Dergi
/
Biyokimya
/
Decifrando os efeitos estruturais da ativação de mutações somáticas do EGFR com simulação de dinâmica molecular
JoVE Journal
Biyokimya
This content is Free Access.
JoVE Journal Biyokimya
Deciphering the Structural Effects of Activating EGFR Somatic Mutations with Molecular Dynamics Simulation

Decifrando os efeitos estruturais da ativação de mutações somáticas do EGFR com simulação de dinâmica molecular

DOI:
10.3791/61125-v

•

15:05 min

•

May 20, 2020

•

, , ,
1Structural Bioinformatics Laboratory, Biochemistry, Faculty of Science and Engineering,Åbo Akademi University, 2Medicity Research Laboratories and Institute of Biomedicine,University of Turku, 3Turku Bioscience Centre,University of Turku and Åbo Akademi University, 4Department of Oncology and Radiotherapy,University of Turku and Turku University Hospital

Bölümler

  • 00:04Introduction
  • 00:47Structure Preparation
  • 04:12System Setup
  • 05:17Molecular Dynamics Simulation
  • 07:15Visual Inspection Analysis
  • 08:29Root-Mean Square Deviation (RMSD) and Root-Mean Square Fluctuation (RMSF) Analysis
  • 09:58Hydrogen Bond Analysis
  • 10:57Free Energy Calculations
  • 12:25Representative Results: Molecular Dynamics Simulation of EGFR Somatic Mutations
  • 14:23Conclusion

Özet

Otomatik Çeviri

Otomatik Çeviri

O objetivo deste protocolo é usar simulações de dinâmica molecular para examinar as mudanças estruturais dinâmicas que ocorrem devido à ativação de mutações da proteína quinase EGFR.

Etiketler

Molecular Dynamics SimulationEGFRSomatic MutationsProtein StructureKinaseConformational ChangesLigand BindingCancerWild-typeDeletion MutantActiveInactiveAsymmetric DimerKymeraProtein Data BankModeling

Article

Embed

ÇALMA LİSTESİNE EKLE

Usage Statistics

İlgili Videolar

Preparação e entrega de microcristais de proteína na fase cúbica lipídico para Serial Femtosecond Cristalografia

Proteína de captura por afinidade complexos a partir de células de mamíferos Cryomilled

Reconstituição de Nucleosomes com Histones irmã diferencialmente Isotope-rotulados

Análise de uma única partícula de alta resolução a partir de imagens de crio-microscopia de elétrons usando SPHIRE

Crescimento de cristais de proteína com dimensões distintas usando automatizado cristalização juntamente com In Situ Difusão dinâmica da luz

Solução de estrutura da proteína fluorescente Cerulean usando MeshAndCollect

Medições de lipossoma único para o estudo das enzimas de membrana de bombeamento de prótons usando microscopia fluorescente e eletroquímica

Visualizando dinâmica sadrindo de receptor estéta de células t usando microscopia de folha de luz de rede

Produção de Proteínas PRMT Recombinantes utilizando o Sistema Vetorial de Expressão baculovírus

Visualização Simultânea da Dinâmica dos Microtúbulos Cruzados e Únicos In Vitro pela Microscopia TIRF

Read Article