Este protocolo describe los enfoques para la detección y cuantificación de grandes extrusiones de agregados y/o orgánulos (4 m) producidos por células C. elegans en forma de exoferos unidos a la membrana. Describimos las tensiones, las condiciones de crecimiento, los criterios de puntuación, el momento y las consideraciones de microscopía necesarias para facilitar la disección de este mecanismo de expulsión de escombros.
La toxicidad de las proteínas mal pleidas y la disfunción mitocondrial son factores fundamentales que promueven el deterioro neuronal funcional asociado a la edad y la enfermedad neurodegenerativa entre especies. Aunque estos desafíos neurotóxicos se han considerado durante mucho tiempo como intrínseco de las células, la evidencia considerable ahora apoya que las proteínas de enfermedad humana mal pleidas que se originan en una neurona pueden aparecer en las células vecinas, un fenómeno propuesto para promover la propagación de la patología en la enfermedad neurodegenerativa humana.
C. elegans neuronas adultas que expresan proteínas agregantes pueden extruir grandes vesículas rodeadas por membrana (4 m) que pueden incluir la proteína agregada, las mitocondrias y los lisosomas. Estas vesículas grandes se llaman “exoferas” y son distintas de los exosomas (que son aproximadamente 100 veces más pequeñas y tienen diferente biogénesis). La eliminación de desechos celulares en exophers puede ocurrir por un mecanismo conservado que constituye una rama fundamental, pero antes no reconocida, de la proteostasis neuronal y el control de calidad mitocondrial, relevante para los procesos por los cuales los agregados se propagan en enfermedades neurodegenerativas humanas.
Mientras que los exoferores han sido estudiados principalmente en animales que expresan mCherry transgénico de alta copia dentro de las neuronas táctiles, estos protocolos son igualmente útiles en el estudio de la exofergénesis utilizando orgánulos etiquetados fluorescentemente u otras proteínas de interés en varias clases de neuronas.
Aquí se describen las características físicas de los exophers de C. elegans, las estrategias para su detección, los criterios de identificación, el momento óptimo para la cuantificación y los protocolos de crecimiento animal que controlan las tensiones que pueden modular los niveles de producción de exoféros. Juntos, los detalles de los protocolos descritos aquí deben servir para establecer un estándar para el análisis cuantitativo de los exophers en todos los laboratorios. Este documento busca servir como un recurso en el campo para laboratorios que buscan elaborar mecanismos moleculares mediante los cuales se producen los exophers y por los cuales los exopheros son reaccionados por células vecinas y distantes.
Los desafíos neurotóxicos de los agregados y las mitocondrias disfuncionales se han considerado durante mucho tiempo intrínsecos a las células, pero más recientemente se ha puesto de manifiesto que las proteínas de enfermedad humana mal pleidas que se originan en una neurona también pueden propagarse a las células vecinas, promoviendo la patología1. Del mismo modo, las mitocondrias de mamíferos pueden enviarse fuera de la célula de su producción original para la degradación transcelular2 o para el rescate de poblaciones mitocondriales en células vecinas desafiadas3. Generalmente se han observado vesículas de varios tamaños para transferir materiales celulares a células vecinas o a entornos de fluidos4. Algunas vesículas extruidas se acercan al tamaño del soma neuronal promedio (soma de neurona táctil promedio a 6 m) y pueden acomodar grandes agregados y orgánulos.
Un ejemplo llamativo de gran extrusión de vesículas que puede transportar agregados proteicos y orgánulos se produce en las neuronas receptoras táctiles de C. elegans que expresan una construcción de reportero de número alto de copia que codifica un mCherry5nociva propenso a la agregación y resistente a la degradación. Las extrusiones de las neuronas táctiles, llamadas exoferas, tienen un diámetro medio de 4 m, incluyen selectivamente mCherry u otros agregados, y se entregan directamente en la hipodermis vecina, que normalmente rodea las neuronas de los receptores táctiles. La hipodermis intenta la degradación basada en lisosomas, pero algunos contenidos no digeribles como los agregados mCherry pueden ser reextruidos por la hipodermis en el pseudocoelom lleno de fluidos del animal, del cual el mCherry puede ser tomado por células carroñeras remotas llamadas comoelocitos para almacenamiento a largo plazo (Figura 1, Figura 2)5.
Las grandes vesículas exoféreas extruidas salen de la célula rodeadas por la membrana plasmática del receptor táctil y pueden contener proteínas de enfermedad humana agregadas, mitocondrias y lisosomas. El proceso de producción de exoferas parece implicar la clasificación de especies potencialmente tóxicas (por ejemplo, un mCherry expresado propenso a la agregación se separa de proteínas solubles e inofensivas como la GFP que permanece principalmente en el soma neuronal). De esta manera, la expulsión dirigida de las entidades amenazantes se lleva a cabo por la neurona5. Un desafío de proteostasis, como el estrés inducido por la despojeación por la autofagia, la inhibición proteosoma mediada por MG132, o la expresión transgénica de proteínas de la enfermedad humana como la poliglutamina expandida asociada a la enfermedad de Huntington Q128 o el fragmento implicado por la enfermedad de AlzheimerA-1-42, puede aumentar el número de neuronas que producen que producen5.
Como los exoferos han sido documentados recientemente, lo que se conoce de su biología merece una descripción. Los exoferos fueron descubiertos en, y son los más bien estudiados en, C. elegans tacto neuronas receptoras. Hay seis neuronas táctiles mecanosensoriales C. elegans que tienen cuerpos celulares distribuidos por todo el cuerpo (Figura 3A) y se llaman células de microtúbulos porque su ultraestructura cuenta con 15 microtúbulos de protofilamento distintivos. Las neuronas del receptor táctil son la malformación arteriovenosa anterior (neurona de microtúbulo ventral anterior), ALMR y ALML (neuronas de microtúbulo laterales anteriores derecha e izquierda), la PVM más central (neurona de microtúbulo ventral posterior) y la PLMR posterior y PLML (neuronas de microtúbulos laterales posteriores derecha e izquierda) en la cola. Curiosamente, las seis neuronas receptoras táctiles producen exophers a diferentes velocidades, a pesar de expresar el mismo transgén ofensivo (Figura 3C). De las seis neuronas receptoras táctiles mecanosensoriales, la neurona ALMR sufre exofergénesis más a menudo que las otras neuronas táctiles. Por lo tanto, la cuantificación de los números de exoferes de las neuronas táctiles se establece generalmente centrándose en el ALMR.
La exofergénesis es un proceso dinámico que normalmente comienza con la hinchazón del citoplasma neuronal(Figura 1A-B). El contenido celular, los orgánulos o los agregados proteicos se recogen a un lado del soma neuronal, más comúnmente hacia el extremo posterior de la neurona ALMR (lejos de la neurita que se proyecta), formando un dominio de pre-exofero (PED) (Figura 1B). La protuberancia temprana se observa a medida que el PED comienza a proyectarse hacia afuera, formando un cogollo sobresaltado reconocible. El brote tardío se define cuando el diámetro más ancho del dominio pre-exoférico es aproximadamente 1/3 más grande que el diámetro de la constricción del cuello soma-exopher (Figura 1C). Los exoferos pueden ser expulsados en casi cualquier dirección del soma, pero la mayoría de los exophers salen posteriormente del cuerpo celular y permanecen aproximadamente en el mismo plano focal que el soma de origen.
El exofer puede alejarse del soma de origen a medida que el cuello del cogollo se estrecha en un filamento delgado. Los exoferos pueden permanecer unidos al soma a través de este filamento(Figura 1D, flecha)y más tarde pueden separarse. El contenido celular como calcio, áridos y mitocondrias se puede transferir a través de este filamento al exopher5adjunto, aunque la mayor parte del material extruido se coloca en el compartimiento del exofero por el evento en ciernes masivo. Los exoferos se consideran maduros cuando no hay tubo de conexión visible o filamento delgado y el exofero está completamente separado del soma de envío (Figura 1E).
Los exoferos producidos por C. elegans tocan las neuronas inmediatamente encuentran la hipodermis, el tejido que rodea la neurona táctil. Más comúnmente, la vesícula exoférica parece viajar dentro de la hipodermis posteriormente hacia la cola, y puede estar bastante distante del soma antes de que el contenido del exoféro aparezca dirigido a la degradación (por ejemplo, la distancia puede estar a 100 m del soma(Figura 1F)). La vesícula de exoférico fluorescente se divide en muchas vesículas más pequeñas dentro de la hipodermis, tomando una apariencia conocida como “noche estrellada”(Figura 1G y Figura 2). En la etapa de la “noche estrellada”, se puede observar material fluorescente punctato esparcido por el sinítcio hipodérmico en muchos puntos más pequeños de fluorescencia en comparación con el exofero solitario original. La noche estrellada puede verse punctata bajo bajo aumento y con mayor aumento, puede parecer punctato y / o en red dentro de la hipodermis. La señal fluorescente de la noche estrellada es típicamente más tenue que el exofer y la fluorescencia expresada neuronalmente (Figura 2B-C). Se cree que la dispersión de mCherry en muchas vesículas punctatas implica la maduración y fusión de fagosos con la red endosomal/lisosomal de la célula hipodérmica. Es probable que algunos materiales de exoférico se degraden en la red lisosomal hipodérmica, pero las especies residuales que son resistentes a la degradación (como los agregados mCherry) se echan de la hipodermis en el pseudocoelom, un compartimento de fluidos que puede contener desechos celulares. El material fluorescente es tomado más tarde por células carroñeras remotas llamadas coelomocícitos (Figura 2C), que pueden concentrarse, almacenarse e intentar de nuevo la degradación de mCherry.
El fenómeno de la extrusión y transferencia de agregados parece conservado a través de phyla, habiendo sido reportado en modelos genéticos como C. elegans5,6,7 y D. melanogaster8,9 así como en múltiples modelos de mamíferos. Se han notificado extrusiones similares a exoféros para las células de mamíferos10,una observación que sugiere que los mecanismos conservados podrían subyacen a la expulsión de agregados y orgánulos. Por lo tanto, la producción de exoféros puede ser un mecanismo conservado de manejo de desechos celulares que constituye una rama fundamental, pero antes no reconocida, de la proteostasis neuronal y el control de calidad mitocondrial, que, cuando está desequilibrado, podría contribuir activamente a la enfermedad neurodegenerativa. La identificación de las moléculas implicadas en la discriminación y clasificación de escombros, el transporte a una localidad subcelular distinta, la extrusión, la formación/ciencia de la conexión tubular que une el soma y el exofero tardío, y el reconocimiento de la gran vesícula extruida para la degradación remota por una célula vecina permanecen para el trabajo futuro. Los estudios en modelos de nematodos y moscas serán de vital importancia para definir mecanismos de recolección y transferencia de agregados y orgánulos, utilizando enfoques genéticos imparciales y potentes herramientas biológicas celulares ofrecidas por estos modelos para identificar moléculas participantes en contexto fisiológico.
Los primeros pasos críticos para descifrar los mecanismos operativos en biología de exoférfos implican la definición de protocolos para la cuantificación de exoferos in vivo reproducible. El modelo C. elegans ofrece una ventaja particular para tales esfuerzos, ya que el cuerpo es transparente y los exoferores se pueden observar fácilmente cuando contienen proteínas o orgánulos etiquetados fluorescentemente. Los exoferos han sido reportados para ser generados por C. elegans neuronas dopaminérgicas PDE y CEP, ASE y ASER neuronas sensoriales, y las neuronas ampancias de relleno de tinte5. Debido a que los exoferores producidos por las neuronas receptoras táctiles se caracterizan mejor, el enfoque aquí es en el uso de neuronas táctiles para el análisis de exoferos. Sin embargo, el enfoque básico se puede aplicar para medir la producción de exoféros desde cualquier célula. Se describen los protocolos para detectar y cuantificar los exophers producidos por C. elegans que expresan transgénicamente la proteína mCherry, con énfasis en las cargas que pueden ser monitoreadas y las restricciones temporales en la puntuación. Este artículo define los enfoques hacia la identificación de exoféricos in vivo y la cuantificación de las condiciones ambientales y genéticas que modulan la producción de exoferos. Los protocolos hacen hincapié en la atención crítica a las condiciones constantes de no estrés para la determinación de la producción de exoferos basales y para las comparaciones entre genotipos.
La caracterización de los mecanismos moleculares in vivo de eliminación de agregados y orgánulos en forma de grandes exoferos está en su infancia. Quedan por abordar las cuestiones relativas a la designación de cargas para la expulsión, la recogida polarizada de estas cargas dentro de la célula, la regulación de la decisión de generar exophers, la maquinaria que media las extrusiones y la interacción de los exoferos con la maquinaria degradante en una célula vecina. Además, la visualización in vivo de conexiones tubulares que pueden pasar materiales biológicos que incluyen calcio, agregados y mitocondrias es interesante y su poco estudiada biología por derecho propio. Las preguntas sobre por qué ciertas células son más propensas a la producción de exoferos que otras también están sin resolverse, pero pueden comenzar a ser diseccionadas genéticamente con los enfoques descritos en este protocolo.
En este protocolo se describen en detalle los enfoques para lograr la puntuación reproducible de la producción de exoferas, con atención a distinguir los exophers de los somas celulares cercanos, el momento de los análisis para capturar el pico de producción de exoferos, y el estricto control de las condiciones de crecimiento para eliminar las tensiones no deseadas que pueden modular los niveles de exofero. Tanto la distinción del gran exopher temprano, o la dispersión de la “noche estrellada” en la hipodermis circundante puede ser cuantificada como evidencia de la producción de exoferos. Dicho esto, las neuronas que expresan mCherry en condiciones basales se asocian más a menudo con 5-25% de las neuronas de un tipo específico que produce un exofero. La introducción controlada de condiciones de estrés podría aplicarse para aumentar la producción de exoferos hasta la detección hasta el 90% de las neuronas que producen extrusiones, particularmente útiles para pantallas genéticas o farmacológicas para modificadores.
En la enfermedad neurodegenerativa humana, grandes agregados pueden transferirse de las neuronas enfermas a las células vecinas para promover la propagación de la patología. El mecanismo de exoférico podría transpirar a través de un mecanismo conservado utilizado para la extrusión agregada a través de phyla. Definir las moléculas in vivo que mejoran la eficiencia de este proceso (considerado control de proteostasis más eficaz) o bloquearlo podría ser aprovechado para influir en el diseño de nuevas estrategias para combatir múltiples enfermedades neurodegenerativas. Como tal, el protocolo descrito aquí podría utilizarse para pantallas de mutagénesis genética clásica, pantallas de ARNi en todo el genoma que derriban sistemáticamente genes para identificar potenciadores y supresores, o para estudios de intervención de fármacos que identifican modificadores farmacológicos candidatos de este proceso. El enfoque es sencillo, aunque algo laborioso. Los exoferores son tan grandes que se pueden ver con un microscopio diseccionado de alto aumento. Aún así, las neuronas C. elegans son relativamente pequeñas y mirando sus orgánulos o sus membranas requieren imágenes confocales de mayor potencia y es un proceso lento. Las opciones para un mayor rendimiento podrían incluir enfoques de imágenes de alto contenido en formato de placa de varios pozos.
La aplicación de un enfoque estandarizado para la puntuación de exofericos debe subyacen a una disección genética concertada del proceso mediante el cual las neuronas pueden organizar y eliminar los desechos celulares.
The authors have nothing to disclose.
Reconocemos las siguientes subvenciones NIH: R01AG047101 y R37AG56510. Los miembros de los laboratorios Driscoll y Grant han contribuido ampliamente al desarrollo y ajuste fino de los protocolos descritos, con experimentos rigurosos y una fuerte comunicación.
95B Scientific CMOS camera | Photometrics Prime | ||
1,000 μL low retention tips | Sarstedt | ||
10 mL serological pipette | Appleton Woods | CC214 | |
10 μL low retention tips | Sarstedt | 70.1130.105 | |
13% sodium hypochlorite | Acros Organics | AC219255000 | |
15 mL centrifuge tubes | Fisher Scientific | 05-539-12 | |
2 L erlenmeyer flasks | Scientific Laboratory Supplies | FLA4036 | |
25 mL serological pipette | Appleton Woods | CC216 | |
300 μL low retention tips | Sarstedt | 70.765.105 | |
50 mL serological pipette | Appleton Woods | CC117 | |
5-Fluoro-2'-deoxyuridine 98% | Alfa Aesar | L16497.ME | |
9 cm sterile Petri dishes | Fisher Scientific | 11309283 | |
absolute ethanol | Vwr | 20821.33 | |
Agar | Sigma Aldrich | A1296 | |
C. elegans strain wild type | Supplied by CGC | N2 | C. elegans strain |
calcium chloride dihydrate | Sigma Aldrich | C3881 | |
cholesterol | Acros | 110190250 | |
dibasic sodium phosphate | Sigma Aldrich | S3264 | |
E. coli strain OP50 | Supplied by CGC | Op50 | E coli strain |
FBS10 Standard microscope | Meyer Instruments | KSC 410-1-100-1 | FBS10 Standard with Plate Base, 100/100 Trinocular Head and Flip zoom |
glass pipette 270 mm | Fisherbrand | FB50255 | |
Heraeus Multifuge X3R | Thermofisher scientific | 75004515 | |
Inoculating Spreaders | Fisher Scientific | 11821741 | |
LB medium capsules | MP biomedicals | 3002-031 | |
LDI – Laser Diode Illuminator | 89 North | ||
levamisole | Sigma Aldrich | 16595-80-5 | |
M4 multipette | Eppendorf | 4982000012 | |
magnesium sulphate | Sigma Aldrich | M7506 | |
monobasic potassium phosphate | Sigma Aldrich | P0662 | |
Multitron Standard shaking incubator | Infors HT | INFO28573 | |
Nalgene 1 L Centrifuge pots | Fisher Scientific | 3120-1000 | |
P10 pipette | Eppendorf Research Plus | 3123000020 | |
P1000 pipette | Eppendorf Research Plus | ||
P200 pipette | Eppendorf Research Plus | 3123000055 | |
pipeteboy 2 | VWR | 612-0927 | |
Polystyrene microbeads | Sigma Aldrich | MFCD00131491 | |
RC5C plus floor mounted centrifuge | Sorvall | 9900884 | |
Reusable ringed cytology slides | ThermoFisher Scientific | 22037242 | |
SK4005 zdIs5[Pmec-4GFP] | contract Driscoll lab | GFP expressed in touch neurons | |
sodium chloride | Sigma Aldrich | 13422 | |
Sodium hydroxide | Fisher Chemical | S/4880/53 | |
Tactrol 2 Autoclave | Priorclave | ||
Triton-X | Thermofisher scientific | 28313 | |
Tween 20 | Sigma Aldrich | 9005-64-5 | |
X-Light V2 Spinning Disk Confocal Unit | CrestOptics | ||
ZB4065 bzIs166[Pmec-4mCherry] | contract Driscoll lab | mCherry expressed in touch neurons | |
ZB4067 bzIs167[Pmec-4mitogfp Pmec-4mCherry4]; igIs1[Pmec-7YFP Pmec-3htt57Q128::cfp lin-15+] | contract Driscoll lab | Q128 expressed in touch neurons | |
ZB4509 bzIs166[Pmec-4mCherry]; bzIs168[Pmec-7LMP-1::GFP] | contract Driscoll lab | mitoROGFP expressed in touch neurons | |
ZB4528 bzIs166[Pmec-4mCherry]; zhsEx17 [Pmec-4mitoLS::ROGFP] | contract Driscoll lab | autophagy marker expressed in touch neurons | |
ZEISS Axio Vert.A1 | Zeiss |