Fourier Transform Infrared (FT-IR) spectroscopic imaging is a fast and label-free approach to obtain biochemical data sets of cells and tissues. Here, we demonstrate how to obtain high-definition FT-IR images of tissue sections towards improving disease diagnosis.
פורייה בהבחנה גבוהה להפוך אינפרא אדום (FT-IR) הדמיה ספקטרוסקופיות היא גישה המתעוררות כדי להשיג תמונות מפורטות שקשרו מידע ביוכימי. ההדמיה FT-IR של רקמה מבוססת על העיקרון כי אזורים שונים של אמצע אינפרא אדום נספגים על ידי קשרים כימיים שונים (לדוגמא, C = O, CH, NH) בתוך תאים או רקמות, כי אז יכול להיות קשורה לנוכחות והרכב של מולקולות ביולוגיות (למשל, שומנים, DNA, גליקוגן, חלבון, קולגן). בתמונת FT-IR, כל פיקסל בתמונה מורכב מספקטרום אינפרא אדום (IR) שלם שיכול לתת מידע על המצב ביוכימי של התאים כי אז יכול להיות מנוצלים לתא מסוג או סיווג מחלה מהסוג. במאמר זה, אנו מציגים: איך להשיג תמונות IR מרקמות אנושיות באמצעות מערכת FT-IR, כיצד לשנות מכשור הקיים, כדי לאפשר יכולות הדמיה בחדות גבוהה, ואיך לדמיין תמונות FT-IR. לאחר מכן, אנו מציגים כמה יישומים של FT-IRלפתולוגיה באמצעות הכבד וכליות כדוגמאות. ההדמיה FT-IR מחזיקה יישומים מרגשים במתן מסלול רומן כדי להשיג מידע ביוכימיים בתאים ורקמות במסלול הלא-perturbing לחלוטין ללא תווית כלפי נותן תובנה חדשה שינויי biomolecular כחלק מתהליכי המחלה. בנוסף, מידע ביוכימי זה עלול לאפשר לניתוח אובייקטיבי ואוטומטי של היבטים מסוימים של אבחון מחלה.
ספקטרוסקופיה IR כבר כלי אנליטי זמין בצורה כלשהי מאז 1930; עם זאת, הוא היה רק בתוך העשור האחרון כי השטח של הדמיה רקמות עם FT-IR התפוצץ. ההתקדמות בFT-IR עבור הדמיה רקמות היו מונעת בחלקו גדול על ידי שלוש התפתחויות מרכזיות: 1) מהירות מוגברת של רכישת נתונים בשל הזמינות של מערך מישור מיקוד גדול (FPA) גלאים אשר בדרך כלל יש אלפי גלאים רגישים IR 1 , 2 פיתוח, 2) של אלגוריתמים לעיבוד מתקדמים וכוח חישוב לטיפול בנתונים היפרספקטרלית גדולים קובע 3, ו 3) מודלים של מערכות ההדמיה FT-IR על מנת למקסם את הרזולוציה מרחבית 4,5. יש כבר רב באיכות גבוהה ומאמרים נרחבים מאוד סוקרים תחום ספקטרוסקופיה FT-IR לאחרונה 6-16, בנוסף לנייר טבע פרוטוקולים המפרט את האמצעים לקבלת ספקטרום נקודה או מפות מרקמות 17. במאמר זה, אנו נתמקד בprotocol כדי להשיג תמונות של רקמות באמצעות 128 x 128 גלאים FPA במערכת FT-IR שונה עם יכולות גבוהה הגדרה.
ההדמיה FT-IR הוצע ארוכה כדי להיות כלי פוטנציאלי רצוי לתא ורקמת הדמיה בשל היכולת להשיג תמונות שבו כל פיקסל יש שפע של מידע ביוכימי. ההדמיה FT-IR מבוססת על העיקרון שמולקולות ביולוגיים שונות במדגם כמותית לספוג אזורים שונים של אמצע אינפרא אדום-; זה מאפשר לגזירה של 'טביעת אצבע ביוכימי ". טביעת אצבע זה הוכחה במחקרים רבים לשנות בין סוגי תאים שונים ומצבי מחלה. שלא כמו בתרגול פתולוגיה הקונבנציונלי שבו כתמים וסמני immunohistochemical צריכים לשמש כדי לחזות ולזהות סוגי תאים ורקמות מבנים המשמשים כדי להנחות את אפשרויות אבחון וטיפול, התמונות מFT-IR נוצרות מבוססות על ביוכימיה הטבעית של הרקמה. Techniq הנוכחיue של רקמת צביעה לאבחון הוא זמן רב, הרסני, מייגע, ודורש מומחיות הסובייקטיבית של פתולוג, ואילו FT-IR מציע את הפוטנציאל להפוך את התהליך הזה מהיר, שאינו הרסני, מאוד אוטומטי, ואובייקטיבי יותר. בנוסף, FT-IR מציע מסלול חדשני לקבלת מידע ביוכימיים נוסף שעשויות לא להיות נגיש בקלות באמצעות טכניקות צביעה קונבנציונליות.
אחד השיפורים המרגשים ביותר בשנים האחרונות היה הזמינות של גישות הדמיה ברזולוציה גבוהות שיכול כעת להרשות להדמיה והאפיון של סוגי תאים ורקמות מבנים שהם קריטיים לאבחון מחלה מקיף. אחת מן הטכניקות הללו הוא מוחלשות סה"כ ההחזרה (ATR) FT-IR אשר משלב עדשה מוצקה טבילה (SIL) של מקדם שבירה גבוהה המאפשר הדמיה ברזולוציה גבוהה 18, עם מחקרים רבים מראים מאוד מרגשים היישומים שלה 19-25. בנוסף, זה wכפי שהודגם לאחרונה כי הרזולוציה מרחבית המוגברת הדמיה ATR יכולה לאפשר להדמיה והסיווג של אנדותל ותאי myoepithelial ברקמת שד אשר מהווים מרכיב מרכזי באבחון סרטן השד 26. בעוד ההדמיה ATR היא מאוד שימושית, טכניקה זו דורשת SIL ליצור קשר עם הרקמה ליצירת תמונות FT-IR; לכן, השימוש בו מוגבל במידה מסוימת לפתולוגיה הרקמה שבו אזורים גדולים של רקמות חייבים להיות צילמו במהירות.
גישה שנייה הודגמה על ידי צימוד אובייקטיבי ההגדלה גבוהה למערכת FT-IR קיים המשתמשת בסינכרוטרון כמקור בהיר של IR, אפשר להאיר באופן מלא FPA ותמונה עם גודל פיקסל אפקטיבי של 0.54 x 0.54 מיקרומטר. זה אפשר לנו לחזות מבנים מרכזיים ברקמות שד וערמונית שאינם פתירה באמצעות מערכות FT-IR קונבנציונליים 4. בעוד עליות הדרמטיות אלה בresolutio המרחבית תמונת IRn היה מרגשים, השימוש בו נותר מוגבל בשל צורך בסינכרוטרון. בהמשך לכך, מערכת אופטימלית תוכננה שיכול גם לאפשר ליכולות גבוהה הגדרת הדמיה עם גודל פיקסל של 1.1 x 1.1 מיקרומטר ללא הדרישה של מקור סינכרוטרון אלא באמצעות מקור IR globar מסורתי 5. במאמר זה, אנו מראים כיצד לשנות מערכת הקיימת מסחרית FT-IR הדמיה כדי לאפשר הדמיה IR המוגבל עקיפה של רקמות עם אות מקובלת על יחס רעש באמצעות יעדים מרובים IR (15X, 36x, ו74X). גודל פיקסל האפקטיבי עם שלוש המטרות הוא 5.5 x 5.5 מיקרומטר (15X), 2.2 x 2.2 מיקרומטר (36x) ו -1.1 x 1.1 מיקרומטר (74X). לאחר מכן, אנו נותנים כמה דוגמאות לחשיבות של הרווחים ברזולוציה מרחבית לגילוי מחלה בביופסיות של כבד וכליות 27.
FT-IR הוא שיטה המתעוררות להדמיה ביוכימיים ללא תווית של קטעי רקמה, עם הפוטנציאל יש תפקיד חשוב בשיפור הרמה הנוכחית של אבחון בפתולוגיה. תקן הזהב הנוכחי לפתולוגיה דורש רקמות לביופסיה, קבוע בפורמלין, משובץ בפרפין, מחולק מספר פעמים, ומוכתמות בכתמים מרובים. פתולוג מאומן יש להעריך באופן סובייקטיבי חזותי מבנה הרקמות ומורפולוגיה תאית כדי לקבוע אבחנה. כאן אנו מראים כיצד לאסוף תמונות IR ברזולוציה גבוהה מאותו הסוג של חלקים ודנו בכמה מהגישות חישוביות לבחינת הבדלים כימיים בין סוגי תאים ומצבי מחלה.
השלבים הקריטיים בפרוטוקול זה הם על מנת להבטיח כי הרקמות מתמקדות מאוד בזהירות וכי המערכת מכוילת היטב כדי להבטיח נתונים ספקטרוסקופיות באיכות גבוהה מאוד. הטיפול בעת הגדרת המערכת במיוחד criti cal בעת עבודה עם יעדי ההגדלה גבוהים. כדי לסייע בפתרון בעיות, ברשימה שלהלן מכסה חלק מהקשיים הפוטנציאליים נתקלו;
בעיה: עוצמת IR נמוכה כאשר הדמיה בהשתקפות. פתרון: בדוק נטייה שקופיות IR כציפוי רעיוני עשוי להיות בצד הלא נכון של השקופית.
בעיה: אות נמוכה / תמרור אזהרה אדומה בלנסר בקרה. פתרון: גלאים מגניבים עם LN2. חנקן נוזלי דרוש לגלאי FPA לתפקד ודורש מעת לעת שעקף את.
שגיאות שגיאה / תנועת מהירות: בעיה. פתרון: איפוס ספקטרומטר ולצמצם את התנודות. תנודות יגרמו המראה נע בinterferometer שיפריעו.
בעיה: קוצים אדי מים בנתונים. פתרון: להגדיל את הטיהור במערכת ולהגן על מדגם מאוויר.
בעיה: centerburst לא חוקי. פתרון: מצא centerburst שוב.
e_content "> בעיה:. הבדל שטף נמוך בשידור, למרות שהתמקד פתרון:. התאם הקבל תחתון זה יתרחש כאור IR לא להיות ממוקד לנקודה במדגם.במאמר זה, יש לנו התמקד בשאלה כיצד לרכוש בחדות גבוהה תמונות IR של רקמות באו שידור או מצב transflectance. הטבע של ההדמיה FT-IR, הם שיש שינויים רבים שניתן לעשות לרכישת נתונים, כגון, סוג של מצע, טכניקת קיבוע, עובי מדגם, רזולוציה רפאים, מהירות מראה interferometer וכו 'השפעתם של פרמטרים אלה יש נדון בפירוט רב לאחרונה 4,5,17,51.
ישנם מספר של שינויים שניתן לעשות במערכת ההדמיה כולל הדמיה במצב 10,24,26 ATR ותוך שימוש בגישות תרמית בקנה מידה ננומטרי 52,53 כדי לאפשר הדמיה IR ברזולוציה גבוהה. המגבלה העיקרית עם ההדמיה IR ברזולוציה גבוהה היא שtiחייב להיות מוכן ssues בזהירות ורזה מספיק IR לעבור (בדרך כלל עובי 4 מיקרומטר). בנוסף, הולכה והחזרת ההדמיה FT-IR דורשת דגימות להיות יבש בשל הספיגה של IR על ידי מים. עם זאת, יש הדמיה FT-IR יתרונות משמעותיים על פני שיטות אחרות, בכך שהוא יכול שטחים גדולים מאוד במהירות תמונה של רקמות תוך ביסוס מידע ביוכימי עשיר ומפורט. טכניקות דומות אחרות הנובעות מידע ביוכימיים באופנה ללא תווית כוללות ספקטרוסקופיית ראמאן, אולם בעת רכישת נתונים היא הרבה יותר איטית לרכוש תמונות. גישות הדמיה החדשה ראמאן הם מתעוררים כוללים פיזור ראמאן המאולץ (SRS) ופיזור קוהרנטית Antistokes ראמאן (CARS); עם זאת, יש להם טווח ספקטרום מוגבל גישה או הדמיה תדר אחד.
ההתקדמות במהירות של רכישת נתונים, ברזולוציה מרחבית, וזמינות של גישות חישוביות הייתה בעל ערך עצום בקבלת מתאר לעצמי FT-IR ing גישה ריאלי יותר לתרגום ככלי הדמיה חדש בפתולוגיה. ההתקדמות שחלה באחרונה ברזולוציה מרחבית הייתה חשובה במיוחד לפתולוגיה רקמה בשל סוגי תאים עיקריים שאינו פתיר באמצעות מערכות הדמיה FT-IR קונבנציונליות. המאמר האחרון על ידי אל Reddy et. הראה כיצד מודל מערכת אידיאלית להשיג הרזולוציה מרחבית האופטימלית של מערכת הדמיה FT-IR 5. דוגמא רקמת הכליה שהוצגה במאמר זה מדגימה את החשיבות של החלטות מרחבית גבוהות יותר כדי לחלץ מידע ביוכימיים ממבני גלומרולריות (איור 3 ואיור 5). בעתיד, התקדמות חדשה במקורות אור IR כבהירים מאוד לייזרי אשד קוונטית 54-57, הדמיה 3D רפאים 58, ופריצות דרך בתחום טכנולוגיות ננו IR 52,53,59,60 להחזיק אפיקים חדשים מרגשים של מחקר שעשויה להיות לי השלכות עצומות בעתיד של הדמיה רקמות.
<p clהתחת = "jove_content"> יש לנו הצגנו דוגמאות ליישומים בכבד ובמחלת כליות שבו יש צורך במידע ביוכימיים נוסף שיכול להיות בעל ערך לאבחון. המעבדה לפתולוגיה Spectral במחלקה לפתולוגיה באוניברסיטת אילינוי בשיקגו מתמקדת בתרגום של טכנולוגיות ההדמיה IR לשיפור אבחון מחלה ושיפור חיזוי של תוצאת מטופל. ההדמיה FT-IR יכולה להתגבר על חלק מהמגבלות הנוכחיות בפועל פתולוגיה שבו מידע כמותי ואובייקטיבי נדרש. בפרט, עבודה בעתיד מתמקדת בזיהוי התחומים בפועל פתולוגיה הנוכחית שבו טכניקות הנוכחיות אינן מספקות רגישות אבחון נאותה או לספק מידע מוגבל. צורך ברור קיים בשיפור הפרקטיקה הנוכחית של פתולוגיה וכלפי נותן מידע נוסף לפתולוג על מצב המחלה של מטופל, שעשויה להיות בר השגה באמצעות ההדמיה FT-IR בחדות גבוהה.The authors have nothing to disclose.
We would like to acknowledge the Department of Pathology at the University of Illinois at Chicago for financial support. Histology and visible imaging services were provided by the Research Resources Center – Research Histology and Tissue Imaging Core at the University of Illinois at Chicago established with the support of the Vice Chancellor of Research, in particular we would like to thank Ryan Deaton and Andy Hall for their expertise. We would also like to thank Agilent Technologies, in particular Frank Weston for support and loaning of additional IR lens.
Cary 600 Series FT-IR system | Agilent | Multiple configurations | Alternate FT-IR imaging systems exist |
Adjustable ReflX Objective 74X/0.65NA IR | Edmund Optics | 66-592 | |
Adjustable ReflX Objective 36X/0.5NA IR | Edmund Optics | 66-586 | |
MirrIR slide | Kevley Technologies | CFR | For FT-IR reflection-mode measurements |
Barium Fluoride slides | International Crystal Laboratories | Multiple sizes | For FT-IR transmission-mode measurements |
Calcium Fluoride slides | International Crystal Laboratories | Multiple sizes | For FT-IR transmission-mode measurements |
Dry Nitrogen/Dry Air gas | Multiple gas suppliers | Multiple sizes | |
Hexane | Sigma Aldrich | Multiple sizes | For deparafinizing tissue |
Liquid Nitrogen | Multiple cryogenic liquid suppliers | Multiple sizes | |
ENVI-IDL software | Exelis-Vis | Other software packages available | |
Whole slide Imager | Scanscope (Aperio) or Nanozoomer (Hamamatsu) | To image stained slides |