Этот протокол описывает подход к маркировке in toto и многомерной визуализации раннего развития глаз рыбок данио. Мы описываем маркировку, встраивание и четырехмерную (4D) визуализацию с использованием лазерной сканирующей конфокальной микроскопии, а также соображения по оптимизации сбора наборов данных для препарирования механизмов морфогенеза оптической чашки.