Dit protocol beschrijft de robuuste generatie van macrofagen uit door de mens geïnduceerde pluripotente stamcellen, en methoden voor hun latere karakterisering. Celoppervlaktemarkerexpressie, genexpressie en functionele tests worden gebruikt om het fenotype en de functie van deze iPSC-afgeleide macrofagen te beoordelen.
Macrofagen zijn aanwezig in de meeste gewervelde weefsels en bestaan uit wijd verspreide en heterogene celpopulaties met verschillende functies. Ze zijn belangrijke spelers in gezondheid en ziekte, die als fagocyten tijdens immuunverdediging en bemiddelende trofische, onderhoud, en reparatie functies. Hoewel het mogelijk is geweest om een aantal moleculaire processen die betrokken zijn bij de menselijke macrofaagfunctie te bestuderen, is het moeilijk gebleken om genetische technieken toe te passen op primaire menselijke macrofagen. Dit heeft ons vermogen om de complexe genetische trajecten die betrokken zijn bij macrofaagbiologie te ondervragen aanzienlijk belemmerd en modellen voor specifieke ziektetoestanden te genereren. Een kant-en-klare bron van menselijke macrofagen die vatbaar is voor het enorme arsenaal aan genetische manipulatietechnieken zou daarom een waardevol instrument op dit gebied zijn. We presenteren een geoptimaliseerd protocol dat het mogelijk maakt voor het genereren van macrofagen uit menselijke geïnduceerde pluripotente stamcellen (iPSCs) in vitro. Deze iPSC-afgeleide macrofagen (iPSC-DM’s) uitdrukken menselijke macrofaagceloppervlakmarkers, waaronder CD45, 25F9, CD163 en CD169, en onze functionele test voor live-celbeeldvorming toont aan dat ze robuuste fagocytische activiteit vertonen. Gekweekte iPSC-DM’s kunnen worden geactiveerd voor verschillende macrofaagtoestanden die veranderde genexpressie en fagocytische activiteit weergeven door de toevoeging van LPS en IFNg, IL4 of IL10. Zo biedt dit systeem een platform om menselijke macrofagen te genereren die genetische veranderingen dragen die specifieke menselijke ziekten modelleren en een bron van cellen voor medicijnscreening of celtherapie om deze ziekten te behandelen.
Embryonale stamcellen (SER’s) en geïnduceerde pluripotente stamcellen (iPSCs) vertegenwoordigen een zelfvernieuwende celbron die kan worden gedifferentieerd om cellen van alle drie de kiemlaaglijnen te produceren. Technologieën die het mogelijk maken om menselijke pluripotente stamcellen (PSC’s) genetisch te manipuleren, zoals Zinkvinger Nuclease, TALENS en CRISPR-Cas9, hebben een revolutie teweeggebracht in medisch onderzoek1,2,3,4. Genetische manipulatie van menselijke PSC’s is een bijzonder aantrekkelijke strategie wanneer de primaire cel van belang moeilijk uit te breiden en/of in vitro te handhaven is, of moeilijk genetisch te manipuleren is, zoals het geval is voor macrofagen5,6,7,8,9. Aangezien menselijke iPSC’s kunnen worden afgeleid uit elke somatische cel, omzeilen ze de ethische beperkingen in verband met SPC’s en bieden ze een strategie voor het leveren van gepersonaliseerde geneeskunde. Dit omvat patiëntspecifieke ziektemodellering, medicijntesten en autologe celtherapie met een verminderd risico op immuunafstoting en infectie6,8,10,11.
Protocollen die de generatie macrofagen van iPSC’s beschrijven, bestaan uit een proces in drie stappen dat: 1) Generatie embryoïnde lichamen omvat; 2) Opkomst van hematopoietische cellen in suspensie; 3) Terminale macrofaagrijping.
De vorming van driedimensionale aggregaten, bekend als embryoid lichamen (EBs) initieert differentiatie van iPSCs. Bot morfogenetisch eiwit (BMP4), stamcelfactor (SCF), en vasculaire endotheliale groeifactor (VEGF) worden toegevoegd om mesoderm specificatie rijden en ondersteuning van opkomende hematopoietische cellen7,8,9,11,12. De differentiërende cellen binnen de EB’s starten ook met de activering van endogene signaleringstrajecten zoals Wnt en Activin. Sommige differentiatieprotocollen gaan niet door het stadium van EB-vorming. In deze gevallen worden Wnt- en Activin-signaalregelaars, zoals recombinante menselijke Activin A en/of Chiron, toegevoegd aan de differentiserende iPSC’s in een monolayer formaat13,14,15. Hier richten we ons op een protocol dat gebruik maakt van EB-vorming. Voor de tweede stap van differentiatie worden DEB’s op een aanhangend oppervlak verguld. Deze bijgevoegde cellen worden vervolgens blootgesteld aan cytokines die de opkomst van suspensiecellen bevorderen die hematopoietische en myeloïde voorlopers bevatten. In deze in vitro kweekomstandigheden ondersteunt interleukine-3 (IL3) waarschijnlijk hematopoietische stam-voorlopercelvorming en proliferatie16,17, evenals myeloïde precursoren proliferatie en differentiatie18. Macrofaagkolonie stimulerende factor (CSF1) ondersteunt de productie van myeloïde cellen en hun differentiatie naar macrofagen19,20. Tijdens de derde fase van differentiatie worden deze suspensiecellen gekweekt in aanwezigheid van CSF1 ter ondersteuning van terminale macrofaagrijping.
De differentiatie van menselijke iPSC’s in macrofagen in vitro bootst de vroege golf van macrofaagproductie tijdens ontwikkeling na. Weefsel-ingezeten macrofagen worden vastgesteld tijdens de embryogenese en hebben een duidelijke ontwikkelingsafstamming van volwassen monocyten. Verschillende studies hebben aangetoond dat iPSC-DM’s een gensignatuur hebben die meer vergelijkbaar is met foetale lever-afgeleide macrofagen dan bloed-afgeleide monocyten, wat suggereert dat iPSC-DM’s zijn meer verwant aan weefsel-resident macrofagen. iPSC-DM’s geven hogere niveaus van genen weer die coderen voor de afscheiding van eiwitten die betrokken zijn bij weefselremodellering en angiogenese en drukken lagere niveaus van genen uit die coderen voor pro-inflammatoire cytokineafscheiding en antigeenpresentatieactiviteiten21,22. Bovendien hebben iPSC-DM’s een analoge transcriptiefactor die moet worden gesteld aan die van weefsel-resident macrofagen23,24. Met behulp van knock-out iPSC cellijnen die tekort schieten in de transcriptie factoren RUNX1, SPI1 (PU.1), en MYB, Buchrieser et al. bleek dat de generatie van iPSC-DMs is SPI1 en RUNX1 afhankelijk, maar MYB onafhankelijk. Dit geeft aan dat ze transcriptiegelijk zijn aan dooier-zak afgeleide macrofagen die worden gegenereerd tijdens de eerste golf van hematopoiese tijdens ontwikkeling23. Daarom wordt algemeen aanvaard dat iPSC-DM’s een meer geschikt celmodel vertegenwoordigen om weefsel-resident macrofagen zoals microglia14,,25 en Kupffer cellen11te bestuderen, en een meer wenselijke bron van cellen die mogelijk kunnen worden gebruikt in therapieën om weefsels te herstellen. Zo is bijvoorbeeld aangetoond dat macrofagen die in vitro werden geproduceerd uit muis-SPC’s effectief waren bij het verbeteren van fibrose in een CCl4-geïnduceerd leverletselmodel in vivo11. Bovendien waren deze door ESC afgeleide macrofagen efficiënter dan beenmerg-afgeleide macrofagen bij het herbevolken van Kupffer-celcompartimenten die zijn uitgeput van macrofagen met behulp van liposomale clodronaat11 bij muizen.
Hier beschrijven we serum- en feedervrije protocollen voor het onderhoud, het bevriezen en ontdooien van menselijke iPSC’s, en voor de differentiatie van deze iPSC’s in functionele macrofagen. Dit protocol is zeer vergelijkbaar met dat beschreven door Van Wilgenburg et al.12, met kleine wijzigingen waaronder: 1) iPSC-onderhoudsmedia; 2) ROCK-remmer wordt niet gebruikt in het EB-formatiestadium; 3) Een mechanische benadering in plaats van een enzymatische benadering wordt gebruikt om uniforme EB’s uit iPSC-kolonies te genereren; 4) De methode voor EB oogst en beplating naar beneden is anders; 5) Suspensiecellen worden 2x per week geoogst, in plaats van wekelijks; en 6) Geoogste suspensiecellen worden gekweekt onder CSF1 voor macrofaagrijping gedurende 9 dagen in plaats van 7 dagen. We beschrijven ook protocollen die worden gebruikt om iPSC-afgeleid macrofaagfetype en -functie te karakteriseren, waaronder analyses voor genexpressie (qRT-PCR), celoppervlaktemarkerexpressie (stroomcytometrie) en functionele tests om phagocytose en polarisatie te beoordelen.
Het protocol voor de productie van hier beschreven iPSC-DM’s is robuust en maakt de productie van een groot aantal homogene cellen uit een relatief klein aantal iPSC’s mogelijk. Na de eerste differentiatie van ongeveer 1 x 106 iPSCs, kunnen de volgende culturen om de 4 dagen gedurende maximaal 2-3 maanden worden geoogst, wat resulteert in de productie van ten minste 6,5 x 107 macrofagen over die tijd. Deze in vitro gegenereerde menselijke macrofagen zijn morfologisch vergelijkbaar met primaire menselijke macrofagen, drukken de belangrijkste macrofaagceloppervlaktemarkers uit en vertonen faagocytische activiteit. Het protocol voor macrofaagdifferentiatie is reproduceerbaar en kan worden toegepast op andere hiPSC- en hESC-cellijnen, maar de precieze timing van de eerste oogst van de macrofaagprecursoren en de absolute aantallen cellen die kunnen worden gegenereerd, varieert tussen iPSC-lijnen.
Het is aangetoond dat macrofagen kunnen worden gegenereerd uit iPSC’s die genetisch gemanipuleerd zijn. Zo werd een transgene cassette bestaande uit de fluorescerende reporter ZsGreen onder de controle van de constitutieve CAG promotor ingevoegd in de AAVS1 locus van de SFCi55 iPSC lijn, en vervolgens werd aangetoond dat deze iPSC lijn kan worden gedifferentieerd in ZsGreen-expressing macrofagen8. Deze fluorescerende macrofagen zouden in de toekomst kunnen worden gebruikt om de migratie en stabiliteit van therapeutische macrofagen in ziektemodellen bij te houden. In een andere studie, macrofagen werden gegenereerd uit een iPSC lijn die genetisch was gemanipuleerd om een tamoxifen-geïnduceerde transcriptie factor, KLF1 uit te drukken. Activering van KLF1 in iPSC-afgeleide macrofagen resulteerde in de productie van macrofagen met een fenotype vergelijkbaar met macrofagen van het erythroid-eiland9. Potentieel, deze strategie kan worden gebruikt om genetisch programma iPSC-afgeleide macrofagen in fenotypes geassocieerd met andere weefsel-specifieke macrofaag populaties zoals Kupffer cellen van de lever of Langerhans cellen van de huid. Dit zou mogelijk zijn zodra de belangrijkste transcriptiefactoren die deze celtypen definiëren, zijn geïdentificeerd.
In termen van het protocol, is het zeer belangrijk op te merken dat de toestand van de startende bevolking van iPSCs is van cruciaal belang voor een succesvolle differentiatie. Menselijke iPSC culturen kunnen worden overspoeld met karyotypicals abnormale subpopulaties over verschillende passages, dus robuuste curatie van iPSC voorraden en grote batch master voorraden onderworpen aan genoom kwaliteitscontrole wordt aanbevolen. In onze handen kunnen de hier beschreven onderhoudsprotocollen karyotypicalnormal icps voor maximaal 2 maanden in continue cultuur handhaven, maar dit kan variëren voor verschillende cellijnen en in verschillende laboratoria. Als er problemen worden ondervonden, is het raadzaam om voor elk differentiatie-experiment een vers flesje ongedifferentieerde iPSC’s te gebruiken. Bovendien mag de startcultuur van ongedifferentieerde iPSC’s niet meer dan 80% confluent zijn. In de EB-beplatingsfase mogen slechts 10-15 EB’s per put van een 6-putweefselkweekplaat worden verguld, en het is van cruciaal belang dat deze EB’s gelijkmatig over de put worden verspreid. Een hoger aantal B’s en/of klonteren van B’s in het midden van de put had een negatief effect op het aantal gegenereerde macrofagen. Er moet voor worden gezorgd dat de media worden aangevuld en monocytenachtige suspensiecellen uit de EB-culturen worden geoogst om te voorkomen dat de hechting van DEB’s aan het oppervlak van de gecoate kweekplaten wordt verstoord. Het aantal geproduceerde hematopoïetische suspensiecellen neemt geleidelijk toe bij elke oogst, met een optimale productie tussen dag 40-72 van differentiatie (figuur 2). De productie daalt geleidelijk na dag 68 en platen hebben de neiging om na 2,5 maanden uit te putten, hoewel de precieze timing kan variëren afhankelijk van de iPSC-lijn.
Een beperking van ons protocol is dat het niet mogelijk is geweest om de hematopoietische suspensiecellen die aan het einde van fase 2 zijn gegenereerd, cryopreserve. Protocollen die vertrouwen op de exogene activering van WNT rapport over een 40% herstel tarief na cryopreservatie, maar deze protocollen verslag slechts een cel oogst, dus het absolute aantal macrofagen gegenereerd is laag30. Het hier beschreven protocol, dat endogene signalering via de vorming van B’s induceert, kan tweewekelijks worden geoogst, wat een veel hogere totale macrofaagopbrengst oplevert.
Samengevat presenteren we een gedetailleerd protocol voor de productie van functionele iPSC-afgeleide macrofagen. Het opzetten van in vitro experimenten met iPSC-afgeleide macrofagen om macrofaagbiologie in gezondheid en ziekte te bestuderen heeft vele voordelen ten opzichte van experimenten met monocyten afgeleide macrofagen (MDM’s). Deze voordelen omvatten het gemak van toegankelijkheid van het materiaal (bijvoorbeeld geen donoren zijn vereist), zeer grote hoeveelheden macrofagen kunnen worden geproduceerd, en het is haalbaar en relatief eenvoudig om genetisch gemodificeerde macrofagen te produceren. Bovendien, iPSC-afgeleide macrofagen zou kunnen worden betere bron voor de studie van weefsel-resident macrofaag biologie.
The authors have nothing to disclose.
Wij danken Fiona Rossi en Claire Cryer voor hulp bij flow cytometrie, Eoghan O’Duibhir en Bertrand Vernay met microscopie. Dit werk werd gefinancierd door CONACYT (M.L.-Y.), Wellcome Trust (102610) en Innovate UK (L.M.F), Wellcome Trust PhD studentship (A.M),MRC Precision Medicine Studentship (T.V). L.C. en J.W.P. werden ondersteund door Wellcome Trust (101067/Z/13/Z), Medical Research Council (MR/N022556/1) en COST Action BM1404 Mye-EUNITER (http://www.mye-euniter.eu).
2-Mercaptoethanol (50 mM) | Invitrogen | 31350010 | |
Abtibody CD64-APC -CY7 | Biolegend | 305026 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody 25F9-EFLUOR 660 | Ebioscience | 15599866 | Dilution factor: 1:20 |
Antibody CCR2-PE-Cy7 | Biolegend | 357212 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody CCR5 PE | Biolegend | 313707 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody CCR8 PE | Biolegend | 360603 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody CD11b-PE | Biolegend | 301305 | Dilution factor: 1:50 |
Antibody CD14-APC | Ebioscience | 10669167 | Dilution factor: 1:20 |
Antibody CD163-PE-CY7 | BIolegend | 333614 | Dilution factor: 1:25 |
Antibody CD169-APC | Biolegend | 346007 | Dilution factor: 1:25 |
Antibody CD206-PE | Biolegend | 321106 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody CD209-PE-CY7 | Biolegend | 3310114 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody CD274-PE-CY7 | Biolegend | 329718 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody CD43-PE | Ebioscience | 10854419 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody CD45-APC | Ebioscience | 15577936 | Dilution factor: 1:20 |
Antibody CD86-APC | Biolegend | 305412 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody CD93-PE | Ebioscience | 10804637 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody CX3CR1-PE | Biolegend | 307650 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody HLA-DR-BV650 | Biolegend | 307650 | Dilution factor: 1:100 |
Antiboy CD115-PE | Biolegend | 347308 | Dilution factor: 1:40 |
Cell Dissociation Buffer, enzyme free | Thermofisher | 13151014 | |
Cell Dissociation Buffer, enzyme-free, PBS | Gibco | 13151014 | |
CellCarrier-96 Ultra Microplates, tissue culture treated, black, 96-well | PerkinElmer | 6055302 | |
CellMask Deep Red Plasma Membrane Stain | Thermofisher | C10046 | Cryopreservation media |
Cryostor CS10 | Sigma | C2874 | |
CTS CELLstart Substrate | Invitrogen | A1014201 | Stem cell substrate |
DAPI | Merck | D9542-1MG | Final concentration 1 μg/mL |
DPBS, calcium, magnesium (500ml) | Thermofisher | 14040091 | |
FcR Blocking Reagent, human | MACS Miltenyi Biotec | 130-059-901 | |
FGF-Basic (AA 10-155) Recombinant Human Protein | Thermofisher | PHG0021 | |
GlutaMAX Supplement | Thermofisher | 35050061 | |
Human Recombinant IFNY | Thermofisher | 14-8319-80 | |
Human Serum Albuminum | Irvine Scientific | 9988 | |
Lipopolysaccharide (LPS) from E. Coli | Sigma | L2630 | |
NucBlue (Hoechst33342) | Thermofisher | R37605 | |
pHrodo Green Zymosan Bioparticles Conjugate for Phagocytosis | Thermofisher | P35365 | |
Porcine Skin Gelatin | Sigma | G9136 | |
Recombinant Human BMP4 Protein | R&D | 314-BP-010 | |
Recombinant Human IL10 | Preprotech | 200-10 | |
Recombinant Human IL3 | Preprotech | 200-03-10 | |
Recombinant Human IL4 | Preprotech | 200-04 | |
Recombinant Human MCSF (carrier-free) 100ug | Biolegend | 574806 | |
Recombinant Human VEGF Protein | R&D | 293-VE-010 | |
Rock Inhibitor Y-27632 | Merck | SCM075 | |
SCF (C-Kit Ligand) Recombinant Human Protein | Thermofisher | PHC2111 | |
StemPro hESC SFM | Thermofisher | A1000701 | |
StemPro EZPassage Disposable Stem Cell Passaging Tool | Thermofisher | 23181010 | |
Ultralow attachment plates: Cell culture multi-well plate, 6 well, cell star cell repellent surface | Greiner | 657970 | |
UltraPure 0.5 M EDTA, pH 8.0 | Invitrogen | 15575020 | |
X-Vivo 15 500 mL bottle | Lonza | BE02-060F |