Las plantas presentan una rica fuente de nutrientes para muchos organismos, por lo que es un objetivo para herbívoros y agentes infecciosos. Las plantas, aunque carecen de un sistema inmunológico adecuado, han desarrollado una serie de defensas constitutivas e inducibles para defenderse de estos ataques.
Las defensas mecánicas forman la primera línea de defensa en las plantas. La gruesa barrera formada por la corteza protege a las plantas de los herbívoros. Las conchas duras, las ramas modificadas como los pinchos, y las hojas modificadas como las espinas también pueden desalentar a los herbívoros de depredar las plantas. Otras barreras físicas como la cutícula cerosa, la epidermis, la pared celular y los tricomas pueden ayudar a resistir la invasión de varios patógenos.
Las plantas también recurren a la producción de productos químicos o compuestos orgánicos en forma de metabolitos secundarios como terpenos, fenólicos, glucósidos y alcaloides, para la defensa contra herbívoros y patógenos. Muchos metabolitos secundarios son tóxicos y letales para otros organismos. Algunos metabolitos específicos pueden repeler a los depredadores con olores nocivos, sabores repelentes o características alergénicas.
Las plantas también producen proteínas y enzimas que inhiben específicamente las proteínas o las enzimas patógenas bloqueando sitios activos o alterando las conformaciones de enzimas. Proteínas como las defensinas, las lectinas, los inhibidores de la amilasa y los inhibidores de la proteinasa se producen en cantidades significativas durante el ataque de patógenos y se activan para inhibir la invasión de manera efectiva.
Además, las plantas también pueden desarrollar un mecanismo de Resistencia Sistémica Adquirida (RSA) sobre la exposición previa y localizada a un patógeno, análogo al sistema inmunitario innato en los animales. Este mecanismo permite a las plantas detectar la presencia de patógenos y activar las respuestas de defensa a sus ataques.