Här presenterar vi ett protokoll för snabb identifiering av proteiner som produceras av genomiskt sekvenserade patogena bakterier med MALDI-TOF-TOF tandem masspektrometri och uppifrån och ner proteomisk analys med programvara som utvecklats internt. Metastabila proteinjoner fragment på grund av aspartsyra effekten och denna specificitet utnyttjas för protein identifiering.