من المرغوب فيه للغاية اتباع طريقة طويلة الأجل للحفاظ على سلالات ذبابة الفاكهة كبديل للنقل المتكرر للذباب البالغ إلى قوارير الطعام الطازج. يصف هذا البروتوكول الحفظ بالتبريد للخلايا الجرثومية البدائية لذبابة الفاكهة وإحياء السلالة عن طريق زرعها في أجنة مضيفة غير متجانسة.