Protokollen utvikler en tredimensjonal (3D) modell av et dendrittisk segment med dendrittiske spines for modellering av synaptisk plastisitet. Det konstruerte nettet kan brukes til beregningsmodellering av AMPA-reseptorhandel i den langsiktige synaptiske plastisiteten ved hjelp av programmet Blender med CellBlender og MCell.