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JUMPn: Uma aplicação simplificada para agrupamento de co-expressão de proteínas e análise de rede em proteômica
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JUMPn: A Streamlined Application for Protein Co-Expression Clustering and Network Analysis in Proteomics

JUMPn: Uma aplicação simplificada para agrupamento de co-expressão de proteínas e análise de rede em proteômica

português

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07:28 min

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October 19, 2021

DOI:

10.3791/62796-v

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10.3791/62796-v

•

07:28 min
October 19, 2021

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1Departments of Structural Biology and Developmental Neurobiology,St. Jude Children’s Research Hospital, 2Center for Proteomics and Metabolomics,St. Jude Children’s Research Hospital, 3Department of Computational Biology,St. Jude Children’s Research Hospital

Summary

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Apresentamos uma ferramenta de biologia de sistemas JUMPn para realizar e visualizar análises de rede para dados quantitativos de proteômica, com um protocolo detalhado que inclui pré-processamento de dados, agrupamento de co-expressão, enriquecimento de caminhos e análise de rede de interação proteína-proteína.

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Vanderwall, D., Suresh, P., Fu, Y., Cho, J., Shaw, T. I., Mishra, A., High, A. A., Peng, J., Li, Y. JUMPn: A Streamlined Application for Protein Co-Expression Clustering and Network Analysis in Proteomics. J. Vis. Exp. (176), e62796, doi:10.3791/62796 (2021).

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