Visual Dynamics הוא כלי קוד פתוח המאיץ יישומים ולמידה בסימולציה של דינמיקה מולקולרית באמצעות Gromacs. הפרוטוקול המוצג ידריך אותך בשלבים לביצוע סימולציית ליגנד חלבונים שהוכנה ב- ACPYPE בקלות ובצעדים כלליים למודלים אחרים של סימולציה.