聚糖-SEX4 相互作用已被证明是困难的。这些问题阻碍了利用蛋白质-配体相互作用中常用的方法的能力,例如等温滴定量热法(ITC),核磁共振(NMR)波谱和基于酶联免疫吸附测定(ELISA)的测定。

有趣的是,我们对碳水化合物 – 蛋白质相互作用的大部分理解都来自研究凝集素。刀豆球蛋白A(ConA)是一种豆科凝集素家族,最初是从杰克豆中提取的蛋白质。ConA以高特异性结合碳水化合物,这有利于其在药物靶向和递送应用中的使用。ConA与含有非还原性α-D-甘露糖基和α-D-葡萄糖基的各种底物的结合已被广泛研究19,20。市售ConA结合琼脂糖珠通常用于纯化糖蛋白和糖脂21。ConA通过葡萄糖残基的C3,C4和C6羟基这些葡聚糖结合。ConA-琼脂糖珠也已成功用于测量糖原-蛋白质和淀粉-蛋白质相互作用的结合22,23。在这项研究中,我们使用ConA-琼脂糖珠开发了一种结合测定法,以测量葡聚糖磷酸酶-支链淀粉相互作用的结合特异性。

以前,使用基于ConA的沉降测定来评估葡聚糖磷酸酶底物结合能力14,20,24。在这项研究中,使用相同的策略开发了一种确定葡聚糖-葡聚糖磷酸酶和碳水化合物相互作用的结合亲和力的新方法。该方法在研究各种可溶的碳水化合物-蛋白质相互作用方面也具有优势。

Protocol

1. ConA-琼脂糖珠的制备 制备 250 mL 含有 67 mM HEPES (pH 7.5)、10 mM MgCl 2 和 0.2 mM CaCl2 的结合缓冲液。使用1M NaOH溶液调节pH值。 将 250 μL ConA-琼脂糖珠悬浮液移液到 1.5 mL 微量离心管中。将内容物在4°C下以10,000× g 离心30秒。 弃去上清液。注意:用于测定的每个支链淀粉浓度需要 250 μL 1.5 mL 微量离心管中的 ConA-琼脂糖珠。 向含有 250 μL ConA-…

Representative Results

葡聚糖磷酸酶家族蛋白质的关键特征之一是它们与葡聚糖底物结合的能力。首先,使用SDS-PAGE分析SEX4与ConA-琼脂糖:支链淀粉珠的结合能力(图2A)。牛血清白蛋白(BSA)作为阴性对照,用于检测蛋白质与ConA-琼脂糖:支链淀粉珠的任何非特异性结合。蛋白质的SDS-PAGE分析显示沉淀级分中存在SEX4蛋白,上清液级分中存在BSA。W278A是一种已知的SEX4突变体,具有显着降低的葡聚糖?…

Discussion

这项研究证明了一种新的 体外 沉降测定法的成功开发,该测定法可以测定葡聚糖-葡聚糖磷酸酶相互作用的结合亲和力。该测定设计利用凝集素ConA通过葡萄糖的羟基残基 葡聚糖的特异性结合,间接捕获溶解的碳水化合物底物到琼脂糖珠上。这允许 通过离心分离 结合和未结合的蛋白质级分,并确定可溶的葡聚糖底物和葡聚糖磷酸酶的结合亲和力。发现所有测试的葡聚糖磷?…

Divulgaciones

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

这项研究得到了美国国家科学基金会奖MCB-2012074的支持。作者感谢佛罗里达大学生物化学与分子生物学系的Craig W. Vander Kooi博士的宝贵讨论和支持。作者还感谢佛罗里达大学生物化学和分子生物学系的Matthew S. Gentry博士的支持。我们要感谢斯基德莫尔学院神经科学项目主席Sara Lagalwar博士允许我们使用LICOR C数字印迹扫描仪进行蛋白质印迹成像。

Materials

6x-His Tag monoclonal antibody (HIS.H8), HRP Therm Fisher Scientific MA1-21315-HRP
Biorad gel electrophoresis and Western blot kit Biorad  1703930
Calcium chloride Sigma-Aldrich 208291
C-Digit blot scanner LICOR 3600-00 Blot scanner
Complete protease inhibitor cocktail Sigma-Aldrich 11836170001
Concanavalin A-sepharose beads Sigma-Aldrich C9017 This product contains  in 0.1 M acetate buffer, pH 6, containing 1 M NaCl, 1 mM CaCl2, 1 mM MnCl2, and 1 mM MgCl2 in 20% ethanol 
Centrifuge Eppendorf  5425R
Glycine Fisher Scientific BP381-5
GraphPad Prism 8.0 software GraphPad  Version 8.0 Data analysis software 
HEPES Sigma-Aldrich H8651
Image Studio LICOR 3600-501 Acquisition Software
Magnesium chloride Sigma-Aldrich M2670
Methanol Fisher Scientific A452SK-4
Sodium dodecyl sulfate Fisher Scientific PI28312
Potato amylopectin Sigma-Aldrich A8515
Precast SDSPAGE Gels Genscript M00653S
Tris base Fisher Scientific BP154-1
Tween 20 Fisher Scientific MP1TWEEN201
Westernsure premium chemiluminescence substrate  LI-COR  926-95000

Referencias

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Wolpaw, E. M., Frenett, M. L., Mak, C. A., Zwanger, S. M., Raththagala, M. Concanavalin A-Based Sedimentation Assay to Measure Substrate Binding of Glucan Phosphatases. J. Vis. Exp. (190), e64700, doi:10.3791/64700 (2022).

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