مهارة رئيسية في النمذجة الجزيئية الحيوية هو عرض والتعليق على المواقع النشطة في البروتينات. وقد أثبتت هذه التقنية باستخدام أربعة برامج شعبية مجانية للتصور الجزيئي الكلي: iCn3D، Jmol، PyMOL، وUCSF ChimeraX.