Back to chapter

2.9:

Нековалентные взаимодействия в биомолекулах

JoVE 核
Molecular Biology
需要订阅 JoVE 才能查看此.  登录或开始免费试用。
JoVE 核 Molecular Biology
Noncovalent Attractions in Biomolecules

Languages

分享

Ковалентные связи образуются, когда пары электронов принадлежат всем взаимодействующим атомам. Эти сильные связи требуют большого количества энергии для разрыва. Хотя ковалентные связи это силы межмолекулярного взаимодействия, соединяющие атомы в молекулы, межмолекулярные и нековалентные притяжения стабилизируют группы атомов между молекулами или внутри различных частей более крупной молекулы.Несмотря на то, что каждая такая связь слабая, много нековалентных взаимодействий вместе могут сохранять молекулы в связанном состоянии в течение длительного времени. Четыре основных типа нековалентных притяжений встречаются в биологических системах-ионные взаимодействия, водородные связи, силы Ван дер Ваальса, и гидрофобные взаимодействия. 00:00:47.100 00:00 Ионные взаимодействия существуют между противоположно заряженными ионами.У спирали ДНК есть есть много отрицательно заряженных фосфатных групп, расположенных близко друг к другу. Для стабилизации молекулы катионы, такие, как магний, взаимодействуют с фосфатными группами, нейтрализуя суммарный заряд на ДНК. Водородная связь образуется, когда атом водорода, который ковалентно связан с резко электроотрицательным атомом, таким, как кислород или азот, взаимодействует с одинокой парой электронов на другом электроотрицательном атоме.В ДНК, две цепочки связаны друг с другом водородными связями. Основание на одной цепочке делит свои ковалентно связанные водороды с азотными или кислородными атомами другого основания на противоположной цепочке. Ван дер Ваальсовы взаимодействия возникают, когда две молекулы достаточно приблизятся друг к другу.Эти неспецифические силы притяжения возникают из-за временных диполей, образовавшихся в результате быстрого движения электронов в молекуле. Однако, когда молекулы сближаются слишком сильно, электростатическое отталкивание пересиливает Ван дер Ваальсовы взаимодействия. Наконец, гидрофобные взаимодействия являются принудительным объединением гидрофобных групп из-за отталкивание от молекул воды.В водной среде гидрофобные части липидных молекул не могут легко назрушить водородные связи между молекулами воды. Взаимодействия между молекулами воды сильнее, чем взаимодействие между водными и липидными молекулами. Так что гидрофобные части липидов связываются, в результате чего липиды оказываются агрегированы.

2.9:

Нековалентные взаимодействия в биомолекулах

Нековалентное притяжение – это ассоциации внутри и между молекулами, которые влияют на форму и структурную стабильность комплексов. Эти взаимодействия отличаются от ковалентных связей тем, что они не связаны с разделением электронов.

Четыре типа нековалентных взаимодействий это водородные связи, силы ван-дер-Ваальса, ионные связи и гидрофобные взаимодействия.

Водородная связь возникает в результате электростатического притяжения атома водорода, ковалентно связанного с сильно электроотрицательным атомом, например кислородом, азотом или фтором, другим электроотрицательным атомом. Атом водорода развивает частичный положительный заряд, поскольку электроотрицательный атом, с которым он связан, притягивает к себе электронное облако. В результате происходит слабое взаимодействие между зарядом δ+ водорода и зарядом δ на соседнем электроотрицательном атоме. Этот тип взаимодействия регулярно образуется между молекулами воды. Независимые водородные связи легко разрываются, однако в воде и органических полимерах они встречаются в большом количестве, создавая совместно значительную силу.

Второй тип взаимодействия, называемый ван-дер-Ваальсовым, обусловлен временным притяжением между областями, богатыми электронами, и электрон-бедными областями двух или более атомов (или молекул), которые находятся рядом друг с другом. Эти взаимодействия могут способствовать созданию трехмерных структур белков, необходимых для их функционирования.

Другим типом взаимодействия является ионная связь, которая возникает между противоположно заряженными ионами. В биологических системах ионные взаимодействия, возникающие из-за разноименно заряженных ионов, также могут помочь стабилизировать структуру биомолекул. Ионы металлов, например, магния, взаимодействуют с отрицательно заряженными биомолекулами, такими как ДНК. Ион магния связывается с отрицательными фосфатными группами, нейтрализуя заряд и помогая упаковать длинный полимер ДНК в соленоидные или тороидные структуры.

И наконец, гидрофобный эффект представляет собой нековалентное взаимодействие, при котором гидрофобные молекулы объединяются, чтобы минимизировать контакт с водой в водной среде. Как следствие, гидрофобные области полипептида оказываются скрытыми внутри структуры во время сворачивания белка.

Suggested Reading

  1. Frieden, Earl. "Non-covalent interactions: key to biological flexibility and specificity." Journal of chemical education 52, no. 12 (1975): 754.
  2. Camilloni, Carlo, Daniela Bonetti, Angela Morrone, Rajanish Giri, Christopher M. Dobson, Maurizio Brunori, Stefano Gianni, and Michele Vendruscolo. "Towards a structural biology of the hydrophobic effect in protein folding." Scientific reports 6, no. 1 (2016): 1-9.
  3. Weiss, Manfred S., Maria Brandl, Jürgen Sühnel, Debnath Pal, and Rolf Hilgenfeld. "More hydrogen bonds for the (structural) biologist." Trends in biochemical sciences 26, no. 9 (2001): 521-523.