우리는 우리가 5 Neandertal 개인의 전체 mitochondrial genomes을 재구성하는 데 사용되는 타겟으로 고대 DNA 시퀀스 검색의 방법을 제시한다. 현재 일 인간과 함께 이러한 시퀀스 비교 Neandertals가 장기 낮은 효과적인 인구의 크기 있다고 제안합니다.
고대 유골의 전형이므로 우리는 크게 저하 및 미생물의 DNA로 오염되어 DNA 소스로부터 타겟 DNA 시퀀스 검색하는 방법을 제시. 방법은 크게 샘플 파괴 및 PCR이나 샷건 배열 접근 방식을 직접 상대 시퀀싱 요구 사항을 줄일 수 있습니다. 우리가 그들의 지리적인 범위에 걸쳐을 다섯 Neandertals의 전체 mitochondrial DNA (mtDNA) genomes를 재구성하기 위해이 메서드를 사용합니다. 후반 Neandertals의 mtDNA 유전 다양성은 현대 현대 인간의 그것보다 약 세 배 낮은되었다. 함께 mtDNA 단백질 진화의 분석과 함께, 이러한 데이터는 Neandertals의 장기적 효과적인 인구의 크기는 현대 인간과 무언가 큰 원숭이의보다 작은 것을 권장합니다.
PEC 방법은 간단하고 빠르고, 민감하고 구체적인 것입니다. 따라서 이러한 RNA 라이브러리의 작은 RNA 조각의 캡쳐, 풀링 샘플 또는 metagenomic 샘플에서 16 (또는 다른 loci) 다양성을 캡처에 구조적 변화의 심문으로 고대 DNA 이외 우리는 저자의 관찰하다 여러 응용 프로그램. 언급 한 지점은 캡처의 감도가 다중 캡처 반응 증가 PEC primers의 번호로 낮은 될 것입니다. PEC 따라서 이상 (예 : megabase 이상) 매우 큰 캡쳐 영역의 포착에 적합 아니지만 아주 잘 신속한 방식으로 많은 사람의 작은 대상 지역 또는 SNP 위치의 포착에 적합합니다.
The authors have nothing to disclose.
과학 예술 아카데미 크로아티아와 물류 및 과학 지원을 위해 과학 베를린 – 브란 덴 부르크 아카데미, 및 재정적 지원에 대한 최대 플랑크 협회의 대통령 혁신 기금 우리는 조언 M. 마이어 감사합니다. JMG는 NSF 국제 박사 교제 (우아즈 – 0754461)에 의해 지원되었다. Neandertal 1 (Feldhofer 1) FM865407, Neandertal 2 (Feldhofer 2) FM865408, Sidron 1253 FM865409, Vindija 33.25 FM865410, Mezmaiskaya 1 FM865411 : 시퀀스는 가입 번호와 에비 뉴클레오 티드 데이터베이스에 쌓인 거죠
Material Name | Tipo | Company | Catalogue Number | Comment |
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AmpliTaq Gold polymerase with GeneAmp PCR buffer II and MgCl2 | Applied Biosystems | N8080241 | ||
QIAGEN MinElute PCR purification kit | Qiagen | 28004 | ||
M-270 streptavidin beads | Invitrogen | 653.05 | ||
Tween-20 | Sigma-Aldrich | P2287 | ||
DynaMag-2 magnetic particle separator | Invitrogen | 120.02D |