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Décryptage des effets structurels de l’activation des mutations somatiques EGFR avec simulation de dynamique moléculaire
JoVE Journal
Biyokimya
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JoVE Journal Biyokimya
Deciphering the Structural Effects of Activating EGFR Somatic Mutations with Molecular Dynamics Simulation
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Décryptage des effets structurels de l’activation des mutations somatiques EGFR avec simulation de dynamique moléculaire

DOI:
10.3791/61125-v

•

15:05 min

•

May 20, 2020

•

, , ,
1Structural Bioinformatics Laboratory, Biochemistry, Faculty of Science and Engineering,Åbo Akademi University, 2Medicity Research Laboratories and Institute of Biomedicine,University of Turku, 3Turku Bioscience Centre,University of Turku and Åbo Akademi University, 4Department of Oncology and Radiotherapy,University of Turku and Turku University Hospital

Bölümler

  • 00:04Introduction
  • 00:47Structure Preparation
  • 04:12System Setup
  • 05:17Molecular Dynamics Simulation
  • 07:15Visual Inspection Analysis
  • 08:29Root-Mean Square Deviation (RMSD) and Root-Mean Square Fluctuation (RMSF) Analysis
  • 09:58Hydrogen Bond Analysis
  • 10:57Free Energy Calculations
  • 12:25Representative Results: Molecular Dynamics Simulation of EGFR Somatic Mutations
  • 14:23Conclusion

Özet

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L’objectif de ce protocole est d’utiliser des simulations de dynamique moléculaire pour examiner les changements structurels dynamiques qui se produisent en raison de l’activation des mutations de la protéine DEGFR kinase.

Etiketler

Molecular Dynamics SimulationEGFRSomatic MutationsProtein StructureKinaseConformational ChangesLigand BindingCancerWild-typeDeletion MutantActiveInactiveAsymmetric DimerKymeraProtein Data BankModeling

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