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Decifrare gli effetti strutturali dell'attivazione delle mutazioni somatiche EGFR con la simulazione della dinamica molecolare
JoVE Journal
Biyokimya
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JoVE Journal Biyokimya
Deciphering the Structural Effects of Activating EGFR Somatic Mutations with Molecular Dynamics Simulation
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Decifrare gli effetti strutturali dell'attivazione delle mutazioni somatiche EGFR con la simulazione della dinamica molecolare

DOI:
10.3791/61125-v

•

15:05 min

•

May 20, 2020

•

, , ,
1Structural Bioinformatics Laboratory, Biochemistry, Faculty of Science and Engineering,Åbo Akademi University, 2Medicity Research Laboratories and Institute of Biomedicine,University of Turku, 3Turku Bioscience Centre,University of Turku and Åbo Akademi University, 4Department of Oncology and Radiotherapy,University of Turku and Turku University Hospital

Bölümler

  • 00:04Introduction
  • 00:47Structure Preparation
  • 04:12System Setup
  • 05:17Molecular Dynamics Simulation
  • 07:15Visual Inspection Analysis
  • 08:29Root-Mean Square Deviation (RMSD) and Root-Mean Square Fluctuation (RMSF) Analysis
  • 09:58Hydrogen Bond Analysis
  • 10:57Free Energy Calculations
  • 12:25Representative Results: Molecular Dynamics Simulation of EGFR Somatic Mutations
  • 14:23Conclusion

Özet

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L'obiettivo di questo protocollo è quello di utilizzare simulazioni di dinamica molecolare per esaminare i cambiamenti strutturali dinamici che si verificano a causa dell'attivazione delle mutazioni della proteina chinasi EGFR.

Etiketler

Molecular Dynamics SimulationEGFRSomatic MutationsProtein StructureKinaseConformational ChangesLigand BindingCancerWild-typeDeletion MutantActiveInactiveAsymmetric DimerKymeraProtein Data BankModeling

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