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CARIP-Seq und ChIP-Seq: Methoden zur Ermittlung von Chromatin-assoziierter RNA und Protein-DNA-Wechselwirkungen in embryonale Stammzellen
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CARIP-Seq and ChIP-Seq: Methods to Identify Chromatin-Associated RNAs and Protein-DNA Interactions in Embryonic Stem Cells
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CARIP-Seq und ChIP-Seq: Methoden zur Ermittlung von Chromatin-assoziierter RNA und Protein-DNA-Wechselwirkungen in embryonale Stammzellen

DOI:
10.3791/57481-v

•

11:13 min

•

May 25, 2018

•

1Department of Oncology,Wayne Eyalet Üniversitesi Tıp Fakültesi, 2Karmanos Cancer Institute,Wayne Eyalet Üniversitesi Tıp Fakültesi

Bölümler

  • 00:04Başlık
  • 01:02Crosslinking of Embryonic Stem Cells for ChIP and CARIP
  • 02:29Chromatin Sonication for ChIP and CARIP
  • 03:48ChIP and CARIP Process
  • 07:12Double-stranded cDNA Synthesis for CARIP-Seq
  • 08:53Use of ChIP-Seq and CARIP-Seq to Study Global Protein-DNA Interactions and Chromatin-Associated RNAs in Embryonic Stem Cells
  • 10:43Conclusion

Özet

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Hier beschreiben wir Methoden zum Ausführen von ChIP-Seq und CARIP-FF, einschließlich der Bibliothek Vorbereitung auf Next Generation Sequencing, global epigenomischen und Chromatin-assoziierter RNA zu generieren-Karten von ES-Zellen.

Etiketler

CARIP-SeqChIP-SeqChromatin-associated RNAsProtein-DNA InteractionsEmbryonic Stem CellsEkolojiTranscription FactorsEpigenetic RegulatorsHistone ModificationsChromatin ImmunoprecipitationSonicationFormaldehyde Cross-linkingGlycinePhosphate Buffered SalineTrypsinizationMEF MediumFetal Bovine SerumSonication BufferSodium Dodecyl Sulfate

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