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De voxels à la connaissance: Un guide pratique de la segmentation du complexe microscopie électronique 3D-données
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From Voxels to Knowledge: A Practical Guide to the Segmentation of Complex Electron Microscopy 3D-Data
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De voxels à la connaissance: Un guide pratique de la segmentation du complexe microscopie électronique 3D-données

24,186 Views

•

12:08 min

•

August 13, 2014

DOI:

10.3791/51673-v

DOI:
10.3791/51673-v

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12:08 min
August 13, 2014

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1Life Sciences Division,Lawrence Berkeley National Laboratory, 2Joint Bioenergy Institute, Physical Biosciences Division,Lawrence Berkeley National Laboratory, 3National Energy Research Scientific Computing Center,Lawrence Berkeley National Laboratory

Özet

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Le goulot d'étranglement pour la microscopie électronique 3D cellulaire est l'extraction de caractéristiques (segmentation) dans des cartes très complexes de densité 3D. Nous avons développé un ensemble de critères, qui fournit des précisions sur l'approche de segmentation (manuel, semi-automatique ou automatique) est le mieux adapté pour différents types de données, fournissant ainsi un point de départ pour la segmentation efficace.

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Tsai, W., Hassan, A., Sarkar, P., Correa, J., Metlagel, Z., Jorgens, D. M., Auer, M. From Voxels to Knowledge: A Practical Guide to the Segmentation of Complex Electron Microscopy 3D-Data. J. Vis. Exp. (90), e51673, doi:10.3791/51673 (2014).

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