Summary

Cartographie génomique des interactions protéine-ADN avec ChEC-seq in<em> Saccharomyces cerevisiae</em

Published: June 03, 2017
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Summary

Nous décrivons le clivage endogène de la chromatine couplé au séquençage à haut débit (ChEC-seq), une méthode orthogonale à l'immunoprécipitation à la chromatine (ChIP) pour cartographier les sites de liaison des protéines à l'échelle du génome avec des protéines de fusion à la nucléase micrococcie (MNase).

Abstract

La cartographie à l'échelle du génome des interactions protéine-ADN est essentielle pour la compréhension de la régulation des gènes, du remodelage de la chromatine et d'autres processus résistant aux chromatines. La réticulation par formaldehyde suivie de l'immunoprécipitation de la chromatine et du séquençage à haut débit (X-ChIP-seq) a été utilisée pour obtenir de nombreuses informations précieuses sur la biologie du génome. Cependant, X-ChIP-seq a des limitations remarquables liées à la réticulation et à la sonication. Le ChIP indigène évite ces inconvénients en omettant la réticulation, mais entraîne souvent une mauvaise récupération des protéines liées à la chromatine. En outre, toutes les méthodes basées sur le ChIP sont soumises à des considérations de qualité d'anticorps. Les méthodes enzymatiques pour cartographier les interactions protéine-ADN, qui impliquent la fusion d'une protéine d'intérêt pour une enzyme modifiant l'ADN, ont également été utilisées pour cartographier les interactions protéine-ADN. Nous avons récemment combiné une telle méthode, le clivage endogène de la chromatine (ChEC), avec un séquençage à haut débit comme ChEC-seq. ChEC-seq repose sur la fusion d'une chromatine-assocUne protéine d'intérêt intéressant pour la nuclease micrococcique (MNase) génère un clivage d'ADN ciblé en présence de calcium dans les cellules vivantes. Le ChEC-seq n'est pas basé sur l'immunoprécipitation et contourne ainsi les préoccupations potentielles liées à la réticulation, à la sonication, à la solubilisation de la chromatine et à la qualité des anticorps tout en fournissant une cartographie haute résolution avec un signal de fond minimal. Nous envisageons que ChEC-seq sera une contrepartie puissante de ChIP, fournissant un moyen indépendant permettant de valider les résultats de ChIP-seq et de découvrir de nouvelles idées sur la régulation génomique.

Introduction

La cartographie des sites de liaison des facteurs de transcription (TF), des remodelateurs de la chromatine et d'autres facteurs réglementaires associés à la chromatine est essentielle pour comprendre tous les processus basés sur la chromatine. Bien que les approches d'immunoprécipitation à la chromatine et de séquençage à haut débit (ChIP-seq) aient été utilisées pour obtenir de nombreuses connaissances importantes sur la biologie du génome, elles ont des limitations notables. Nous avons récemment introduit une méthode alternative, appelée clivage endogène de la chromatine et séquençage à haut débit (ChEC-seq) 1 , pour contourner ces inconvénients.

ChIP-seq est le plus souvent réalisé avec une étape initiale de réticulation de formaldéhyde (X-ChIP-seq) pour préserver les interactions protéine-ADN. Cependant, un certain nombre d'études récentes ont indiqué que X-ChIP-seq capture des interactions protéines-ADN transitoires ou non spécifiques 2 , 3 , 4 , 5 <Sup>, 6 , 7 , 8 , donnant lieu à des sites de liaison faussement positifs. En outre, la sonication, couramment utilisée pour fragmenter la chromatine dans les expériences X-ChIP-seq, cisaille préférentiellement les régions de la chromatine ouverte, ce qui conduit à une récupération partielle des fragments de ces régions 9 , 10 . La sonication produit également un mélange hétérogène de longueurs de fragments, limitant finalement la résolution du site de liaison, bien que l'ajout d'une étape de digestion par une exonucléase puisse grandement améliorer la résolution 11 , 12 . Les méthodes ChIP indigènes telles que les régions occupées des génomes provenant de la chromatine naturellement isolée purifiée par affinité (ORGANIQUE) 13 n'utilisent pas de réticulation et de fragmentation de la chromatine avec la nucléase micrococcie (MNase), en atténuant les biais potentiels associés à la réticulation au formaldéhyde et à la sonication. cependant,La solubilité de nombreuses protéines liées à la chromatine dans les conditions relativement douces requises pour l'extraction de la chromatine native est médiocre, entraînant potentiellement une réduction de la dynamique et / ou des faux négatifs 14 .

Alors que diverses itérations de ChIP-seq sont le plus couramment utilisées pour la cartographie génomique des interactions protéine-ADN, plusieurs techniques de cartographie basées sur la fusion de protéines d'intérêt pour diverses enzymes modifiant l'ADN ont également été mises en œuvre. Une telle approche est l'identification par l'ADN adénine méthyltransférase (DamID) 15 , dans laquelle une protéine de liaison à la chromatine est génétiquement fusionnée à Barrage et cette fusion est exprimée dans des cellules ou des animaux, entraînant une méthylation de séquences de GATC proches des sites de liaison de la protéine. DamID est avantageux en ce qu'il ne repose pas sur l'immunoprécipitation et évite ainsi la réticulation, les anticorps ou la solubilisation de la chromatine. Il est également réalisé in vivo . toutefois, La résolution de DamID est limitée à l'échelle de kilobase et l'activité de méthylation de la protéine de fusion du barrage est constitutive. Une deuxième méthode basée sur la fusion enzymatique est Calling Card-seq 16 , qui utilise une fusion d'un facteur d'intérêt pour une transposase, en dirigeant l'intégration spécifique au site des transposons. Comme DamID, Calling Card-seq n'est pas basé sur l'immunoprécipitation et a donc des avantages similaires, avec l'avantage supplémentaire d'une résolution accrue. Toutefois, Calling Card-seq peut être limité par des biais de séquences de transposases et dépend également de la présence de sites de restriction proches des sites d'insertion de transposon.

Une troisième méthode de fusion enzymatique, développée dans le laboratoire de Laemmli, est le clivage endogène de la chromatine (ChEC) 17 . Dans ChEC, une fusion entre une protéine associée à la chromatine et la MNase est exprimée dans les cellules et, après l'addition de calcium pour activer la MNase, l'ADN est clivé proximal aux sites de liaison pour les étiquetésFacteur ( figure 1 ). En conjonction avec Southern Blot, ChEC a été utilisé pour caractériser la structure de la chromatine et la liaison des protéines à un certain nombre de loci individuels dans la levure 17 , 18 et a été combiné avec une analyse de microarrays à basse résolution pour sonder l'interaction des composants des pores nucléaires avec la levure Génome 19 . ChEC offre des avantages similaires à DamID et Calling Card-seq, et sa résolution est presque une paire de base unique lorsqu'elle est analysée par l'extension d'amorçage 19 . ChEC est également contrôlable: le clivage d'ADN robuste par MNase dépend de l'ajout de calcium millimolaire, ce qui garantit que la MNase est inactive aux faibles concentrations de calcium libres observées dans les cellules vivantes 20 .

Auparavant, nous avons postulé que la combinaison de ChEC avec le séquençage à haut débit (ChEC-seq) fournirait des cartes haute résolution des sites de liaison TF. En effet, ChEC-seq a généré des cartes haute résolution des facteurs de régulation généraux de la levure bourgeonnaire (GRF) Abf1, Rap1 et Reb1 à travers le génome 1 . Nous avons également appliqué avec succès ChEC-seq au complexe Mediator modulaire, un conservateur, un coactivateur de transcription global essentiel 21 , élargissant l'applicabilité de ChEC-seq aux complexes de taille megadalton qui ne contactent pas directement l'ADN et peuvent être difficiles à cartographier par ChIP- Méthodes basées. ChEC-seq est une méthode puissante à la fois pour la validation indépendante des résultats de ChIP-seq et la génération de nouvelles connaissances sur la régulation des processus résistant aux chromatines. Ici, nous présentons un protocole étape par étape pour la mise en œuvre de cette méthode dans la levure bourgeonnante.

Protocol

1. Génération de souches de levure Générer une souche de levure portant le facteur d'intérêt marqué avec MNase. La PCR amplifie la cassette de marquage MNase du vecteur souhaité ( Tableau 1 ) en utilisant le mélange réactionnel spécifié ( Tableau 2 ) et les conditions cycliques ( Tableau 3 ). Mélanger 5 μL de la réaction de PCR et 1 μL de colorant de chargement d'ADN 6X. Exécutez chaque portion aliquote de PC…

Representative Results

Dans le cas d'une expérience réussie de ChEC, l'analyse de l'ADN par électrophorèse sur gel d'agarose révélera une augmentation de la fragmentation de l'ADN par rapport au calcium, comme l'indiquent les frottis et la digestion éventuelle complète de l'ADN génomique. Dans certains cas, une échelle de bandes similaire à celle observée avec une digestion MNase traditionnelle est observée après une digestion prolongée. C'est le cas pour l'an…

Discussion

Nous avons montré que ChEC peut cartographier diverses classes de protéines de levure sur la chromatine et anticiper qu'il sera largement applicable à différentes familles de TF et d'autres facteurs de liaison à la chromatine dans la levure. ChEC-seq est avantageux en ce qu'il ne nécessite pas de réticulation, de solubilisation de la chromatine ou d'anticorps. Ainsi, ChEC évite les artefacts potentiellement présents dans X-ChIP-seq, tels que l'artefact hyper-ChIPable 3</sup…

Divulgaciones

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Nous remercions Moustafa Saleh et Jay Tourigny pour la lecture critique du manuscrit et Steven Hahn et Steven Henikoff pour le mentorat et le soutien lors du développement de ChEC-seq et son application au complexe Mediator. SG est soutenu par les subventions du NIH R01GM053451 et R01GM075114 et GEZ est soutenu par les fonds de démarrage de l'Université d'Indiana.

Materials

dNTPs NEB N0447
Q5 high-fidelity DNA polymerase NEB M0491L Other high-fidelity DNA polymerases, such as Phusion, may be used for cassette amplification.
TrackIt 1 Kb Plus DNA ladder ThermoFisher Scientific 10488085
Taq DNA polymerase NEB M0273L
cOmplete Mini EDTA-free protease inhibitor cocktail Sigma-Aldrich 11836170001 It is important that an EDTA-free protease inhibitor mix is used, so as not to inhibit Mnase cleavage by chelation of Ca2+.
PMSF ACROS Organics AC215740010
Digitonin, High Purity EMD Millipore 300410-250MG Make a 2% stock by dissolving 20 mg digitonin in 1 mL DMSO with vigorous vortexing.
Proteinase K, 20 mg/mL Invitrogen 25530049
RNase A, 10 mg/mL ThermoFisher Scientific EN0531
Ampure XP beads Beckman Coulter A63880 Ampure-like beads can be generated using a published protocol (ref 24).
MagneSphere magnetic rack Promega Z5342

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Grünberg, S., Zentner, G. E. Genome-wide Mapping of Protein-DNA Interactions with ChEC-seq in Saccharomyces cerevisiae. J. Vis. Exp. (124), e55836, doi:10.3791/55836 (2017).

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