A digestão envolve o sistema neuroendócrino com o cérebro monitorando e liberando hormônios digestivos em períodos distintos ao longo do processo. No estômago, durante a fase gástrica, quando as proteínas são detetadas, as glândulas liberam dois hormônios, a gastrina e a histamina, que estimulam a produção de ácido clorídrico e aumentam a de suco gástrico que decompõe os alimentos em quimo. A chegada do quimo ao duodeno causa a liberação de vários hormônios que interrompem o processo digestivo no estômago e começam a controlar o movimento do quimo pelo resto do sistema.Por exemplo, o peptídeo inibitório gástrico ou GIP retarda a agitação do estômago. A secretina e colecistocinina ou CCK induzem o esfíncter entre o estômago e o duodeno a se fechar limitando a liberação de quimo. A secretina também inibe a produção de suco gástrico e estimula a liberação de bicarbonatos do pâncreas para neutralizar a acidez do quimo e a CCK estimula as enzimas digestivas do pâncreas e a bile da vesícula biliar.Por último, o peptídeo YY é um hormônio liberado pelo ílio, o final do intestino delgado e do cólon. Ele retarda o movimento do quimo no cólon para que a água e os eletrólitos possam ser absorvidos prontamente. O peptídeo YY também é um sinal de estou cheio enviado ao cérebro para interromper o processo de alimentação.