Coregulated 진스 잠재적인 규제 모티브를 식별하기 위해 범위를 사용하여

<p class="jove_title"> 1. 이 범위의 분석을 위해 공동 규제 믿고 유전자에 대한 이름의 목록을 준비합니다.</p><p class="jove_content"> 텍스트 파일로 목록을 저장 또는 3 단계에서 범위에 붙여넣을 클립 보드에 복사합니다. 이 파일은 별도의 정보를 한 줄에 하나의 유전자의 이름을 포함해야합니다. 또는, 당신은 실제 시퀀스가​​ 분석을 포함 FASTA 파일로 목록을 작성하실 수 있습니다.</p><p class="jove_title"> 2. 웹 브라우저를 시작하고 URL에 연결 :<a href="http://genie.dartmouth.edu/SCOPE/"> http://genie.dartmouth.edu/SCOPE/</a</p><p class="jove_title"> 3. 범위 분석을 수행하기 위해 필요한 정보를 입력합니다.</p><p class="jove_content"> 초기 범위 페이지는 그림 1에 표시됩니다. 다른 섹션이 단계에서 해결됩니다.</p><ol><li> 당신이 검사됩니다 수종을 선택할 수있는 '종'팝업 메뉴를 사용하십시오. 범위가 조사하는 모든 후보 모티브에 대한 발생 배경 주파수를 계산하기 위해 게놈을 의미 때문에 정확한 수종을 선택하는 것이 중요합니다.</li><li> intergenic 또는 고정 길이 중 하나를 선택할 수있는 '업스트림 순서 "라디오 버튼을 사용합니다. Intergenic 당신이보고있는 유전자와 이전 (업스트림) 유전자의 사이에 모든 순서를 분석합니다. 이것은 그 다른 상류 길이가 사용됩니다 의미합니다 각각의 유전자. 고정 길이 선택은 현재 유전자의 시작부터 상류 세포핵의 정확히 그 번호 살펴볼 것입니다.이 경우, 범위는 각 유전자에 대한 상류 순서의 동일한 길이를 검토되며, 그 이전 유전자 (또는로 확장하더라도 하지 않음). 일반적으로, 800 국세청 선​​택하는 가장 좋은 길이 있지만,이 수종에 따라 달라질 수 있습니다.</li><li> 유전자 목록 텍스트 상자에 유전자 목록에 붙여 넣어, 또는 이전에 만든 유전자의 목록을 포함하는 파일을 선택하려면 '파일 선택'버튼을 누르면하거나 분석하기 설정된 어떤 유전자 범위를 말해 다음. 당신은, 또는 같은 텍스트 상자에 FASTA 시퀀스 파일에 붙여넣을 수 있습니다.</li><li> 페이지의 다음 섹션의 확인란이 포함되어 있습니다 '발견 모티브 (들)을 포함하는 다른 유전자에 대한 게놈을 검사를? " 범위 게놈의 모든 다른 유전자를 평가할 수있다 때문에이 옵션은 상당한 분석 시간을 추가할 수 있습니다. 그러나 이것은 시작 유전자 세트의 유전자와 공동 규제되는 좋은 후보자 다른 유전자를 식별에 매우 유용할 수 있습니다. 범위 분석은 비교적 빠른이므로, 그것은 여러분의 초기 분석에 벗어 두는 것이 좋습니다. 그것은 항상 분석을 다시 실행하기 위해 검색 결과 페이지에서 켜져 수로 결과 섹션에서 설명했다.</li><li> '결과 포함되어야합니다'섹션은는 분석에 포함 범위를 원하는 주제를 입력하는 데 사용할 수 있습니다. 당신이 특정 주제를 찾고있다면이 일을 할 수 있습니다.</li><li페이지> 마지막 섹션은 귀하의 이메일 주소와 분석으로 저장하는 코멘트를 입력하는 데 사용할 수 있습니다. 이것에 가득 차있다면, 범위는 결과를 포함하는 웹 페이지로 링크가 포함된 이메일을 보낼 것이며, 또한이 첨부 파일을 포함합니다. 하나는 사람이 읽을 수있는 형식으로 모든 분석 결과가 일반 텍스트 파일입니다. 두 번째 첨부 파일 범위가 컴퓨터에서 읽을 형식으로 찾을 수있다는 모든 결과를 가지고있는 XML 파일이 포함되어 있습니다. 당신은 결과에 몇 가지 추가 분석을 원하는 경우, XML 파일은 매우 유용합니다. 두 파일은 이메일로 보내지기 전에 "압축"입니다.</li><li>이 데모의 경우, 우리는 동일한 정보로 시작됩니다. 이것은 쉽게 필요한 정보를 작성합니다 '샘플 검색'버튼을 누르면 얻을 수 있습니다. 이제이 버튼을 누릅니다. 세 유전자는 당신과 다른 분야 만들어 적절한 선택으로 입력됩니다. 그들이 설정된 이러한 둡니다. 세 유전자는 telomere의 유지 보수에 관련된<em> Saccharomyces cerevisiae</em>. 양식에 채워이 그림 2에 표시됩니다. 분석을 시작 페이지의 하단에있는 '실행 범위'버튼을 누르십시오.</li></ol><p class="jove_title"> 4. 대표 결과 :</p><p class="jove_content"분석> 주요 결과는 그림 3에 표시됩니다. 페이지의 맨 위에는 범위에서 발견된 작품에 대한 정보의 테이블이 포함되어 있습니다. 첫 번째 열에는 발견하고 작은 색깔의 사각형은 아래의 그래픽 모티브지도에 대한 전설 역할을했다 작품의 목록이 포함되어 있습니다. 특정 주제의 디스플레이는 색상 상자 (또는 색 상자가 될 어디)에서 클릭하여 켜거나 토글 수 있습니다. 이것은 어려운 적은 널리 모티브 패턴을 볼 수 있도록 수도 높은 반복 모티프의 표시를 숨기려하는 것은 매우 유용할 수 있습니다.</p><p class="jove_content"데이터> 기타 열의 개수 (유전자 세트 전체에 모티브의 사건의 번호), 시그 값 (즉 모티프의 중요성의 표시), 범위 (아르 중 적어도 하나 인스턴스를 포함하는 제출한 유전자의 비율 그 모티브) 및 알고리즘 (모티브를 검색하는 데 사용되었다 세 가지 구성 요소 중 어떤 알고리즘).</p><p class="jove_content"> 나열된 작품의 모든 클릭은 ​​모티브에 대한 상세한 정보를 포함하는 페이지로 사용자를 취할 것입니다. 결과 세부 사항은 그림 4에서 청록색의 모티브 (atgnnnnttg)에 표시됩니다. 순서 로고 위치 중량 매트릭스, 그들의 위치, 가닥과 유전자 모든 모티프 인스턴스의 목록이 페이지에서 모티브는 세 가지 방법으로 표현됩니다.</p><p class="jove_content"페이지 아래로> 좀 더이 모티브를 포함하는 다른 유전자를 찾고 결과에 대한 자세한 내용이 있습니다. 볼 수 있듯이,이 경우에는 원래의 유전자 세트에 추가했을 때 실제로 시그 가치를 향상하는 모든 모티브를 포함하는 다른 유전자 1,344있었습니다. 이러한 유전자와 범위 설정 페이지로 돌아갑니다 '를 검색 확인 유전자를 추가'누르면 원래의 유전자 집합에 추가하고 그들이 이전에 그랬던 것처럼 매개 변수로 설정합니다. 이 경우, 10 여분의 유전자는 원래의 셋을에 추가됩니다.</p><p class="jove_content"> 그림 5는이 모티프에 대한 여분의 유전자를 포함하는 분석의 결과를 보여줍니다. 원래의 셋을 유전자 (낮은 경우) 결과의 하단에 있습니다. 이러한 여분의 유전자의 상류 지역에서 모티프의 패턴을보고하는 것은 분명히 그들이 비슷한 것으로 나타났습니다. 원래의 셋을 유전자 것처럼 사실이 유전자의 대부분은 telomere 유지 보수에 관여하고 있습니다. 원래 주제는 지금이 집합에서 가장 높은 점수 모티브입니다도 있습니다.</p><p class="jove_content"scope 결과> 또 다른 집합은 그림 6에 표시됩니다. 이 경우 유전자의 집합은 Saccharomyces cerevisiae의 ribosome의 biogenesis에 관여하는 사람입니다. 이 유전자는 실제로 ribosome의 일부가 아니지만 변이를 조립에 대한 책임 및 수정 효소의 숫자를 포함합니다. 어떤 그림에서 명확 것은 적색과 녹색의 그​​림이 세트의 유전자 조절에 관여하는 가능성이 신뢰할 수있는 패턴을 형성한다는 것입니다. 우리는 더 자세히 "모듈"의 패턴을 조사하고 나중에 출판에보고합니다.</p><p class="jove_content"<img src="/files/ftp_upload/2703/2703fig1.jpg" alt="Figure 1"><strong> 그림 1</strong>. 메인 범위 입력 페이지입니다. 이 페이지는 분석하는 유전자를 입력하고 수종을 정의하는 데 사용되며 상류 지역의 길이를 검사합니다. 선택, 사용자는 이메일로 결과를 요청하거나 특정 주제로 검색을 제한할 수 있습니다. 비디오 도움말도 가능합니다.</p><p class="jove_content"<img src="/files/ftp_upload/2703/2703fig2.jpg" alt="Figure 2"><strong> 그림 2</strong>. 가치 메인 범위 입력 페이지는 검색을 수행에 가득. 이 매개 변수는 '샘플 검색'버튼을 누르면 결과입니다. 이 경우, 범위에 의해 발견된 주제를 포함하는 다른 유전자를 찾을 수있는 확인란이 선택됩니다. 이 옵션은 (게놈의 모든 유전자가 검사되어야합니다)하지만, 흥미로운 통찰력을 제공할 수 계산 시간이 오래 걸립니다.</p><p class="jove_content"<img src="/files/ftp_upload/2703/2703fig3.jpg" alt="Figure 3"><strong> 그림 3</strong>. 메인 범위 결과 페이지입니다. 이 페이지는 범위 검색 결과를 요약한 것입니다. 모두 높은 점수 작품의 목록이 제공되고 색상 코드화된 모티프지도 분석 유전자의 집합에서 확인된 작품의 위치를​​ 보여줍니다. 주제 옆에 색상 상자를 클릭하면 모티브지도에서 또는 해제되는 모티프의 표시를 전환합니다. 중요한 점수 (시그 값), 모티브 (적용 범위)이있는 유전자의 분율, 그 모티브를 찾을하는 데 사용되는 알고리즘 이외에도 제공됩니다.</p><p class="jove_content"<img src="/files/ftp_upload/2703/2703fig4_1.jpg" alt="Figure 4 top"><img src="/files/ftp_upload/2703/2703fig4_2.jpg" alt="Figure 4 bottom"> 그림 4</strong>. 특정 모티프가 기본 검색 결과 페이지에 클릭하면이 결과 세부 페이지가 거론됩니다. 그것은 개별적인 모티브의 세부 사항을 보여줍니다. 시퀀스 로고, 위치 중량 매트릭스, 그리고 합의 순서는 각 또한 페이지에서 모티브 인스턴스의 목록의 요약의 다른 종류를 나타냅니다. 원래 검색 설정에서 선택되었다 '는 별도의 유전자가 발견'이후,이 모티프를 포함하는 게놈의 다른 유전자에 대한이 페이지에 대한 정보도 있습니다. 이 페이지에서이 페이지에서 확인 여분의 유전자를 포함하여 다른 범위를 시작하는 것도 가능합니다.</p><p class="jove_content"<img src="/files/ftp_upload/2703/2703fig5.jpg" alt="Figure 5"> 그림 5</strong>. 이 그림은 그림 4에 표시된 모티브로 'atgnnnnttg'에 대한 여분의 유전자를 찾고 결과를 보여줍니다. 원래의 셋을 유전자 모티브지도 하단의 소문자에 있습니다. 추가 유전자는 대문자로 표시됩니다. 이러한 유전자의 상류 지역에있는 모티브에 명확한 패턴이 있습니다. 그것이 확인이 얼마나 그 때문에 특정 주제가 'LOOKUP'와 같은 알고리즘을 보여주는 것 또한 알 수 있습니다. 그것은 실제로 5 일치^일 모티브는이 분석에서 스페이서에 의해 발견했습니다.</p><p class="jove_content"<img src="/files/ftp_upload/2703/2703fig6.jpg" alt="Figure 6"> 그림 6</strong>. Saccharomyces cerevisiae의 ribosome biogenesis에 관련된 유전자에 대한 범위 출력. 주제 'aaawtttbh'(적색)와 'abctcatcd'(녹색)에 대해 10-30 국세청으로 구분하고 유전자에 대한 전사 시작 상류 100-200 세포핵에 존재 구성된 모듈의 보존 패턴을합니다.</p>