הפרוטוקול כולל ייצור מתמרים, דיווח פרמטרים, הליך כירורגי והקלטת אותות עבור כל זרימת העבודה התפעולית של נוירומודולציית אולטרסאונד ממוקדת בו זמנית והקלטת פוטומטריית סיבים בעכברים הנעים בחופשיות.