Detta protokoll beskriver en helt integrerat arbetsflöde för att karakterisera histon posttranslationella modifieringar som använder masspektrometri (MS). Arbetsflödet innehåller histon rening från cellodlingar eller vävnader, histon derivatisering och matsmältning, MS-analys med hjälp av nano-flödet vätskekromatografi och instruktioner för dataanalys. Protokollet är utformat för slutförande inom 2 - 3 dagar.