Här beskriver vi ett protokoll för hela berget immunofluorescens och image-baserad kvantitativ volymetrisk analys av tidiga skede musembryon. Vi presenterar denna teknik som en kraftfull metod att kvalitativt och kvantitativt bedöma hjärt strukturer under utveckling, och föreslår att det kan vara allmänt anpassas till andra organsystem.