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Quartäre Strukturmodellierung durch chemische Vernetzungsmassenspektrometrie: Erweiterung der TX-MS Jupyter-Berichte
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05:18 min
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October 20, 2021
DOI:
1Equipe Signalisation Calcique et Infections Microbiennes,Ecole Normale Supérieure Paris-Saclay, 2Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, 3Scientific IT Services,ETH Zurich, 4Institute for Computational Science,University of Zurich, 5S3IT,University of Zurich, 6Division of Infection Medicine, Department of Clinical Sciences Lund, Faculty of Medicine,Lund University
Özet
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Die gezielte Vernetzungsmassenspektrometrie erstellt quartäre Proteinstrukturmodelle unter Verwendung von Massenspektrometriedaten, die mit bis zu drei verschiedenen Erfassungsprotokollen erfasst wurden. Wenn sie als vereinfachter Workflow auf dem Cheetah-MS-Webserver ausgeführt werden, werden die Ergebnisse in einem Jupyter Notebook gemeldet. Hier zeigen wir die technischen Aspekte, wie das Jupyter Notebook für eine tiefergehende Analyse erweitert werden kann.
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Khakzad, H., Vermeul, S., Malmström, L. Quaternary Structure Modeling Through Chemical Cross-Linking Mass Spectrometry: Extending TX-MS Jupyter Reports. J. Vis. Exp. (176), e60311, doi:10.3791/60311 (2021).
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