يهدف هذا البروتوكول إلى تحديد كمية الحمض النووي الريبي ل SARS-CoV-2 في عينات مياه الصرف الصحي والهواء لاستخدامها في دراسات علم الأوبئة القائمة على مياه الصرف الصحي وتقييم مخاطر التعرض ل SARS-CoV-2 في الهباء الجوي الداخلي والخارجي. يصف هذا البروتوكول أيضا نهج تسلسل القالب الطويل المبلط لتوصيف الجينوم الكامل ل SARS-CoV-2.