Summary

Seriel blok-ansigt scanning elektron mikroskopi (SBEM) til undersøgelse af dendritiske rygsøjler

Published: October 02, 2021
doi:

Summary

Serial Block-Face Scanning Electron Microscopy (SBEM) anvendes til at billedet og analysere dendritiske pigge i murine hippocampus.

Abstract

Tredimensionel elektronmikroskopi (3D EM) giver mulighed for at analysere morfologiske parametre for dendritiske rygsøjler med nanoskalaopløsning. Derudover kan nogle funktioner i dendritiske rygsøjler, såsom volumen af rygsøjlen og postsynaptisk tæthed (PSD) (der repræsenterer postsynaptisk del af synapsen), tilstedeværelse af præsynaptisk terminal og glat endoplasmisk reticulum eller atypisk form af PSD (f.eks. multiin innerverede rygsøjler), kun observeres med 3D EM. Ved at anvende seriel blok-ansigt scanning elektronmikroskopi (SBEM) er det muligt at opnå 3D EM data lettere og på en mere reproducerbar måde end ved udførelse af traditionel seriel sektionsopdele. Her viser vi, hvordan man forbereder muse hippocampalprøver til SBEM-analyse, og hvordan denne protokol kan kombineres med immunfluorescensundersøgelse af dendritiske rygsøjler. Mild fiksering perfusion giver os mulighed for at udføre immunfluorescens undersøgelser med lys mikroskopi på den ene halvdel af hjernen, mens den anden halvdel blev forberedt til SBEM. Denne fremgangsmåde reducerer antallet af dyr, der skal anvendes til undersøgelsen.

Introduction

De fleste af de excitatoriske synapser i centralnervesystemet er placeret på dendritiske rygsøjler – små fremspring af en neuronal membran. Disse fremspring danner begrænsede biokemiske rum, der styrer intracellulær signaltransduktion. Strukturel plasticitet af dendritiske rygsøjler og synapser er tæt forbundet med de funktionelle ændringer i synaptisk effekt, der ligger til grund for så vigtige processer som læring og hukommelse1,2. Det er vigtigt at bemærke, at elektronmikroskopi (EM) er den eneste teknik, der gør det muligt at afgøre, om en dendritisk rygsøjle har et præsynaptisk input. EM-opløsning er også nødvendig for at studere ultrastrukturelle detaljer såsom form af en postsynaptisk tæthed (PSD), der repræsenterer en postsynaptisk del af en synapse, eller dimensioner af en dendritisk rygsøjle, samt størrelsen og formen af en axonal bouton. Derudover er det med EM muligt at visualisere synapser og deres omgivelser.

Takket være fremskridt inden for billed- og computerteknologier er det muligt at rekonstruere hele neurale kredsløb. Volumenelektronmikroskopiteknikker, såsom seriel sektionstransmissionselektronmikroskopi (ssTEM), seriel blok-ansigtsscanning elektronmikroskopi (SBEM) og fokuseret ionstrålescanning elektronmikroskopi (FIB-SEM) er almindeligt anvendt til neuronale kredsløbsrekonstruktioner3.

I vores undersøgelser anvendes SBEM-metoden med succes til at undersøge den strukturelle plasticitet af dendritiske rygsøjler og PSD’er i prøver af musen hippocampus og organotypiske hjerneskiver 4,5. SBEM er baseret på installation af en miniature ultramikromitomi inde i scanningselektronmikroskopkammeret6,7,8,9. Toppen af prøveblokken afbildes, og derefter skæres prøven i en bestemt dybde af ultramikrotomen og afslører en ny blokflade, som igen afbildes, og derefter gentages processen8. Som følge heraf er det kun billedet af en blok-ansigt er tilbage, mens skiven, der er blevet skåret er tabt som snavs. Derfor kaldes SBEM en destruktiv teknik, hvilket betyder, at det ikke er muligt at afbilde det samme sted igen. Fordelen ved de destruktive on-block-metoder er imidlertid, at de ikke lider af vridningsproblemer og sektionstab, der kan påvirke datakvaliteten og dataanalysen3betydeligt . Desuden giver SBEM mulighed for at afbilde et relativt stort synsfelt ( > 0,5 mm × 0,5 mm) ved høj opløsning3.

For at anvende SBEM skal prøverne forberedes i henhold til en dedikeret, meget kontrasterende protokol på grund af den backscattered elektrondetektor, der bruges til at erhverve billeder. Vi viser her, hvordan man udfører prøveforberedelse i henhold til protokollen baseret på en procedure udviklet af Deerinck10 (National Center for Microscopy and Imaging Research (NCMIR) metode), ved hjælp af reducerede osmium-thiocarbohydrazide-osmium (rOTO) pletter udviklet i 1980’erne8,11. Derudover introducerer vi en to-trins fikseringsmetode med mild fikseringsperfusion, der gør det muligt at bruge den samme hjerne både til immunfluorescensundersøgelser med lysmikroskopi og SBEM.

I protokollen er en musehjerne primært fastgjort med et mildt fikseringsmiddel og skæres derefter i halve, og den ene halvkugle anbringes og forberedes til immunfluorescens (IF), mens den anden til EM-undersøgelser (Figur 1).

Figure 1
Figur 1. Skematisk repræsentation af arbejdsprocessen for forberedelsen af dendritiske rygsøjler til analysen med SBEM. Mus blev ofret og perfunderet med en mild primær fikseringsmiddel. Hjernen blev skåret i halve, og en halvkugle blev anbragt med immunfluorescens (IF)-dedikeret fiksativ, kryobeskyttet, skåret ved hjælp af en kryostat og behandlet for IF-undersøgelser, mens den anden halvkugle blev anbragt med EM fiksativ, skåret med vibratomet og forberedt til EM-undersøgelser. Hjerneskiver til SBEM-undersøgelser blev kontrasteret, fladt indlejret i harpiks, så blev en CA1-region af hippocampus monteret på stiften og afbildet med SBEM (Figur 1). Den del af protokollen, der er fremhævet i en gul boks, blev vist i videoen. Klik her for at se en større version af dette tal.

Protocol

Forskningen blev udført i overensstemmelse med Nencki Institute retningslinjer og tilladelse fra det lokale etiske udvalg. Undersøgelserne blev gennemført i overensstemmelse med De Europæiske Fællesskabers rådsdirektiv af 24. Der blev gjort alt for at minimere antallet af anvendte dyr og deres lidelser. ADVARSEL: Alle nedenfor beskrevne procedurer skal udføres i en laboratoriefumhætte. På grund af reagensernes farlige karakter. Personlige sikkerhedsforanstaltninger såsom handsker, la…

Representative Results

Ved hjælp af den metode, der er beskrevet ovenfor høj kontrast, god opløsning billeder af musens hjernevæv kan opnås. Et stort synsfelt, der leveres af SBEM-teknikken, letter en præcis udvælgelse af den region, der er af interesse. Det store billede af CA1-regionen i hippocampus blev taget for at måle længden af stratum radiatum (SR) (Figur 2A) og for at indstille billeddannelsen præcist i midten (Figur 2B). Dernæst blev stakken af billeder e…

Discussion

Der er mange variationer af den primære NCMIR-metode beskrevet af Deerinck i 201010. De grundlæggende principper forbliver de samme, men afhængigt af den undersøgte type materiale gennemføres små ændringer. Det blev tidligere beskrevet, at forskellige harpikser kan bruges til at integrere prøver til SBEM, og for eksempel i tilfælde af planter er Spurr’s den valgte harpiks på grund af dens lave viskositet, der giver bedre infiltration gennem cellevæggene22,</…

Offenlegungen

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

SBEM billeddannelse, lys mikroskopi billeddannelse og elektron mikroskopi prøve forberedelse blev udført med brug af udstyr fra Laboratory of Imaging Tissue and Function, der fungerer som en billeddannelse kerne facilitet på Nencki Institute of Experimental Biology.

Til forberedelse af figur 1 blev billedet af en mus (Souris_02) og et hætteglas fra https://smart.servier.com/ brugt.

Dette arbejde blev støttet af National Science Centre (Polen) Grant Opus (UMO-2018/31/B/NZ4/01603) tildelt KR.

Materials

Anesthetic:
Ketamine/xylazine mixture (Ketamina/Sedazin) Biowet Pulawy, Pulawy, Poland
Sodium pentobarbital (Morbital) Biowet Pulawy, Pulawy, Poland
Fixatives:
Glutaraldehyde (GA) Sigma-Aldrich,St. Louis, MI, USA G5882 Grade I, 25% in H2O, specially purified for use as an electron microscopy fixative
Hydrochloric acid (HCl) POCH, Gliwice, Poland 575283115 pure p.a.
Paraformaldehyde (PFA) Sigma-Aldrich,St. Louis, MI, USA 441244 prilled, 95%
Phosphate buffered saline (PBS), pH 7.4 Sigma-Aldrich,St. Louis, MI, USA P4417-50TAB tablets
Sodium hydroxide (NaOH) Sigma-Aldrich,St. Louis, MI, USA S5881 reagent grade, Equation98%, pellets (anhydrous)
Sodium phosphate dibasic (Na2HPO4) Sigma-Aldrich,St. Louis, MI, USA S3264
Sodium phosphate monobasic (NaH2PO4) Sigma-Aldrich,St. Louis, MI, USA S3139
Perfusion:
Large blunt/blunt curved scissors (~14.5 cm) Fine Science Tools, Foster City, CA, USA 14519-14
Micro-spatula (double 2" flat ends, one rounded, one tapered to 1/8") Fine Science Tools, Foster City, CA, USA 10091-12
Needle tip, 15 GA, blunt (perfusion needle) KD Medical GmbH Hospital Products, Berlin, Germany KD-FINE 900413 1.80 x 40 mm
Pair of fine (Graefe) tweezers Fine Science Tools, Foster City, CA, USA 11050-10
Perfusion pump Lead Fluid BQ80S
Plastic vials Profilab, Warsaw, Poland 534.02 plastic vials with blue cap for tissue storage, 20 ml, 31 x 48 mm
Straight iris scissors (~9 cm) Fine Science Tools, Foster City, CA, USA 14058-11
Brain slices preparation for EM:
12-well plate NEST, Rahway, NJ, USA 712001
Cyanoacrylic glue Fenedur, Montevideo, Uruguay
Glass vials Electron Microscopy Sciences, Hatfield, PA, USA 72632 20 ml Scintillation Vial, a pack of 100
Pasteur pipette VWR, Radnor, PA, USA 612-4545 LDPE, disposable, 7.5 ml
Razor blade Wilkinson Sword, London, UK Classic double edge safety razor blades
Scalpel blade Swann-Morton, Sheffield, UK No. 20
Vibratome Leica Microsystems, Vienna, Austria Leica VT1000 S
Brain slices preparation for IF:
96-well plate NEST, Rahway, NJ, USA 701101
Criostat Leica Microsystems, Vienna, Austria Leica CM 1950
Ethylene glycol Bioshop, Burlington, Canada ETH001
Low-profile disposable blade 819 Leica Biosystems Inc., USA 14035838925
Scalpel blade Swann-Morton, Sheffield, UK No. 20
Sodium azide (NaN3) POCH, Gliwice, Poland 792770426
Sucrose POCH, Gliwice, Poland 772090110
Tissue freezing medium for cryosectioning, OCT-Compound Leica Biosystems, Switzerland 14020108926
Immunostaining:
24-well plate NEST, Rahway, NJ, USA 702001
Anti-Post Synaptic Density Protein 95 Antibody Merck-Millipore, Burlington, MA, USA MAB1598
Confocal microscope Zeiss, Göttingen, Germany Zeiss Spinning Disc microscope (63 × oil objective, NA 1.4, pixel size 0.13 µm × 0.13 µm)
Cover slide Menzel Glaser, Braunschweig, Germany B-1231 24 x 60 mm
Donkey anti-Mouse IgG (H+L) Highly Cross-Adsorbed Secondary Antibody, Alexa Fluor 555 Invitrogen, Carlsbad, CA, USA A31570
Fluoromount-G Mounting Medium, with DAPI Invitrogen, Carlsbad, CA, USA 00-4959-52
Microscope slide Thermo Scientific, Waltham, MA, USA AGAA00008 SuperFrost
Normal donkey serum (NDS) Jackson ImmunoResearch Laboratories, West Grove, PA, USA 017-000-121
Shaker JWElectronic, Warsaw, Poland KL-942
TritonT X-100 Reagent Grade Bioshop, Burlington, Canada TRX506
Electron microsocpy sample preparation
Potassium hexacyanoferrate(II) trihydrate POCH, Gliwice, Poland 746980113
Aclar 33C Film Electron Microscopy Sciences, Hatfield, PA, USA 50425 Fluoropolymer Film embedding sheet
DMP-30, 2,4,6-Tris(dimethylaminomethyl)phenol Sigma-Aldrich,St. Louis, MI, USA T58203 Epoxy embedding medium accelerator
Durcupan ACM single component A, M Sigma-Aldrich,St. Louis, MI, USA 44611 Durcupan ACM single component A, M epoxy resin
Durcupan ACM single component B Sigma-Aldrich,St. Louis, MI, USA 44612 Durcupan ACM single component B, hardener 964
Durcupan ACM single component D Sigma-Aldrich,St. Louis, MI, USA 44614 Durcupan ACM single component D , plasticizer
Ethyl alcohol absolute POCH, Gliwice, Poland 64-17-5 Ethyl alcohol absolute 99.8 % pure P.A.-BASIC
Genlab laboratory oven Wolflabs, York, UK Mino/18/SS Oven Genlab MINO/18/SS 18l volume, no fan circulation, no digital display, standard temperature gradient, standard recovery rate, no timer, 250°C maximum temperature, 240V electrical supply
L-Aspartic acid Sigma-Aldrich,St. Louis, MI, USA A-9256 reagent grade, Equation98% (HPLC)
Lead (II) nitrate Sigma-Aldrich,St. Louis, MI, USA 467790 Equation99.95% trace metals basis
Osmium tetroxide Sigma-Aldrich,St. Louis, MI, USA 75632 for electron microscopy, 4% in H2O
pH meter Elmetron, Zabrze, Poland CP-5-5
Rotator BioSan, Józefów, Poland Multi Bio RS-24 rotator Multi Bio RS-24
Sodium hydroxide (NaOH) Sigma-Aldrich,St. Louis, MI, USA S5881 reagent grade, Equation98%, pellets (anhydrous)
Sunflower mini shaker Grant bio, Shepreth,UK PD-3D
Syringe filter Millipore, Burlington, MA, USA SLGP033NB 0,22 µm pore size
Thiocarbohydrazide Sigma-Aldrich,St. Louis, MI, USA 88535 purum p.a., for electron microscopy, Equation99.0% (N)
Uranyl acetate Serva, Heidelberg, Germany 77870 Uranyl acetate·2H2O, research grade
Water bath WSL, Swietochlowice, Poland LWT
Specimen mounting for SBEM
96-well culture plate VWR, Radnor, PA, USA 734-2782 96-well plates, round bottom, non treated
AM Gatan 3View stub handling tweezers Micro to Nano, Haarlem, Netherlands
Netherlands
50-001521
Binocular OPTA-TECH, Warsaw, Poland X2000
Conductive glue Chemtronics, Georgia, USA CW2400 conductive eopxy
Gatan 3View sample pin stubs Micro to Nano, Haarlem, Netherlands
Netherlands
10-006003
Parafilm Sigma-Aldrich,St. Louis, MI, USA P7793 roll size 20 in. × 50 ft
Pelco conductive silver paint Ted Pella, Redding, CA, USA 16062-15 PELCO® Conductive Silver Paint, 15g
Razor blades double edge Electron Microscopy Sciences, Hatfield, PA, USA 72000 Stainless Steel "PTFE" coated. PERSONNA brand .004" thick, wrapped individually, 250 blades in a box.
Scanning Electron Microscope Zeiss, Oberkochen, Germany Sigma VP with Gatan 3View2 chamber, acceleration voltage 2.5 kV, variable pressure 5 Pa, aperture 20 µm, dwell time 6 µs, slice thickness 60 nm, magnification 15 000 x, image resolution 2048 x 2048 pixels, pixel size 7.3 nm
trim 90° diamond knife Diatome Ltd., Nidau, Switzerland DTB90
Ultramicrotome Leica Microsystems, Vienna, Austria Leica ultracutR
Software webpage tutorials
FijiJ https://fiji.sc/
Microscopy Image Browser http://mib.helsinki.fi/ http://mib.helsinki.fi/tutorials.html
Reconstruct https://synapseweb.clm.utexas.edu/software-0 https://synapseweb.clm.utexas.edu/software-0)
Animals
Mice Adult 3-month old and 20±1 month old female Thy1-GFP(M) mice (Thy1-GFP +/-) (Feng et al.,2000) which express GFP in a sparsely distributed population of glutamatergic neurons. Animals were bred as heterozygotes with the C57BL/6J background in the Animal House of the Nencki Institute of Experimental Biology.

Referenzen

  1. Bosch, M., Hayashi, Y. Structural plasticity dendritic spines. Current Opinion in Neurobiology. 22 (3), 383-388 (2012).
  2. Borczyk, M., Radwanska, K., Giese, K. P. The importance of ultrastructural analysis of memory. Brain Research Bulletin. 173, 28-36 (2021).
  3. Wanner, A. A., Kirschmann, M. A., Genoud, C. Challenges of microtome-based serial block-face scanning electron microscopy in neuroscience: challenges of SBEM in neuroscience. Journal of Microscopy. 259 (2), 137-142 (2015).
  4. Śliwińska, M. A., et al. Long-term Memory Upscales Volume of Postsynaptic Densities in the Process that Requires Autophosphorylation of αCaMKII. Cerebral Cortex. 30 (4), 2573-2585 (2020).
  5. Borczyk, M., Śliwińska, M. A., Caly, A., Bernas, T., Radwanska, K. Neuronal plasticity affects correlation between the size of dendritic spine and its postsynaptic density. Scientific Reports. 9 (1), 1693 (2019).
  6. Leighton, S. B. SEM images of block faces, cut by a miniature microtome within the SEM – a technical note. Scanning Electron Microscopy. , 73-76 (1981).
  7. Denk, W., Horstmann, H. Serial Block-Face Scanning Electron Microscopy to Reconstruct Three-Dimensional Tissue Nanostructure. PLoS Biology. 2 (11), 329 (2004).
  8. Smith, D., Starborg, T. Serial block face scanning electron microscopy in cell biology: Applications and technology. Tissue and Cell. 57, 111-122 (2019).
  9. Titze, B., Genoud, C. Volume scanning electron microscopy for imaging biological ultrastructure: Volume scanning electron microscopy. Biology of the Cell. 108 (11), 307-323 (2016).
  10. Deerinck, T. J., Bushong, E. A., Thor, A., Ellisman, M. H. . NCMIR methods for 3D EM: A new protocol for preparation of biological specimens for serial block face scanning electron microscopy. , 6-8 (2010).
  11. Willingham, M. C., Rutherford, A. V. The use of osmium-thiocarbohydrazide-osmium (OTO) and ferrocyanide-reduced osmium methods to enhance membrane contrast and preservation in cultured cells. Journal of Histochemistry & Cytochemistry. 32 (4), 455-460 (1984).
  12. Feng, G., et al. Imaging Neuronal Subsets in Transgenic Mice Expressing Multiple Spectral Variants of GFP. Neuron. 28 (1), 41-51 (2000).
  13. Gage, G. J., Kipke, D. R., Shain, W. Whole Animal Perfusion Fixation for Rodents. Journal of Visualized Experiments. (65), e3564 (2012).
  14. Paxinos, G., Franklin, K. B. J. . The mouse brain in stereotaxic coordinates. , (2004).
  15. Walton, J. Lead aspartate, an en bloc contrast stain particularly useful for ultrastructural enzymology. Journal of Histochemistry & Cytochemistry. 27 (10), 1337-1342 (1979).
  16. Mercer, E. H. a scheme for section staining in electron microscopy. Journal of the Royal Microscopical Society. 81 (3-4), 179-186 (1963).
  17. Schindelin, J., et al. Fiji: an open-source platform for biological-image analysis. Nature Methods. 9 (7), 676-682 (2012).
  18. Belevich, I., Joensuu, M., Kumar, D., Vihinen, H., Jokitalo, E. Microscopy Image Browser: A Platform for Segmentation and Analysis of Multidimensional Datasets. PLOS Biology. 14 (1), 1002340 (2016).
  19. Fiala, J. C. Reconstruct: a free editor for serial section microscopy. Journal of Microscopy. 218 (1), 52-61 (2005).
  20. Roels, J., et al. An interactive ImageJ plugin for semi-automated image denoising in electron microscopy. Nature Communications. 11 (1), 771 (2020).
  21. Radwanska, K., et al. Mechanism for long-term memory formation when synaptic strengthening is impaired. Proceedings of the National Academy of Sciences. 108 (45), 18471-18475 (2011).
  22. Kittelmann, M., Hawes, C., Hughes, L. Serial block face scanning electron microscopy and the reconstruction of plant cell membrane systems: SBFSEM Methods for Plant Cells. Journal of Microscopy. 263 (2), 200-211 (2016).
  23. Fendrych, M., et al. Programmed Cell Death Controlled by ANAC033/SOMBRERO Determines Root Cap Organ Size in Arabidopsis. Current Biology. 24 (9), 931-940 (2014).
  24. Russell, M. R. G., et al. 3D correlative light and electron microscopy of cultured cells using serial blockface scanning electron microscopy. Journal of Cell Science. 130 (1), 278-291 (2017).
  25. Płachno, B. J., Świątek, P., Jobson, R. W., Małota, K., Brutkowski, W. Serial block face SEM visualization of unusual plant nuclear tubular extensions in a carnivorous plant (Utricularia, Lentibulariaceae). Annals of Botany. 120 (5), 673-680 (2017).
  26. Genoud, C., Titze, B., Graff-Meyer, A., Friedrich, R. W. Fast Homogeneous En Bloc Staining of Large Tissue Samples for Volume Electron Microscopy. Frontiers in Neuroanatomy. 12, (2018).
  27. Puhka, M., Joensuu, M., Vihinen, H., Belevich, I., Jokitalo, E. Progressive sheet-to-tubule transformation is a general mechanism for endoplasmic reticulum partitioning in dividing mammalian cells. Molecular Biology of the Cell. 23 (13), 2424-2432 (2012).
  28. Gluenz, E., Wheeler, R. J., Hughes, L., Vaughan, S. Scanning and three-dimensional electron microscopy methods for the study of Trypanosoma brucei and Leishmania mexicana flagella. Methods in Cell Biology. 127, 509-542 (2015).
  29. Starborg, T., et al. Using transmission electron microscopy and 3View to determine collagen fibril size and three-dimensional organization. Nature Protocols. 8 (7), 1433-1448 (2013).
  30. Hughes, L., Borrett, S., Towers, K., Starborg, T., Vaughan, S. Patterns of organelle ontogeny through a cell cycle revealed by whole-cell reconstructions using 3D electron microscopy. Journal of Cell Science. 130 (3), 637-647 (2017).
  31. Bojko, A., et al. Improved Autophagic Flux in Escapers from Doxorubicin-Induced Senescence/Polyploidy of Breast Cancer Cells. International Journal of Molecular Sciences. 21 (17), 6084 (2020).
  32. Knott, G. W., Holtmaat, A., Trachtenberg, J. T., Svoboda, K., Welker, E. A protocol for preparing GFP-labeled neurons previously imaged in vivo and in slice preparations for light and electron microscopic analysis. Nature Protocols. 4 (8), 1145-1156 (2009).
  33. Glauert, A. M., Lewis, P. R. . Biological specimen preparation for transmission electron microscopy. , (2014).
  34. Genoud, C. Altered Synapse Formation in the Adult Somatosensory Cortex of Brain-Derived Neurotrophic Factor Heterozygote Mice. Journal of Neuroscience. 24 (10), 2394-2400 (2004).
check_url/de/62712?article_type=t

Play Video

Diesen Artikel zitieren
Śliwińska, M. A., Cały, A., Szymański, J., Radwańska, K. Serial Block-Face Scanning Electron Microscopy (SBEM) for the Study of Dendritic Spines. J. Vis. Exp. (176), e62712, doi:10.3791/62712 (2021).

View Video