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JUMPn: Eine optimierte Anwendung für Protein-Co-Expressions-Clustering und Netzwerkanalyse in der Proteomik
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JUMPn: A Streamlined Application for Protein Co-Expression Clustering and Network Analysis in Proteomics
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JUMPn: Eine optimierte Anwendung für Protein-Co-Expressions-Clustering und Netzwerkanalyse in der Proteomik

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•

07:28 min

•

October 19, 2021

DOI:

10.3791/62796-v

DOI:
10.3791/62796-v

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07:28 min
October 19, 2021

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1Departments of Structural Biology and Developmental Neurobiology,St. Jude Children’s Research Hospital, 2Center for Proteomics and Metabolomics,St. Jude Children’s Research Hospital, 3Department of Computational Biology,St. Jude Children’s Research Hospital

Özet

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Wir präsentieren ein systembiologisches Tool JUMPn zur Durchführung und Visualisierung von Netzwerkanalysen für quantitative Proteomikdaten mit einem detaillierten Protokoll, das Datenvorverarbeitung, Co-Expression-Clustering, Signalweganreicherung und Protein-Protein-Interaktionsnetzwerkanalyse umfasst.

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Vanderwall, D., Suresh, P., Fu, Y., Cho, J., Shaw, T. I., Mishra, A., High, A. A., Peng, J., Li, Y. JUMPn: A Streamlined Application for Protein Co-Expression Clustering and Network Analysis in Proteomics. J. Vis. Exp. (176), e62796, doi:10.3791/62796 (2021).

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