A mesmo molécula pode ser representada em uma série de arranjos estruturais para destacar funções específicas. O modelo mais comum é chamado uma estrutura Lewis Dot. Uma representação 2D, que observa os átomos com seu símbolo químico e ligações de eletrões entre eles como linhas.Os pontos representam quaisquer pares não compartilhados de eletrões. Estruturas de linha de ligação são simplificadas removendo carbonos e hidrogénios. A presença deles está implícita nos ângulos das ligações.Pode ser útil na química orgânica, onde muitas moléculas longas cadeias de carbonos ou estruturas em anel. Um arranjo mais preciso é o modelo de bola e bastão, uma interpretação 3D que destaca os átomos como esferas coloridas e suas ligações usando varas. Neste caso, os ângulos de ligação e suas posições relativas no espaço são facilmente visualizadas.Da mesma forma, em modelos preenchidos com espaço, o código de cores dos átomos é mantido, mas o tamanho 3D dos átomos individuais agora representa seus raios atómicos relativos. As ligações entre os átomos são indicadas pela proximidade de uma molécula com a outra.