Journal
/
Biology
/
Den ITS2 Database
JoVE Journal
Biology
Author Produced
This content is Free Access.
JoVE Journal Biology
The ITS2 Database

Den ITS2 Database

DOI:
10.3791/3806-v

•

16:17 min

•

March 12, 2012

•

, , , , , , ,
1Department of Bioinformatics, Biocenter,University of Würzburg, 2Institute of Pharmacy and Food Chemistry,University of Würzburg

Chapters

  • 00:03Title
  • 01:55Correct Annotation of ITS2 Sequence
  • 03:30Secondary Structure Prediction
  • 06:38Motif Search
  • 08:07Search and Browse
  • 10:21ITS2 BLAST
  • 12:23Multiple Sequence-structure Alignment
  • 13:46Phylogenetic Tree
  • 14:47Additional Software
  • 15:25Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Den ITS2 Database er en arbeidsbenk for fylogenetisk slutning samtidig vurderer sekvens og sekundær struktur av den interne transkribert spacer to. Dette inkluderer datainnsamling med nøyaktig merknader, struktur prediksjon, multiple sekvens-struktur justering og rask tre beregning. I et nøtteskall, forenkler denne arbeidsbenken første fylogenetiske analyser til noen få klikk.

Tags

ITS2 DatabaseInternal Transcribed Spacer 2Phylogenetic MarkerITS2 SequenceSecondary StructurePhylogenetic ResolutionSpecies DelimitationNCBI GenBankReannotated SequencesHidden Markov ModelsFold PredictionHomology ModelingMotif DetectionBLAST SearchSequence-structure Information4SALEProfDistS

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

Photobleaching Assays (FRAP & FLIP) to Measure Chromatin Protein Dynamics in Living Embryonic Stem Cells

Påvisning av nitrogenoksid og Superoxide Radical anion med Electron paramagnetisk resonans spektroskopi fra celler ved hjelp av Spin Traps

Isolering av Neonatal Ekstrahepatisk Cholangiocytes

Isolering av Murint Valve endotelceller

Bruk av MALDI-TOF massespektrometri og en Custom Database å karakter Bakterier Indigenous til en unik Cave Environment (Kartchner Caverns, AZ, USA)

Imaging Spatial Omorganisering av et MAPK signalveien Bruke Tobacco Transient Expression System

Visualisering og kvantifisering av Mesenchymal celle Adipogenic differensiering potensial med en slektslinje spesifikk markør

Adipo-Clear: En vev fjerne metoden for tredimensjonale Imaging av fettvev

En arbeidsbesparende og repeterbar touch-Force signalering mutant Screen Protocol for studier av Thigmomorphogenesis av en modell Plant Arabidopsis thaliana

Pupal og voksen injeksjoner for RNAi og CRISPR Genredigering i Nasonia vitripennis

Read Article