Den lille, fritlevende nematode Caenorhabditis elegans er en enkel, men kraftfuld modelorganisme til at løse en lang række biologiske spørgsmål. Siden indførelsen i 1963 har nematoderne været uvurderlige for at besvare spørgsmål inden for neurobiologi, metabolisme, aldring, udvikling, immunitet og ^genetik1. Nogle af dyrets mange egenskaber, der gør det til en ideel modelorganisme, omfatter kort generationstid, effektiviteten af RNA-interferens, gennemsigtig krop og de færdige kort over både dets cellulære afstamning og nervesystem.

Mens nematodens bidrag til videnskaben er enorme, er de blevet underudnyttet til at belyse det eukaryote transskriptionssystem, hvor det meste af vores forståelse af disse mekanismer kommer fra undersøgelser ved hjælp af nukleart ekstrakt fra gær, frugtflue og ^{pattedyrcellekultur2}. Den største forhindring, der afskrækker forskere fra at udvinde funktionelle nukleare ekstrakt er nematoden hårde ydre kutikula. Dette exoskelet omfatter krydsbundne kollagen, cuticlins, glycoproteiner og lipider, hvilket gør C. elegans fra larvestadiet til voksenalderen resistente over for proteinudvinding via kemiske eller mekaniske ^kræfter3. Et in vitro transskriptionssystem ved hjælp af C. elegans nukleare ekstrakt blev engang udviklet, men ikke bredt vedtaget på grund af systemets begrænsede omfang, og brugen af Dounce homogenisator til fremstilling af ekstraktet kan føre til protein ^{ustabilitet4,5}.

I modsætning til den tidligere protokol for nuklear ekstrakt isolation, som udnyttede en Dounce homogenizer til at bryde C. elegans, denne protokol bruger en Balch homogenizer. Balch homogenisatoren består af to hovedkomponenter: en wolframcarbidkugle og en blok i rustfrit stål med en kanal, der keder sig igennem fra den ene ende til den anden. Balch homogenisatoren er fyldt med wolframcarbidkuglen og udjævnes på begge sider for at forsegle slibekammeret. Sprøjter kan lastes på de to lodrette porte, der fører ind i slibekammeret. Da materialet overføres fra den ene sprøjte til den anden gennem slibekammeret, tvinger trykket fra sprøjterne materialet gennem et smalt mellemrum mellem bolden og væggen i kammeret. Dette langsomme og konstante tryk bryder materialet, indtil det når en ensartet størrelse, der er i stand til at passere gennem det smalle hul let. Tvinger C. elegans gennem det smalle hul via et konstant, men blidt tryk bryder dyrene åbne og frigiver deres indhold i den omgivende buffer. Skift af kuglestørrelser strammer yderligere hullet, bryder de nyligt frigivne celler og frigør kernerne i bufferen. Flere tilfælde af centrifugering adskiller kernerne fra resten af celleaffaldet, hvilket giver mulighed for indsamling af et rent nukleart ekstrakt. Balch homogenisatoren foretrækkes frem for Dounce homogenisatoren af flere grunde: systemet kan håndtere et stort antal dyr, hvilket gør det muligt at udtrække en høj mængde aktive proteiner i et enkelt forsøg; den præcise bearbejdning af kuglerne og stålblokken giver mulighed for ensartet slibning mellem flere prøver; den tunge stålblok fungerer som en køleplade, der ensartet trækker varme væk fra slibekammeret, hvilket forhindrer denaturering.

Efter isolering skal det nukleare ekstrakts transskriptionsaktivitet verificeres, før den anvendes i biokemiske eksperimenter. Traditionelt blev transskription aktivitet målt ved hjælp af radiomærkede nukleotider til at spore og visualisere den nyligt syntetiserede RNA. Radioaktiv mærkning kan dog være byrdefuld, da det kræver forsigtighed under brug og ^{bortskaffelse6}. Teknologiske fremskridt gør det muligt for forskere i dag at bruge langt mindre skadelige eller besværlige metoder til at måle selv små RNA-mængder ved hjælp af teknikker som kvantitativ realtids-PCR (qRT-PCR)⁷. Her beskriver protokollen en metode til at isolere aktivt nukleart ekstrakt fra larvestadiet 4 (L4) C. elegans og visualisere transskription aktivitet i et in vitro-system.