Coregulated遺伝子の潜在的な規制モチーフを特定するためにスコープの使用

<p class="jove_title"> 1。あなたがSCOPEによる分析のために共同で規制されていると信じて遺伝子の名前のリストを準備します。</p><p class="jove_content">テキストフ​​ァイルとしてリストを保存するか、ステップ3でSCOPEに貼り付けるクリップボードにコピーします。ファイルには追加情報なしで1行に1つの遺伝子の名前が含まれている必要があります。あるいは、分析する実際の配列を含むFASTAファイルとしてリストを準備することができます。</p><p class="jove_title"> 2。 Webブラウザを起動し、URLに接続します。<a href="http://genie.dartmouth.edu/SCOPE/"> http://genie.dartmouth.edu/SCOPE/</a</p><p class="jove_title"> 3。 SCOPEは、分析を実行するために必要な情報を入力します。</p><p class="jove_content">最初のSCOPEのページを図1に示されています。別のセクションは、この段階で対処されています。</p><ol><li>あなたが調べれる種を選択するには"種"ポップアップメニューを使用してください。 SCOPEは、それは検査している任意の候補のモチーフについては発生の背景の周波数を計算するためにゲノムを参照するため、適切な種を選択することが重要です。</li><li>遺伝子間または固定のどちらかの長さを選択する"上流配列"のラジオボタンを使用してください。遺伝子間ではあなたが見て、以前の（上流の）遺伝子されている遺伝子の間のすべてのシーケンスを分析する。これは、その別の上流の長さを意味するのに使用される各遺伝子は、このケースでは、SCOPEはつまり、前の遺伝子に拡張する場合でも、それぞれの遺伝子に対して上流配列の同一の長さを検討する。現在の遺伝子の開始から上流のヌクレオチドの正確にその数を見ていきます固定長を選択（またはではない）。一般に、800国税庁は選択するのが最善の長さですが、これは種と異なることがあります。</li><li>次の遺伝子のリストのテキストボックスにあなたの遺伝子のリストに貼り付けることにより、または以前に作成した遺伝子のリストを含むファイルを選択するボタン"ファイル選択"を押すか分析するために設定したものを遺伝子SCOPEを伝えます。あなたは、代わりに、同じテキストボックスにFASTAシーケンスファイルに貼り付けることができます。</li><li>ページの次のセクションでは、チェックボックスが含まれています'が見つかりませんモチーフ（s）を含む他の遺伝子のゲノムを調べて？" SCOPEは、ゲノム内の他のすべての遺伝子を評価する必要があるため、このオプションは、かなりの分析時間を追加することができます。しかし、これは出発遺伝子セットの遺伝子との共同規制されるための良い候補となる他の遺伝子を同定するのに非常に役立ちます。 SCOPEの分析は比較的速いなので、それはあなたが最初の分析で、このオフのままにしておくことをお勧めします。結果のセクションで説明したように、それは常に、分析を再実行する結果ページからオンにすることができます。</li><li>'結果が含まれている必要があります"セクションは、その分析に含めるSCOPEをしたいモチーフを入力するために使用することができます。あなたが特定のモチーフを探しているならば、この設定を行うことがあります。</li><liページの>最後のセクションは、メールアドレスと分析して保存するコメントを入力するために使用することができます。これは入力されている場合、SCOPEは、結果を含むWebページにバックリンクを記載したメールをお送りします、そしてそれはまた、2つの添付ファイルが含まれます。一つは、人間が読める形式ですべての解析結果を持っているプレーンテキストフ​​ァイルです。番目の添付は、SCOPEは、コンピュータ読み取り可能なフォーマットで発見したことをすべての結果を含むXMLファイルが含まれています。あなたが結果にいくつかの追加的な分析を実行したい場合、XMLファイルは非常に便利です。両方のファイルは、電子メールで送信される前に"zip形式で圧縮"されています。</li><li>このデモでは、同じ情報を使用して開始されます。これは、簡単に必要な情報を記入される"サンプルの検索"ボタンを押すことによって達成することができます。今このボタンを押す。三つの遺伝子は、あなたと他のフィールドのために作られた適切な選択のために入力されます。それらが設定されているとして、これらを残す。つの遺伝子は、テロメアの維持に関与している<em>サッカロマイセスセレビシエ</em>。フォームに入力を図2に示します。分析を開始するにはページの下部にある"ファイル名を指定して実行SCOPE"ボタンを押してください。</li></ol><p class="jove_title"> 4。代表的な結果：</p><p class="jove_content"分析の>主な結果を図3に示されています。ページの上部には、SCOPEで発見されたモチーフに関する情報のテーブルが含まれています。最初の列は、検出されたと小さな色の付いた四角形が以下のようにグラフィカルなモチーフのマップの凡例としてされたモチーフのリストが含まれています。任意のモチーフの表示は、色付きのボックス（または色付きのボックスは次のようになります）をクリックしてオンまたはオフに切り替えることができます。これは困難な有病率の低下モチーフのパターンを見ることになるかもしれない非常に繰り返されるモチーフの表示を隠すために非常に便利です。</p><p class="jove_content"データの>その他の列には、カウント（遺伝子のセット全体でそのモチーフの出現回数）、SIGの値（そのモチーフの重要性の指標）、カバレッジ（のインスタンスを少なくとも1つ含まれて提出された遺伝子の割合です。そのモチーフ）、およびアルゴリズム（モチーフを検出するために使用された三成分アルゴリズムのどれが）。</p><p class="jove_content">記載されているモチーフのいずれかをクリックするとそのモチーフの詳細な情報を含んでいるページにユーザーがかかります。結果の詳細は図4のシアンのモチーフ（atgnnnnttg）のために示されている。シーケンスのロゴ、位置の重み行列、およびその位置、鎖と遺伝子とのすべてのモチーフのインスタンスのリスト：このページでは、モチーフは、3つの方法で表されます。</p><p class="jove_content"ページ下に>もう少し先にはこのモチーフを含む他の遺伝子を探しての結果についてのいくつかの追加の詳細です。わかるように、この場合に備えて、元の遺伝子のセットに追加されたときに実際にSIGの値を改善すべてがモチーフを含む1344他の遺伝子があった。これらの遺伝子とSCOPEの設定ページに戻ります"を検索するためにチェックの遺伝子を追加"を押すと、元の遺伝子のセット、それらが以前にあったとして設定パラメータに追加。この場合、10余分な遺伝子が元の3に追加されます。</p><p class="jove_content">図5は、このモチーフのための余分な遺伝子を含む分析の結果を示しています。オリジナルの3つの遺伝子は、（小文字で）結果の一番下にあります。これらの余分な遺伝子の上流領域のモチーフのパターンを見ると、はっきりとはよく似ていることを示しています。オリジナルの3つの遺伝子がそうであったように、実際には、これらの遺伝子の多くはテロメア維持に関与している。オリジナルのモチーフは今、このセットでの最高得点のモチーフであることにも注意してください。</p><p class="jove_content"> SCOPEの結果の別のセットを図6に示されています。このケースでは、遺伝子のセットは、出芽酵母のリボソーム生合成に関与しているものです。これらの遺伝子は、実際にリボソームの一部ではありませんが、リボソームの組み立てを担当し、修飾酵素の数が含まれています。どのような図で明らかなことは、赤と緑のモチーフがこのセット内の遺伝子の調節に関与する可能性がある信頼性の高いパターンを形成するということです。我々は、より詳細に"モジュール"のこのパターンを調査して、後で文書にそれを報告します。</p><p class="jove_content"<img src="/files/ftp_upload/2703/2703fig1.jpg" alt="Figure 1"><strong>図1</strong>。メインスコープの入力ページ。このページは、解析する遺伝子を入力すると、種を定義するために使用され、上流領域の長さを検査する。オプションで、ユーザーが電子メールで結果を要求するか、または指定されたモチーフの検索を制限することができます。ビデオヘルプも用意されています。</p><p class="jove_content"<img src="/files/ftp_upload/2703/2703fig2.jpg" alt="Figure 2"><strong>図2</strong>。検索を実行するために充填された値を持つメインスコープの入力ページ。これらのパラメータは、"サンプルの検索"ボタンを押しての結果です。このケースでは、SCOPEで見つけたモチーフを含む他の遺伝子を見つけるためにチェックボックスがチェックされます。このオプションでは、計算に時間がかかります（ゲノム内のすべての遺伝子を検査する必要がある）しかし、興味深い洞察を提​​供することができます。</p><p class="jove_content"<img src="/files/ftp_upload/2703/2703fig3.jpg" alt="Figure 3"><strong>図3</strong>。メインSCOPE結果ページ。このページでは、SCOPEの検索の結果をまとめたものです。すべて高得点のモチーフのリストが提供され、色分けされたモチーフのマップは、分析の遺伝子のセット内の特定されたモチーフの位置を示しています。モチーフの横のカラーボックスをクリックすると、モチーフのマップでオンまたはオフそのモチーフの表示をトグルします。重要度スコア（SIGの値）に加えて、モチーフを含む遺伝子の割合（被覆率）、およびそのモチーフを見つけるために使用されるアルゴリズムも用意されています。</p><p class="jove_content"<img src="/files/ftp_upload/2703/2703fig4_1.jpg" alt="Figure 4 top"><img src="/files/ftp_upload/2703/2703fig4_2.jpg" alt="Figure 4 bottom">図4</strong>。特定のモチーフがメインの結果ページでクリックされたときにこの結果の詳細ページが起動されます。それは個々のモチーフの詳細を示しています。シーケンスのロゴ、位置の重み行列、およびコンセンサス配列は、各ページ上のモチーフのインスタンスのリストの概要の別の種類を表しています。元の検索の設定でチェックした"余分な遺伝子を発見"以来、このモチーフを含むゲノム内の他の遺伝子についてこのページの情報もあります。このページからはこのページに同定された余分な遺伝子を含む別のSCOPEの実行を開始することも可能です。</p><p class="jove_content"<img src="/files/ftp_upload/2703/2703fig5.jpg" alt="Figure 5">図5</strong>。この図は、図4に示されているモチーフ"atgnnnnttg'の余分な遺伝子を探しての結果を示しています。オリジナルの3つの遺伝子は、モチーフのマップの下部に小文字になります。追加の遺伝子は大文字で記載されています。これらの遺伝子の上流領域のモチーフに明確なパターンがあります。それは、それが識別された方法であるために指定されたモチーフは"LOOKUP"のようなアルゴリズムを示すことにも注意してください。それは実際には5と一致する^目モチーフは、この分析ではスペーサーによって発見。</p><p class="jove_content"<img src="/files/ftp_upload/2703/2703fig6.jpg" alt="Figure 6">図6</strong>。出芽酵母のリボソーム生合成に関与する遺伝子のスコープの出力。モチーフ"aaawtttbh"（赤）と約10〜30 NTSと遺伝子の転写開始点の上流100から200ヌクレオチドに存在するで区切られた"abctcatcd'（緑）で構成されるモジュールの保存されたパターンに注意してください。</p>