Summary

Menneskelige pluripotent stamcelle Basert Utviklingstoksisitet Analyser for kjemikaliesikkerhet Screening og Systems Biology datagenerering

Published: June 17, 2015
doi:

Summary

Protokollene beskriver to in vitro utviklingstoksisitetstestsystemer (UKK og UKN1) basert på humane embryonale stamceller og transkriptom studier. De testsystemer forutsi menneskelig utviklingstoksisitet farer, og kan bidra til å redusere dyrestudier, kostnader og den tiden som kreves for kjemisk sikkerhetstesting.

Abstract

Effektive protokoller for å skille menneskelige pluripotente stamceller til ulike vev i kombinasjon med -omics teknologier åpnet nye horisonter for in vitro toksisitet testing av potensielle narkotika. Å gi et solid vitenskapelig grunnlag for slike analyser, vil det være viktig å få kvantitativ informasjon om tidsforløpet av utvikling og på de underliggende reguleringsmekanismer av systembiologi tilnærminger. To analyser er derfor innstilt her for disse kravene. I UKK testsystemet, er humane embryonale stamceller (hESC) (eller andre pluripotente celler) igjen å spontant skille i 14 dager i embryoide legemer, for å tillate generering av celler av alle tre bakterie lag. Dette systemet sammenfatter viktige trinn i tidlig human embryoutvikling, og det kan forutsi human-spesifikke tidlig embryotoksisitet / teratogenisitet, hvis cellene er utsatt for kjemikalier under differensiering. Den UKN1 testsystemet er basert på hESC differensiere til en population av neuroectodermal stamfar (NEP) celler for 6 dager. Dette systemet sammenfatter tidlig neural utvikling og spår tidlig utviklings neurotoxicity og epigenetiske endringer utløst av kjemikalier. Begge systemene, i kombinasjon med transcriptome microarray undersøkelser, er egnet til å identifisere toksisitet biomarkører. Dessuten kan de anvendes i kombinasjon for å generere inngangsdata for systemer biologi analyse. Disse testsystemer har fordeler i forhold til tradisjonelle toksikologiske studier som krever store mengder av dyr. Test systemer kan bidra til en reduksjon av kostnadene for legemiddelutvikling og kjemisk sikkerhetsvurdering. Deres kombinasjon belyser spesielt på forbindelser som kan påvirke neurodevelopment spesifikt.

Introduction

Muligheten av humane embryonale stamceller (hESC) for å skille ut ulike typer celler åpnet opp en ny æra av in vitro toksisitet testing 1, sykdom modellering og regenerativ medisin 2. Stamcellene er utstyrt med kapasitet til å kopiere seg selv, for å holde deres pluripotent tilstand, og for å skille ut spesialiserte celler 3,4. Egenskapene til hESC (evne til å differensiere til alle viktige celletyper) er også funnet i andre humane pluripotente stamceller, som menneskeskapte pluripotente stamceller (hiPSC) eller celler som genereres av kjerneoverføring 5. For eksempel har mange forskjellige hESC linjer blitt differensiert i nevroner 6, nyreceller 7, neural crest cellene 8 kardiomyocytter 9-12, eller hepatocytter som celler 13,14. Videre kan hESC spontant differensiere i celler av alle tre bakterie lag 15-18 i embryoid organer (EBS) 19,20. Early embryoutvikling er regulert av differensial uttrykk for ulike gener knyttet til de ulike bakterie lag som har blitt fanget på mRNA nivå ved transcriptomics bruker mikromatriseteknologi 15. Dette arbeidet resulterte i etableringen av organspesifikke toksikologiske modeller basert på hESC / hiPSC og transcriptomics analyse (for oversikt se 21,22). Disse modellene har fordeler fremfor den tradisjonelle bruken av forsøksdyr i toksikologiske studier, som prekliniske studier med forsøksdyr er ikke alltid logisk for menneskelig sikkerhet. Stoffet indusert toksisitet oppstått hos pasienter er ofte relatert til metabolske eller signalprosesser som skiller mellom mennesker og forsøksdyr. Arten Forskjellen har forhindret pålitelig deteksjon av tidlig utviklingstoksisitet hos mennesker, og for eksempel medikamenter som thalidomid 23,24 og 25,26 dietylstilbestrol ble trukket tilbake fra markedet på grunn av teratogenisitet. Thalidomide har ikke vist noen utviklingstoksisitet i rotter eller mus. Miljø kjemikalier som metylkvikksølv 27 resulterte i prenatal utviklingstoksisitet når det gjelder nervesystemet i en rekke arter, men humane manifestasjoner har vært vanskelig å modellere i dyr. For å løse problemet med artsspesifisitet problemer, forskere som arbeider under ulike prosjekter basert på stamceller som ReProTect, ESNATS, DETECTIVE etc. er engasjert i utvikling av ulike modeller for embryotoksisitet, nevrotoksisitet, kardiotoksisitet, levertoksisitet og nefrotoksisitet ved hjelp av menneskegiftstoffer som mistenkes å påvirke mennesker. Under det europeiske konsortiet prosjektet "Embryonic Stem cellebasert Novel Alternative Testing Strategies (ESNATS)« Det er etablert fem testsystemer. En test system såkalt UKK (U niversitäts k linikum K OLN) test system delvis fanger tidlig menneskelig embryoutvikling. I denne system humane embryonale H9 celler er differensiert i tre bakterie lag (ektoderm, endoderm og mesoderm) 15 og bakterie lag spesifikke signaturer har blitt fanget av transcriptomics profil med Affymetrix microarray plattform. Ulike utviklingsgiftstoffer som thalidomid 28, valproinsyre, metylkvikksølv 16,17, eller cytosinarabinosid 15 har blitt testet i dette systemet, og toxicant bestemt gen signaturer er oppnådd. I en andre test-system, det såkalte UKN1 (U niversity av K onsta n z) testsystem 1, er H9-celler differensieres til neuroectodermal progenitorceller (NEP) i 6 dager. Dette er dokumentert av høy ekspresjon av nevrale genmarkører som Pax6 og OTX2. Under differensiering i 6 dager, har NEP celler vært utsatt for utviklings nevro-miljøgifter som VPA, metylkvikksølv. Giftstoff-spesifikke de-regulert transcriptomics profiler har vært obtainert som godt ved hjelp av Affymetrix microarray plattform 16,29.

Den nye visjonen for toksikologi av det 21. århundre ser for seg at testsystemer ikke bare gi fenotypiske beskrivelser som histopatologi in vivo, eller transkriptom endringer på slutten av langsiktige toxicant inkuberingene. Det foreslår heller at analysene gir mekanistisk informasjon 3, og at denne informasjonen kan tilordnes til såkalte uønskede utfall trasé (AOP) som gir en vitenskapelig begrunnelse for skadelige effekter 30. Å gi slik informasjon, testsystemer anvendes må være høyt kvalitetskontrollert 31, som for eksempel dokumentert av robuste standarddriftsprosedyrer. Videre tidsavhengige endringer må kartlegges med høy oppløsning. Dette krever testsystemer med synkroniserte endringer 32. De UKN1 og UKK testsystemer som er beskrevet her har blitt optimalisert for disse kravene.

Protocol

Følgende protokoll ble utført ved hjelp av menneskelig Embryonic Stem Cell linje (hESC) H9. Denne cellelinje ble rutinemessig dyrket på mitotisk inaktiverte mus embryonale fibroblaster (MEFs) i hESC kulturmedium supplementert med bFGF og deretter dyrket i stamcelle media på 6 cm petriplater belagt med basalmembran matriks, slik som matrigel, for å bli kvitt MEFs. H9-celler fra> 80% konfluente plater ble anvendt for ytterligere passasje. H9-celler dyrket i basalmembranmatrise plater bl…

Representative Results

Metylkvikksølv eksponering i UKK testsystem Cytotoksisiteten Analysen ble utført med H9 EBS for å oppnå en IC-10-verdi (reduksjon av levedyktighet med 10%) for cytotoksisiteten av metyl-kvikksølv (figur 1). Vi har også utført en microarray basert (Affymetrix plattform) biomarkør studien. H9 EBS har vært utsatt for metylkvikksølv (0,25 og 1 mm) i 14 dager. På dag 14, har prøvene er samlet ved hjelp av TRIzol og RNA ble isolert. Transkripsjonen profileri…

Discussion

Tradisjonelle tilnærminger til toksikologisk testing bære omfattende dyreforsøk dermed gjøre testing kostbart og tidkrevende. Dessuten, på grunn av den artsforskjellene de prekliniske dyresikkerhetsstudier er ikke alltid er gyldig for å forutsi giftvirkninger av potensielle legemidler som er relevant for mennesker. Selv om ikke-menneskelige primater er mest forutsigbare, fortsatt sterk etisk og socioeconomical krav raskt øke ved moderne samfunn for å utvikle følsom og robust in vitro test Sy…

Offenlegungen

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

We thank M. Kapitza, Margit Henry, Tamara Rotshteyn, Susan Rohani and Cornelia Böttinger for excellent technical support. This work was supported by grants from the German Research Foundation (RTG 1331) and the German Ministry for Research (BMBF).

Materials

DMEM/F-12 Life Technologies 11320082 Dulbecco's Modified Eagle Medium:Nutrient Mixture F-12
KOSR Life Technologies 10828028 Knockout Serum Replacement
GlutaMAX Life Technologies 35050061 GlutaMAX supplement
NEAA Life Technologies 11140050 MEM Nonessential Amino Acids Solution
DPBS Life Technologies 14190-0144 Dulbecco's Phosphate-Buffered Saline, without calcium, without magnesium
mTeSR medium Stemcell Technologies 5850
Pluronic F-127 Sigma P2443-250G
V bottom plate VWR 734-0483 Plate,Microwell,V BTTM,96 Well,Sterile 1 * 50 ST
Vbottom plate lid VWR 634-0011 Lid, Microtitre plates, Cond. Ring 1 * 50 ST
Pen/Strep Life Technologies 15140-122 Penicillin- Streptomycin, Liquid
Distilled Water Life Technologies 15230-089. Sterile Distilled Water
Human FGF-2 (bFGF) Millipore GF003AF-100UG Fibroblast Growth Factor basic, human recombinant, animal-free
Filter 0.22 μm Millipore SCGPU02RE Stericup-GP, 0.22 μm, polyethersulfone, 250 ml, radio- sterilized
StemPro EZPassageTM Disposablte Invitrogen 23181010
BD MatrigelTM, hESC qualified Matrix Stemcell Technologies 354277 5 ml vial
DMSO Sigma D-2650
RNAlater Stabilization Solution Life Technologies AM7020 It stabilizes and protect the RNA integrity in unfrozen samples.
70 μm Cell Strainer Becton Dickinson 352350 Cell strainer with 70 μm Nylon mesh
35 μm Lid cell strainer, 5 ml tube Becton Dickinson 352235 5 ml polystyrene round bottom test tube, with a cell strainer cap (35 μm)
50 ml sterile Polypropylene tube Greiner Bio-One 227261 50 ml Polypropylene tube with conical bottom, Sterile
T75 flask Greiner Bio-One 658175 CELLSTAR Filter Cap Cell Culture 75 cm2 Flasks
TRIzol Life Technologies 10296010
96 well optical bottom plates Thermo Scientific 165305
CellTiter-Blue Promega G8081
Accutase PAA L11-007
Apotransferin Sigma-Aldrich T-2036
Dispase Worthington Biochemicals LS002104
Dorsomorphin Tocris Bioscience 3093
EDTA Roth 8043.2
FBS PAA A15-101
FGF-2 R&D Systems 233-FB
Gelatine Sigma-Aldrich G1890-100G
Glucose Sigma-Aldrich G7021-100G
GlutaMAX Gibco Invitrogen 35050-038
HEPES Gibco Invitrogen 15630-056
Insulin Sigma-Aldrich I-6634
Knockout DMEM Gibco Invitrogen 10829-018
Matrigel BD Biosciences 354234
Noggin R&D Systems 719-NG
PBS Biochrom AG L1825
Progesteron Sigma-Aldrich P7556
Putrescine Sigma-Aldrich P-5780
ROCK inhibitor Y-27632 Tocris Biosciences 1254
SB431542 Tocris Biosciences 1614
SDS Bio-Rad 161-0416
Selenium Sigma-Aldrich S-5261
β-Mercaptoethanol Gibco Invitrogen 31350-010
List of Kits
RNeasy Mini Kit (250) QIAGEN 74106
GeneChip Hybridization, Wash, and Stain Kit Affymetrix 900721, 22, 23 This kit provides all reagents required for hybridization wash and staining of microarrays.
Rnase-Free DNase Set QIAGEN 79254
List of equipment.
Inverted microscope Olympus IX71
Genechip Hybridisation Oven – 645 Affymetrix
Genechip Fluidics Station-450 Affymetrix
Affymetrix Gene-Chip Scanner-3000-7 G Affymetrix
Spectramax M5 Molecular Devices
List of softwares
Prism 4
Affymetrix GCOS
Partek Genomic Suite 6.25
Online tools for Functional annotation
DAVID
Onto-tools Intelligent Systems and Bioinformatics Laboratory

Referenzen

  1. Liu, W. W., Deng, Y. G., Liu, Y., Gong, W. R., Deng, W. B. Stem Cell Models for Drug Discovery and Toxicology Studies. Journal of Biochemical and Molecular Toxicology. 27 (1), 17-27 (2013).
  2. Zuba-Surma, E. K., Jozkowicz, A., Dulak, J. Stem Cells in Pharmaceutical Biotechnology. Current Pharmaceutical Biotechnology. 12 (11), 1760-1773 (2011).
  3. Leist, M., Hartung, T., Nicotera, P. The dawning of a new age of toxicology. ALTEX. 25 (2), 103-114 (2008).
  4. Kuegler, P. B., et al. Markers of murine embryonic and neural stem cells, neurons and astrocytes: reference points for developmental neurotoxicity testing. ALTEX. 27 (1), 17-42 (2010).
  5. Yamada, M., et al. Human oocytes reprogram adult somatic nuclei of a type 1 diabetic to diploid pluripotent stem cells. Nature. , (2014).
  6. Chambers, S. M., et al. Highly efficient neural conversion of human ES and iPS cells by dual inhibition of SMAD signaling. Nature Biotechnology. 27 (3), 275-280 (2009).
  7. Takasato, M., et al. Directing human embryonic stem cell differentiation towards a renal lineage generates a self-organizing kidney. Nature cell biology. 16 (1), 118-126 (2014).
  8. Zimmer, B., et al. Evaluation of Developmental Toxicants and Signaling Pathways in a Functional Test Based on the Migration of Human Neural Crest Cells. Environmental Health Perspectives. 120 (8), 1116-1122 (2012).
  9. Bosman, A., et al. Molecular and Functional Evidence of HCN4 and Caveolin-3 Interaction During Cardiomyocyte Differentiation from Human Embryonic Stem Cells. Stem Cells and Development. 22 (11), 1717-1727 (2013).
  10. Sartiani, L., et al. Developmental changes in cardiomyocytes differentiated from human embryonic stem cells: A molecular and electrophysiological approach. Stem Cells. 25 (5), 1136-1144 (2007).
  11. Xu, X. Q., et al. Chemically defined medium supporting cardiomyocyte differentiation of human embryonic stem cells. Differentiation. 76 (9), 958-970 (2008).
  12. Pal, R., Mamidi, M. K., Das, A. K., Bhonde, R. Comparative analysis of cardiomyocyte differentiation from human embryonic stem cells under 3-D and 2-D culture conditions. Journal of Bioscience and Bioengineering. 115 (2), 200-206 (2013).
  13. Subramanian, K., et al. Spheroid Culture for Enhanced Differentiation of Human Embryonic Stem Cells to Hepatocyte-Like Cells. Stem Cells and Development. 23 (2), 124-131 (2014).
  14. Sivertsson, L., Synnergren, J., Jensen, J., Bjorquist, P., Ingelman-Sundberg, M. Hepatic Differentiation and Maturation of Human Embryonic Stem Cells Cultured in a Perfused Three-Dimensional Bioreactor. Stem Cells and Development. 22 (4), 581-594 (2013).
  15. Jagtap, S., et al. Cytosine arabinoside induces ectoderm and inhibits mesoderm expression in human embryonic stem cells during multilineage differentiation. British Journal of Pharmacology. 162 (8), 1743-1756 (2011).
  16. Krug, A. K., et al. Human embryonic stem cell-derived test systems for developmental neurotoxicity: a transcriptomics approach. Archives of Toxicology. 87 (1), 123-143 (2013).
  17. Leist, M., et al. Test systems of developmental toxicity: state-of-the art and future perspectives. Archives of Toxicology. 87 (12), 2037-2042 (2013).
  18. Itskovitz-Eldor, J., et al. Differentiation of human embryonic stem cells into embryoid bodies compromising the three embryonic germ layers. Molecular medicine. 6 (2), 88-95 (2000).
  19. Khoo, M. L. M., et al. Growth and differentiation of embryoid bodies derived from human embryonic stem cells: Effect of glucose and basic fibroblast growth factor. Biology of Reproduction. 73 (6), 1147-1156 (2005).
  20. Son, M. Y., Kim, H. J., Kim, M. J., Cho, S. Physical Passaging of Embryoid Bodies Generated from Human Pluripotent Stem Cells. Plos One. 6 (5), (2011).
  21. Winkler, J., Sotiriadou, I., Chen, S., Hescheler, J., Sachinidis, A. The potential of embryonic stem cells combined with -omics technologies as model systems for toxicology. Current medicinal chemistry. 16 (36), 4814-4827 (2009).
  22. Gunaseeli, I., Doss, M. X., Antzelevitch, C., Hescheler, J., Sachinidis, A. Induced pluripotent stem cells as a model for accelerated patient- and disease-specific drug discovery. Current medicinal chemistry. 17 (8), 759-766 (2010).
  23. Miller, M. T., Stromland, K. Teratogen update: Thalidomide: A review, with a focus on ocular findings and new potential uses. Teratology. 60 (5), 306-321 (1999).
  24. Newman, C. G. H. Teratogen Update – Clinical Aspects of Thalidomide Embryopathy – A Continuing Preoccupation. Teratology. 32 (1), 133-144 (1985).
  25. Stern, L. In vivo assessment of the teratogenic potential of drugs in humans. Obstetrics and gynecology. 58 (5 Suppl), 3S-8S (1981).
  26. Lynch, H. T., Reich, J. W. Diethylstilbestrol, Genetics, Teratogenesis, and Tumor Spectrum in Humans. Medical Hypotheses. 16 (3), 315-332 (1985).
  27. Satoh, H. Behavioral teratology of mercury and its compounds. Tohoku Journal of Experimental Medicine. 201 (1), 1-9 (2003).
  28. Meganathan, K., et al. Identification of Thalidomide-Specific Transcriptomics and Proteomics Signatures during Differentiation of Human Embryonic Stem Cells. Plos One. 7 (8), (2012).
  29. Balmer, N. V., et al. Epigenetic changes and disturbed neural development in a human embryonic stem cell-based model relating to the fetal valproate syndrome. Human Molecular Genetics. 21 (18), 4104-4114 (2012).
  30. Smirnova, L., Hogberg, H. T., Leist, M., Hartung, T. Developmental neurotoxicity – Challenges in the 21st Century and In Vitro Opportunities. ALTEX. 31 (2), 129-156 (2014).
  31. Leist, M., Efremova, L., Karreman, C. Food for thought … considerations and guidelines for basic test method descriptions in toxicology. ALTEX. 27 (4), 309-317 (2010).
  32. Zimmer, B., et al. Coordinated waves of gene expression during neuronal differentiation of embryonic stem cells as basis for novel approaches to developmental neurotoxicity testing. Cell Death and Differentiation. 18 (3), 383-395 (2011).
  33. Kraljevic, S., Stambrook, P. J., Pavelic, K. Accelerating drug discovery. EMBO Reports. 5 (9), 837-842 (2004).
check_url/de/52333?article_type=t

Play Video

Diesen Artikel zitieren
Shinde, V., Klima, S., Sureshkumar, P. S., Meganathan, K., Jagtap, S., Rempel, E., Rahnenführer, J., Hengstler, J. G., Waldmann, T., Hescheler, J., Leist, M., Sachinidis, A. Human Pluripotent Stem Cell Based Developmental Toxicity Assays for Chemical Safety Screening and Systems Biology Data Generation. J. Vis. Exp. (100), e52333, doi:10.3791/52333 (2015).

View Video