Generation of Genome-wide Chromatin Conformation Capture Libraries from Tightly Staged Early <em>Drosophila</em> Embryos

Clemens B. Hug; Juan M. Vaquerizas

doi:10.3791/57001

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Generación de bibliotecas de captura de conformación de genoma cromatina desde etapas bien tempranas embriones de Drosophila

JoVE Journal
Genetik

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JoVE Journal Genetik

Generation of Genome-wide Chromatin Conformation Capture Libraries from Tightly Staged Early Drosophila Embryos

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Generación de bibliotecas de captura de conformación de genoma cromatina desde etapas bien tempranas embriones de Drosophila

DOI:

10.3791/57001-v

•

10:35 min

•

October 03, 2018

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Clemens B. Hug, Juan M. Vaquerizas

¹Max Planck Institute for Molecular Biomedicine

Kapitel

00:04Titel
00:37Embryo Fixation
01:48Embryo Sorting
03:07In Situ Hi-C – Lysis
04:57In Situ Hi-C – Digestion, Overhang Fill-in, and Ligation
06:58DNA Extraction
09:11Results: Analysis of Chromatin Conformation Capture Libraries from Drosophila Embryos
09:58Conclusion

Summary

Automatische Übersetzung

Este trabajo describe un protocolo para la generación de alta resolución en situ Hi-C bibliotecas de bien escenifica la gastrulación Drosophila melanogaster embriones.

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ZUR WIEDERGABELISTE HINZUFÜGEN

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Determinación de todo el genoma de los mamíferos sincronización de replicación de ADN por medición del contenido

Generación de inmunoprecipitación de la cromatina nativa secuenciación bibliotecas para el análisis de densidad de nucleosoma

Asignación de genoma cromatina accesible en linfocitos T humanos primarios por ATAC-Seq

Promotor captura Hola-C: Perfiles de alta resolución, genoma de interacciones promotor

Mediada por CRISPR reorganización de la estructura de bucles de cromatina

Vigilancia de todo el genoma de errores de transcripción en organismos eucariotas

Captura de alto rendimiento identificación de secuencias reguladoras de genes utilizando secuenciación de próxima generación de conformación Circular cromosoma (4C-seq)

Identificación de contactos potenciadores-promotores en cuerpos embrionarios por captura cuantitativa de conformación cromosómica (4C)

Análisis de todo el genoma de la distribución de modificaciones de histonas utilizando el método de secuenciación de inmunoprecipitación de cromatina en Magnaporthe oryzae