Hier beschreiben wir ein Protokoll zur Optimierung und Parametrisierung von Aminosäureresten, die mit reaktiven Carbonylspezies modifiziert wurden und an Proteinsysteme angepasst werden können. Zu den Protokollschritten gehören das Strukturdesign und die Optimierung, die Ladungszuweisung, die Parameterkonstruktion und die Vorbereitung von Proteinsystemen.
