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Análisis de todo el genoma de la distribución de modificaciones de histonas utilizando el método de secuenciación de inmunoprecipitación de cromatina en Magnaporthe oryzae
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JoVE 杂志 遗传学
Genome-wide Analysis of Histone Modifications Distribution using the Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Method in Magnaporthe oryzae
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Análisis de todo el genoma de la distribución de modificaciones de histonas utilizando el método de secuenciación de inmunoprecipitación de cromatina en Magnaporthe oryzae

DOI:
10.3791/62423-v

•

09:25 min

•

June 02, 2021

•

, , , , , ,
1Beijing Key Laboratory of New Technology in Agricultural Application, National Demonstration Center for Experimental Plant Production Education, Department of Agronomy,Beijing University of Agriculture

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 00:39Preparation of Protoplasts from M. oryzae
  • 01:48In Vivo Crosslinking and Sonication
  • 03:22IP of Crosslinked Protein/DNA
  • 04:23Collecting and Rinsing the IP Products
  • 05:04Elution and Reverse Crosslinking of Protein/DNA Complexes
  • 05:56Purification and Recovery of DNA
  • 06:51DNA Repair and Solexa Library Construction
  • 08:23Results: Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Method for Genome-wide Histone Modification Analysi
  • 08:53Conclusion

Summary

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Aquí, presentamos un protocolo para analizar la distribución de las modificaciones de histonas en todo el genoma, que puede identificar nuevos genes diana en la patogénesis de M. oryzae y otros hongos filamentosos.

Tags

Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)Histone ModificationsMagnaporthe OryzaeEpigenetic RegulationFungal PathogenesisGenome-wide AnalysisTranscription FactorsDNA-protein InteractionsProtoplast PreparationSonicationAgarose Gel Electrophoresis

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