يغطي هذا البروتوكول تحليلا مفصلا لتكوين الببتيدوغليكان باستخدام قياس الطيف الكتلي للكروماتوغرافيا السائلة إلى جانب استخراج الميزات المتقدمة وبرامج تحليل المعلوماتية الحيوية.