पांडुलिपि ठोस चरण माइक्रोएक्सट्राक्शन के साथ मानव ब्रेन ट्यूमर के ऑन-साइट नमूना प्रस्तुत करती है जिसके बाद बायोमार्कर की खोज की दिशा में उनकी जैव रासायनिक प्रोफाइलिंग होती है।
कैंसर निदान और वर्गीकरण के लिए उपलब्ध उपकरणों की विविधता के बावजूद, ट्यूमर के तेज और सरल लक्षण वर्णन को सक्षम करने वाले तरीकों की अभी भी आवश्यकता है। हाल के वर्षों में, बड़े पैमाने पर स्पेक्ट्रोमेट्री एक बीमारी के संभावित बायोमार्कर के रूप में भेदभावपूर्ण यौगिक की अलक्षित प्रोफाइलिंग के लिए पसंद की एक विधि बन गया है । बायोफ्लुइड को आम तौर पर उनकी पहुंच और आसान नमूना प्रसंस्करण को देखते हुए बेहतर मैट्रिस माना जाता है जबकि प्रत्यक्ष ऊतक प्रोफाइलिंग किसी दिए गए कैंसर के बारे में अधिक चयनात्मक जानकारी प्रदान करता है। पारंपरिक तरीकों के माध्यम से विश्लेषण के लिए ऊतकों की तैयारी बहुत अधिक जटिल और समय लेने वाली है, और इसलिए, तेजी से साइट पर विश्लेषण के लिए उपयुक्त नहीं है। वर्तमान काम एक नमूना तैयारी और साइट पर छोटे अणुओं की निकासी के संयोजन प्रोटोकॉल प्रस्तुत करता है, तुरंत बाद ट्यूमर resection । नमूना उपकरण, जो एक्यूपंक्चर सुई के आकार का है, सीधे ऊतक में डाला जा सकता है और फिर वाद्य विश्लेषण के लिए पास की प्रयोगशाला में ले जाया जा सकता है । मेटाबोलोमिक्स और लिपिडोमिक्स विश्लेषण के परिणाम ट्यूमर, द्रोह और आनुवंशिक उत्परिवर्तनों की हिस्टोलॉजिकल उत्पत्ति से संबंधित ट्यूमर के फेनोटाइप की स्थापना के साथ-साथ भेदभाव यौगिकों या संभावित बायोमार्कर के चयन के लिए दृष्टिकोण की क्षमता को प्रदर्शित करते हैं। तकनीक की गैर-विनाशकारी प्रकृति नियमित रूप से उपयोग किए जाने वाले परीक्षणों के बाद के प्रदर्शन की अनुमति देती है जैसे, हिस्टोलॉजिकल परीक्षण, एसपीएमई विश्लेषण के लिए उपयोग किए जाने वाले नमूनों पर, इस प्रकार व्यक्तिगत निदान का समर्थन करने के लिए अधिक व्यापक जानकारी की प्राप्ति को सक्षम करता है।
चुंबकीय अनुनाद इमेजिंग (एमआरआई) और गणना टोमोग्राफी (सीटी) मस्तिष्क घावों के वास्तविक समय विश्लेषण के लिए इस्तेमाल मुख्य तरीके हैं। ब्रेन ट्यूमर भेदभाव आम तौर पर अतिरिक्त धुंधला और उन्नत इम्यूनोहिस्टोकेमिकल तकनीकों के साथ हिस्टोपैथोलॉजी पर आधारित है। २०१६ में विश्व स्वास्थ्य संगठन (डब्ल्यूएचओ) द्वारा जारी केंद्रीय तंत्रिका ब्रेन ट्यूमर पर अद्यतन मार्गदर्शन के अनुसार, आनुवंशिक परीक्षण इन ट्यूमर1के भेदभाव और वर्गीकरण के लिए महत्वपूर्ण हैं । ट्यूमर का भेदभाव और वर्गीकरण चिकित्सकों को किसी दिए गए प्रकार के ट्यूमर के लिए सबसे प्रभावी उपचार चुनने की अनुमति देता है जिससे रोगी की जीवन प्रत्याशा का विस्तार होता है। दुर्भाग्य से, अपने रोगियों के लिए एक इष्टतम चिकित्सा का चयन करने में चिकित्सकों की सहायता करने के लिए इस तरह के उन्नत तरीकों की उपलब्धता के बावजूद, ग्लियोब्लास्टोमा (चतुर्थ ग्रेड ग्लियोमा) के साथ निदान रोगियों की जीवन प्रत्याशा केवल 15-16 महीने2के बारे में है । यहां तक कि परिष्कार और नैदानिक उपकरणों के रूप में कहा इमेजिंग और हिस्टोलॉजिकल तरीकों की वृद्धि की सटीकता के साथ, वहां अभी भी नई पूरक जानकारी की पेशकश करने के लिए उपचार के पाठ्यक्रम के बारे में निर्णय में चिकित्सकों सहायता करने में सक्षम तकनीकों के लिए एक महान की जरूरत है । पिछले वर्षों में, कैंसर3,4के इंट्राऑपरेटिव विश्लेषण के लिए बड़े पैमाने पर स्पेक्ट्रोमेट्री पर आधारित कई नए दृष्टिकोण प्रस्तावित किए गए हैं। ठोस चरण माइक्रोएक्सट्रैकक्शन (एसपीएमई) की क्षमता, यहां प्रस्तुत विधि, तेजी से ऑन-साइट विश्लेषण उपकरण के रूप में, पहले से ही विभिन्न अध्ययनों में प्रदर्शित की गई है5। वर्तमान पांडुलिपि विधि के नैदानिक अनुप्रयोगों में से एक, मानव मस्तिष्क ट्यूमर के अलक्षित मेटाबोलोमिक्स और लिपिडोमिक्स दिखाती है। अप्रारक जांच संभावित बायोमार्कर की खोज में एक महत्वपूर्ण प्रारंभिक बिंदु पेश करते हैं । एक बार स्थापित होने के बाद, इस तरह के बायोमार्कर का उपयोग उसी तकनीक का उपयोग करके ट्यूमर के बीच अंतर करने के लिए नैदानिक संदर्भ के रूप में किया जा सकता है।
एसपीएमई एक संतुलन आधारित नमूना तैयारी तकनीक है जो नमूना मैट्रिस से छोटे अणुओं को निष्कर्षण चरण की छोटी मात्रा के उपयोग के साथ निकालती है। डिवाइस (प्रोब) के एसपीएमई के सबसे पारंपरिक विन्यास में, एक फाइबर को उचित निष्कर्षण चरण के साथ लेपित किया जाता है और ठोस समर्थन यानी धातु के तार5, 6पर स्थिर कियाजाताहै। बायोसंपांसिबल कोटिंग्स और डिवाइस (जांच) नमूना प्रीट्रीटमेंट जैसे, होमोजेनाइजेशन और निस्पंदन के बिना जटिल जैविक मैट्रिस से सीधे निष्कर्षण को सक्षम करते हैं। निष्कर्षण प्रक्रिया के माध्यम से, विश्लेषण को उनकी प्रारंभिक सांद्रता के अनुपात में निष्कर्षण चरण और नमूना मैट्रिक्स के बीच विभाजित किया जाता है। यदि निष्कर्षण काफी लंबा किया जाता है, तो संतुलन हासिल किया जाता है। जबकि संतुलन में निष्कर्षण उच्चतम संभव संवेदनशीलता और प्रजनन क्षमता प्रदान करता है, पूर्व संतुलन निष्कर्षण भी संभव है और यहां तक कि कुछ मामलों में बेहतर है यानी, वीवो नमूना में, जहां समय पर साइट नमूना (जैसे, ऑपरेटिंग या आपातकालीन कमरे) के साथ जुड़े प्रतिबंध तेजी से निष्कर्षण की आवश्यकता है । किसी दिए गए एनालिटे का निष्कर्षण समय प्रोफ़ाइल आम तौर पर विश्लेषण के भौतिक गुणों से प्रभावित होता है, मैट्रिक्स का नमूना लिया जा रहा है, शर्बत के प्रकार का उपयोग किया जाता है, और कई अन्य निष्कर्षण स्थितियों से प्रभावित होता है। उनके निष्कर्षण काइनेटिक्स को नियंत्रित करने वाले कारकों की अधिकता से सभी यौगिकों का संतुलन निष्कर्षण सुनिश्चित करना व्यावहारिक रूप से असंभव हो जाता है जब मेटाबोलोमिक्स या लिपिडोमिक्स जैसे अलक्षित विश्लेषण किए जाते हैं। उपर्युक्त कारणों के लिए, वर्तमान प्रोटोकॉल का निष्कर्षण समय मनमाने ढंग से निर्धारित किया गया था ताकि एक तरफ मेटाबोलाइट्स की संतोषजनक संवेदनशीलता और कवरेज सुनिश्चित किया जा सके, और दूसरी ओर साइट पर उपयोग के लिए व्यावहारिकता।
इस बात पर जोर दिया जाना चाहिए कि ऊतकों से नमूने की निकासी के लिए उपयोग की जाने वाली जांच का बहुत छोटा आकार केवल न्यूनतम ऊतक क्षति का कारण बनता है जबकि नमूना प्रक्रिया स्वयं किसी भी ऊतक का उपभोग नहीं करती है लेकिन नमूना क्षेत्र से छोटे अणुओं की बहुत कम मात्रा; इसलिए, एक ही नमूने को आगे नियमित परीक्षण यानी हिस्टोलॉजिकल या जेनेटिक के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है, जिससे एक ही नमूने से आवश्यक और पूरक जानकारी की प्राप्ति हो सकती है। इस तरह के पूरक, व्यापक डेटा ट्यूमर जीव विज्ञान की एक बेहतर समझ सक्षम होगा, उंमीद है कि नए उपचार के लक्ष्यों की खोज की सुविधा । इस विधि का शोषण करने से लक्ष्य बायोमार्कर का निर्धारण करते समय ऑन-साइट इंट्राऑपरेटिव डायग्नोस्टिक्स की संभावना और बढ़ जाती है।
नीचे हम मेटाबोलोमिक्स और लिपिडोमिक्स विश्लेषण और डेटा प्रसंस्करण के लिए साइट पर ब्रेन ट्यूमर के नमूने के लिए प्रोटोकॉल पेश करते हैं।
ट्यूमर बायोमार्कर की पहचान करने पर केंद्रित अध्ययनों में अलक्षकित मेटाबोलोमिक्स और लिपिडोमिक्स का उपयोग आमतौर पर किया जाता है। हालांकि, ज्यादातर मामलों में, शोधकर्ताओं ने यौगिकों कि रोग की स्क्रीनिंग के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है के लिए देखो । नतीजतन, पसंदीदा जैविक नमूने उनके अपेक्षाकृत आसान पहुंच के कारण रक्त या मूत्र हैं । ट्यूमर ऊतक का विश्लेषण मुख्य रूप से रोग के पीछे तंत्र को समझने के लिए किया जाता है, विभिन्न ट्यूमर प्रकारों की विशेषता है, आदि। ट्यूमर बायोमार्कर का ऑन-साइट विश्लेषण शायद ही कभी किया जाता है, क्योंकि इस तरह के अनुप्रयोगों के लिए व्यापक नमूना तैयारी की आवश्यकता होती है। वैकल्पिक रूप से, विशिष्ट बायोमार्कर के पूर्व चयन के बिना ऊतक प्रोफाइल के वास्तविक समय विश्लेषण के आधार पर रणनीतियां चिकित्सा समुदाय3,4का ध्यान आकर्षित कर रही हैं। इसमें प्रस्तुत समाधान इस तरह के तरीकों के माध्यम से प्राप्त की जा सकने वाली जानकारी के प्रकार का अनावरण करके साइट पर ऊतक प्रसंस्करण पर एक और परिप्रेक्ष्य प्रदान करता है।
नमूना, नमूना तैयारी और निष्कर्षण का संयोजन एसपीएमई को ऑन-साइट विश्लेषण के लिए एक बहुत ही उपयोगी उपकरण के रूप में प्रस्तुत करता है। इसके अलावा, नमूने के दौरान ऊतक की खपत की कमी बायोमार्कर विश्लेषण और नियमित परीक्षणों (जीनोटाइपिंग, हिस्टोलॉजिकल विश्लेषण) के लिए एक ही नमूनों का और उपयोग करने में सक्षम बनाती है, इसलिए, मानक परीक्षण के परिणामों में नई जानकारी जोड़ना। नमूना उपकरण एक बहुत ही सरल डिजाइन किया है, इसका संचालन बहुत आसान है, और निष्कर्षण ही प्रदर्शन करने के लिए कोई विशेष प्रशिक्षण की आवश्यकता है। हालांकि, विश्वसनीय परिणाम प्राप्त करने के लिए उपकरणों की सिर्फ उचित हैंडलिंग की तुलना में बहुत अधिक की आवश्यकता है । प्रयोग को ठीक से करने के लिए, किसी को निष्कर्षण प्रक्रिया, नमूने की प्रकृति को समझने और डेटा को प्रभावित करने वाली संभावित गलतियों के बारे में पता होना चाहिए।
कैंसर के ऊतकों की विषमता पर विचार करना महत्वपूर्ण है10. नमूना ट्यूमर में परिगलन, कैल्सिफिकेशन और हाइपोक्सिया से गुजर रहे हिस्से हो सकते हैं, और इनमें से प्रत्येक प्रक्रिया मेटाबोलोम और लिपिडोम में परिलक्षित होगी, इस प्रकार परिणामों को प्रभावित करेगी। इसलिए, यह सिफारिश की जाती है कि स्थानिक संकल्प नमूना कैंसर ऊतक के विभिन्न भागों में कई फाइबर के सम्मिलन द्वारा किया जाए, या वैकल्पिक रूप से, कि ट्यूमर के पूरे हिस्से में प्रवेश करने के लिए एक लंबी कोटिंग का उपयोग किया जाए ताकि ट्यूमर पर औसत जानकारी प्राप्त की जा सके। यदि स्थानिक संकल्प नमूना विधि की जाती है, तो फाइबर को एक अवशोषण सॉल्वेंट में सभी को अवशोषित किया जा सकता है; यह न केवल ट्यूमर पर समग्र जानकारी की प्राप्ति के लिए अनुमति देगा, बल्कि विश्लेषण की संवेदनशीलता को भी बढ़ाएगा। वैकल्पिक रूप से, अलग शीशियों में व्यक्तिगत फाइबर के अवशोषण जांच मस्तिष्क ट्यूमर है, जो कैंसर कोशिकाओं से निर्मित कोर के होते हैं, और बाहरी क्षेत्र है, जो स्वस्थ ऊतक की सीमा है की आंतरिक विविधता का पता लगाने के लिए सक्षम हो जाएगा । ट्यूमर के गहरे हिस्से आमतौर पर कैंसर से संबंधित प्रक्रियाओं से अधिक क्षतिग्रस्त होते हैं11. हालांकि, जांचकर्ताओं को ध्यान में रखना चाहिए कि यह विकल्प विधि संवेदनशीलता और पता लगाने योग्य यौगिकों की कुल संख्या से समझौता करता है । वर्तमान कार्य में, 7 मिमी कोटिंग का उपयोग किया गया था; इस लंबाई को अध्ययन में शामिल ट्यूमर के विभिन्न आकारों के लिए इष्टतम माना जाता था। कोटिंग्स ट्यूमर में प्रवेश किया, और इस तरह गैर विशेष संकल्प प्रदान की है, लेकिन नमूना भर में औसत डेटा । चयनित प्रोटोकॉल के बावजूद, यह महत्वपूर्ण है कि पूरे अध्ययन के दौरान एक ही प्रोटोकॉल का पालन किया जाए, जिसमें व्यक्तिगत नमूने के लिए उपयोग किए जाने वाले फाइबर की संख्या, कोटिंग की लंबाई, निष्कर्षण समय और इस काम में चित्रित अन्य सभी कारक शामिल हैं।
विश्लेषण की गुणवत्ता को नियंत्रित करना महत्वपूर्ण है। पूल किए गए क्यूसी (प्रोटोकॉल में चरण 4.7 और 7.7 देखें) को तैयार किया जाना चाहिए और पूरे नमूना बैच के संचालन के दौरान उपकरण स्थिरता की निगरानी के लिए उपयोग किया जाना चाहिए। खाली नियंत्रण (चरण 2.8 देखें) का उपयोग बाद में सॉल्वैंट्स या फाइबर विनिर्माण से निकलने वाले संदूषकों के संकेतों को खत्म करने के लिए “अपवर्जन सूची” तैयार करने के लिए किया जा सकता है। विशेष अवसरों पर, जैसे कि संदूषण का खतरा, दस्ताने, टेबल, उपकरण या किसी अन्य सतहों से नमूना लेना आवश्यक है जो प्रदूषण का खतरा पैदा कर सकता है। ऐसे मामलों में, फाइबर तैयार करना, निष्कर्षण का समय और अवशोषण प्रोटोकॉल नमूनों के समान हैं।
मेटाबोलॉमिक और लिपिडोमिक विश्लेषण पूरी तरह से किसी जीव या जीव के विशिष्ट घटकों, जैसे विशिष्ट अंगों, ऊतक, तरल पदार्थ, कोशिकाओं आदि में दिखाई देने वाले छोटे अणुओं (1,500 डीए से कम) पर केंद्रित होते हैं। मेटाबोलॉमिक और लिपिडोमिक्स शरीर में होने वाले जैव रासायनिक परिवर्तनों का एक स्नैपशॉट प्रदान करते हैं, और कैंसर के मामले में, वे जीनोम, हिस्टोलॉजी और ट्यूमर के द्रोह से संबंधित जानकारी को एकीकृत करते हैं। ये ओमिक्स विज्ञान शरीर विज्ञान और फेनोटाइप के बीच संबंध बनाते हैं क्योंकि मेटाबोलाइट्स प्रोटीन या जीन12की तुलना में जैव रासायनिक सीढ़ी में अधिक होते हैं । कैंसर ट्यूमर के मेटाबोलोम और लिपिडोम को समझकर, हम सभी-ओमिक्स विज्ञानों के बीच फेनोटाइप की खोज के करीब आते हैं क्योंकि अध्ययन की ये शाखाएं विभिन्न उत्तेजनाओं के लिए जीवित जीवों की प्रतिक्रिया के रूप में अणुओं के गतिशील परिवर्तनों का अधिक गहराई से ज्ञान प्रदान करती हैं। जैसा कि इस काम में प्रस्तुत किया गया है, एक नमूने में प्राप्त डेटा कैंसर की हिज़्टीसीोलॉजी, इसकी द्रोह की डिग्री से मेल खाती है, और यह जीनोम स्तर पर होने वाले परिवर्तनों को दर्शाता है। ग्लियोमास में, इस अध्ययन में रुचि के कैंसर के प्रकार के रूप में, जीनोम में छिपी जानकारी विशेष रूप से महत्वपूर्ण है, क्योंकि आनुवंशिक परीक्षणों के परिणामों के आधार पर एक व्यक्तिगत उपचार विकसित किया जाता है। विशेष उत्परिवर्तन कीमो या रेडियोथेरेपी के परिणामों के शकुन मार्कर हैं। जैसा कि यहां प्रदर्शित किया गया है, प्रस्तावित रणनीति के साथ दिए गए उत्परिवर्तन को दर्शाती बायोमार्कर का चयन संभव है। उत्परिवर्तन मार्कर, साथ ही अतिरिक्त वर्णनकर्ता प्रकार जैसे कि ट्यूमर के द्रोह की डिग्री का संकेत देते हैं, इसका उपयोग नियमित नैदानिक विधियों का समर्थन करने के लिए भी किया जा सकता है।
ठोस चरण माइक्रोएक्सट्रैकेशन फाइबर के उपयोग के साथ पूर्व वीवो रासायनिक बायोप्सी इंट्राऑपरेटिव डायग्नोस्टिक्स के लिए विधि के आवेदन में पहला कदम है। उचित नैतिक बोर्डों से अनुमति लंबित वीवो सैंपलिंग में विधि आसानी से अपनाई जा सकती है। ऐसे मामलों में, एसपीएमई उपकरणों की नसबंदी अस्पताल की स्वीकृत नसबंदी प्रक्रियाओं के अनुसार की जानी चाहिए, जहां नमूना लिया जाना है, यानी ऑटोक्लेविंग या एथिलीन ऑक्साइड नसबंदी। पूर्व वातानुकूलित और निष्फल फाइबर को नसबंदी समाप्ति तिथि के साथ लेबल किए गए सीलबंद पैकेजों में रखा जाना चाहिए। यह ध्यान रखना महत्वपूर्ण है कि फाइबर को सर्फेक्टेंट के उपयोग से साफ नहीं किया जाना चाहिए। इस तरह की प्रक्रिया शर्बत संरचना में अविशिष्ट परिवर्तन का कारण बन सकती है, इस प्रकार विश्लेषण की निकासी को प्रभावित कर सकती है। यहां वर्णित अध्ययनों में, 30 मिनट की निष्कर्षण अवधि का उपयोग किया गया था, लेकिन अन्य रिपोर्टें मान्य करती हैं कि कम समय में वीवो अध्ययन13में संतोषजनक परिणाम मिल सकते हैं। Huq एट अल. से पता चला है कि एनालिटे संतुलन समय ऊतक में तेजी से प्राप्त किया जाता है, एक जटिल मैट्रिक्स के रूप में, सरल मैट्रिस14की तुलना में । हालांकि, प्राप्त परिणामों की प्रजनन क्षमता को कम निष्कर्षण अवधियों के तहत समझौता किया जा सकता है क्योंकि पूर्व-संतुलन स्थितियों के तहत अधिक विश्लेषण निकाला जाएगा; इसलिए, सटीक समय नियंत्रण लागू किया जाना चाहिए ।
इस काम के हिस्से के रूप में शोषित दोनों ओमिक्स विज्ञान में बायोमार्कर डिस्कवरी टूल के रूप में उत्कृष्ट क्षमता है। एक बार बायोमार्कर का चयन हो जाने या एक केममेट्रिक मॉडल स्थापित हो जाता है, तो ऑन-साइट जांच के लिए लागू तरीकों के माध्यम से लक्ष्य मेटाबोलाइट्स के निर्धारण के आधार पर चिकित्सा निदान, जैसे कि इस काम में वर्णित एसपीएमई दृष्टिकोण, को नियमित निदान के हिस्से के रूप में विकसित और लागू किया जा सकता है।
वर्तमान पांडुलिपि में प्रस्तावित प्रोटोकॉल में बताया गया है कि संभावित बायोमार्कर की स्क्रीनिंग के लिए ठोस चरण माइक्रोएक्सट्रैक्शन का उपयोग करके कैंसर ऊतकों के अक्षकीकृत मेटाबोलॉमिक और लिपिडोमिक विश्लेषण कैसे करें। यह प्रतिनिधि यौगिकों के निष्कर्षण, ट्यूमर के भेदभाव, और भेदभावपूर्ण यौगिकों की पहचान करने के लिए डिज़ाइन किया गया है जो किसी दिए गए कैंसर यानी संभावित बायोमार्कर की विशेषता है। इस लेख में वर्णित एसपीएमई के साथ अलक्षित विश्लेषण त्वरित इंट्राऑपरेटिव डायग्नोस्टिक्स के विकास में एक प्रारंभिक बिंदु का प्रतिनिधित्व करते हैं, जहां नमूने में मौजूद सभी यौगिकों की स्क्रीनिंग की आवश्यकता के बिना यौगिकों का एक चयनित पैनल निर्धारित किया जा सकता है। तेजी से नैदानिक परिणामों के हित में, साइट पर निष्कर्षण के लिए उपयोग की जाने वाली एसपीएमई जांच को सीधे अस्पताल की सुविधा में स्थित विश्लेषणात्मक इंस्ट्रूमेंटेशन के साथ युग्मित किया जा सकता है। क्रोमेटोग्राफी-मुक्त विश्लेषण के बाद न्यूनतम नमूना तैयारी के साथ किए गए सरल निष्कर्षकंरने वाले घंटों से कुछ मिनटों तक समग्र समय को काफी छोटा कर देंगे, जैसा कि पहले से ही दवा निगरानी15के लिए वर्णित है।
The authors have nothing to disclose.
इस अध्ययन को नेशनल साइंस सेंटर से ग्रांट हारमोनिया 2015/18/एम/एसटी4/00059 ने सपोर्ट किया । लेखक इस काम में उपयोग किए जाने वाले एसपीएमई उपकरणों को प्रदान करने के लिए मर्क केगा, डार्मस्टेड, जर्मनी के व्यवसाय मिलिपोरसिग्मा को स्वीकार करना चाहते हैं। मर्क का जीवन विज्ञान व्यवसाय अमेरिका और कनाडा में मिलिपोरसिग्मा के रूप में संचालित होता है। इसके अलावा, लेखकों को क्यू-Exactive फोकस ऑर्बिटरप मास स्पेक्ट्रोमीटर के लिए उपयोग के लिए थर्मो फिशर वैज्ञानिक शुक्रिया अदा करना चाहते हैं ।
लेखकों के योगदान: जेबी: नमूना तैयारी और एलसी-एमएस मापदंडों का अनुकूलन, एसपीएमई-एलसी-एमएस प्रयोगों का प्रदर्शन, डेटा विश्लेषण, सांख्यिकीय विश्लेषण और डेटा व्याख्या और लिपिडोमिक्स भाग से संबंधित पांडुलिपि तैयारी; पीजेडजी: अस्पताल में अधिकांश नमूने का समन्वय और प्रदर्शन, नमूना और नमूना तैयारी मापदंडों का अनुकूलन, एसपीएमई-एलसी-एमएस प्रयोगों का प्रदर्शन, डेटा विश्लेषण, सांख्यिकीय विश्लेषण और डेटा व्याख्या, मेटाबोलोमिक्स भाग से संबंधित पांडुलिपि तैयारी; एमजी – नमूना तैयारी, एलसी-एमएस विधि और लिपिडोमिक्स भाग से संबंधित डेटा विश्लेषण के अनुकूलन में सहायता; केजी: एसपीएमई नमूने का सह-प्रदर्शन और नमूना और नमूना तैयारी का अनुकूलन, मेटाबोलोमिक्स भाग से संबंधित एसपीएमई-एलसी-एमएस विश्लेषण; केसी: अस्पताल में कई एसपीएमई नमूने का प्रदर्शन, नमूने के अनुकूलन में सहायता, नमूना तैयार करना और मेटाबोलोमिक्स भाग से संबंधित डेटा विश्लेषण; केजे: अस्पताल में कई एसपीएमई नमूने का प्रदर्शन, लिपिडोमिक्स विश्लेषण में सहायता; डीपी: सर्जिकल प्रक्रियाओं का प्रदर्शन, रोगियों की भर्ती; JF: शल्य चिकित्सा प्रक्रियाओं का प्रदर्शन, रोगियों की भर्ती; एमएच: शल्य चिकित्सा प्रक्रियाओं का प्रदर्शन, अनुसंधान के नैदानिक भाग का समन्वय; बी बी: अवधारणा, परियोजना और पांडुलिपि तैयारी के समन्वय पर्यवेक्षण, कई नमूने के प्रदर्शन
acetic acid | Honeywell | 49199 | Mobile phase additive, LCMS grade |
acetonitrile | Honeywell | 34967 | HPLC solvent, LCMS grade |
ammonium acetate | Honeywell | 14267 | Mobile phase additive, LCMS grade |
BenchMixer MultiTube Vortexer | Benchmark Scientific | BV1010* | Vortex mixer |
caps | Agilent | 5183-2076 | Blue scrw tp,pre-slit PTFE/Si septa |
Compound Discoverer 2.1 | Thermo Scientific | software for data processing | |
Discovery HS F5 Supelguar Cartridge 2 cm × 2.1 mm, 3 μm | Supelco | 567571-U | Guard Column |
Discovery HS F5, 2.1 mm x 100 mm, 3 μm | Merck | 567502-U | HPLC Column |
formic acid | Honeywell | 56302 | Mobile phase additive, LCMS grade |
glass vial inserts 250ul , deactivated | Agilent | 5181-8872 | |
glass vial inserts 350ul | Agilent | 5188-5321 | |
glass vials 1.5ml | Agilent | 5183-2030 | |
glass vials, 2 mL (amber, deactivated) | Agilent | 5183-2072 | |
glass vials, 2mL | Agilent | 5182-0715 | |
HILIC Luna 3 μm, 200A, 100 x 2.0 mm | Shim-Pol | PHX-00D-4449-B0 | HPLC Column |
isopropanol | Honeywell | 34965 | HPLC solvent, LCMS grade |
LipidSearch 4.1 | Thermo Scientific | software for data processing | |
Metaboanalyst | Xia Lab @ McGill | online software for statistical analysis (Chong, J., Wishart, D.S. and Xia, J. (2019) Using MetaboAnalyst 4.0 for Comprehensive and Integrative Metabolomics Data Analysis. Current Protocols in Bioinformatics 68, e86 ) | |
methanol | Honeywell | 34966 | HPLC solvent, LCMS grade |
Pierce LTQ Velos ESI Positive Ion Calibration Solution | Thermo Scientific | 88323 | |
Pierce Negative Ion Calibration Solution | Thermo Scientific | 88324 | |
Q Exactive Focus hybrid quadrupole-Orbitrap MS | Thermo Scientific | 726049 | Mass Spectrometer |
SecurityGuard cartridge for HILIC, 4 mm × 2.0 mm | Phenomenex | KJ0-4282 | Guard Column |
SeQuant ZIC-cHILIC 3µm,100Å 100 x 2.1 mm | Merck | 1506570001 | HPLC Column |
SeQuant ZIC-HILIC Guard Kit 20 x 2.1 mm | Supelco | 1504360001 | Guard column |
SPME LC fiber probes, C18 | Supelco | custom order | comercial probes: 57281-U; probes used in the experiment were not needle assembled and were precut to the length described in the protocol |
SPME LC fiber probes, mixed Mode | Supelco | custom order | |
UltiMate 3000 HPLC systems | Thermo Scientific | 5200.0345 | HPLC system |
water | Merck | 1153331000 | HPLC solvent, LCMS grade |
XSelect CSH C18 3.5μm 2.1x75mm | Waters | 186005644 | HPLC Column |
XSelect CSH C18 VanGuard Cartridge, 3.5 µm, 3.9×5 mm | Waters | 186007813 | Column cartidge |