Apresentamos um protocolo para ensaio de cromatina acessível à transposase com sequenciamento de alto rendimento (ATAC-seq) especificamente em adipócitos usando classificação nuclear com tecidos adiposos isolados de camundongos repórteres transgênicos com marcação de fluorescência nuclear.
O ensaio para cromatina acessível à transposase com sequenciamento de alto rendimento (ATAC-seq) é uma técnica robusta que permite o perfil de acessibilidade da cromatina em todo o genoma. Esta técnica tem sido útil para a compreensão dos mecanismos regulatórios da expressão gênica em uma variedade de processos biológicos. Embora o ATAC-seq tenha sido modificado para diferentes tipos de amostras, não houve modificações efetivas dos métodos ATAC-seq para o tecido adiposo. Os desafios com o tecido adiposo incluem a complexa heterogeneidade celular, grande conteúdo lipídico e alta contaminação mitocondrial. Para superar esses problemas, desenvolvemos um protocolo que permite ATAC-seq específico de adipócitos empregando a classificação de núcleo ativado por fluorescência com tecidos adiposos do camundongo transgênico Nuclear tagging and Translating Ribosome Affinity Purification (NuTRAP). Este protocolo produz dados de alta qualidade com leituras de sequenciamento desperdiçadas mínimas, reduzindo a quantidade de entrada de núcleo e reagentes. Este artigo fornece instruções detalhadas passo a passo para o método ATAC-seq validado para o uso de núcleos de adipócitos isolados de tecidos adiposos de camundongos. Este protocolo auxiliará na investigação da dinâmica da cromatina em adipócitos após diversos estímulos biológicos, o que permitirá novos insights biológicos.
O tecido adiposo, que é especializado para armazenar o excesso de energia na forma de moléculas lipídicas, é um órgão chave para a regulação metabólica. O controle rigoroso da formação e manutenção dos adipócitos é vital para a função do tecido adiposo e para a homeostase energética de todo o corpo1. Muitos reguladores transcricionais desempenham um papel crítico no controle da diferenciação, plasticidade e função dos adipócitos; Alguns desses reguladores estão implicados em distúrbios metabólicos em humanos 2,3. Avanços recentes em técnicas de sequenciamento de alto rendimento para expressão gênica e análise epigenômica têm facilitado ainda mais a descoberta dos reguladores moleculares da biologia dos adipócitos4. Estudos de perfis moleculares utilizando tecidos adiposos são desafiadores devido à heterogeneidade desses tecidos. O tecido adiposo é constituído principalmente por adipócitos, responsáveis pelo armazenamento de gordura, mas também contém vários outros tipos celulares, como fibroblastos, células endoteliais e células imunes5. Além disso, a composição celular do tecido adiposo é drasticamente alterada em resposta a mudanças fisiopatológicas, como temperaturae estado nutricional6. Para superar esses problemas, desenvolvemos previamente um camundongo repórter transgênico, denominado Nuclear Tagging and Translating Ribosome Affinity Purification (NuTRAP), que produz ribossomos marcados com GFP e núcleos biotinilados marcados com mCherry de maneira dependente de Cre recombinase7. O sistema de marcação dupla permite realizar análises transcriptômicas e epigenômicas específicas do tipo celular com tecidos. Usando camundongos NuTRAP cruzados com linhagens adiponectina-Cre específicas de adipócitos (Adipoq-NuTRAP), caracterizamos previamente perfis de expressão gênica e estados de cromatina de populações de adipócitos puros in vivo e determinamos como eles são alterados durante a obesidade 7,8. Anteriormente, camundongos NuTRAP cruzados com linhagens Ucp1-Cre específicas de adipócitos marrom e bege (Ucp1-NuTRAP) permitiram caracterizar o remodelamento epigenômico da rara população termogênica de adipócitos, adipócitos bege, em resposta a mudanças de temperatura9.
ATAC-seq é um método analítico amplamente utilizado para avaliar a acessibilidade da cromatina em todo o genoma. A transposase hiper-reativa Tn5 utilizada no ATAC-seq permite a identificação de regiões abertas da cromatina por meio da marcação de adaptadores de sequenciamento na região acessível à cromatina dos núcleos10. ATAC-seq é um método simples, mas fornece resultados robustos e é altamente eficiente mesmo com amostras de baixa entrada. Tornou-se, assim, um dos métodos de perfil epigenômico mais populares e tem contribuído para o entendimento dos mecanismos regulatórios da expressão gênica em diversos contextos biológicos. Desde que o protocolo ATAC-seq original foi criado, várias técnicas derivadas do ATAC-seq foram desenvolvidas para modificar e otimizar o protocolo para vários tipos de amostras. Por exemplo, o Fast-ATAC é projetado para analisar amostras de células sanguíneas11, o Omni-ATAC é um protocolo otimizado para amostras de tecido congelado 12 e o MiniATAC-seq é eficaz para análise embrionária em estágio inicial13. Entretanto, a aplicação do método ATAC-seq aos adipócitos, especialmente a partir de amostras de tecido, ainda é um desafio. Além da heterogeneidade do tecido adiposo, seu alto conteúdo lipídico pode interferir em reações eficientes de recombinação pela transposase Tn5 mesmo após o isolamento do núcleo. Além disso, o alto conteúdo mitocondrial em adipócitos, particularmente em adipócitos marrons e bege, causa alta contaminação do DNA mitocondrial e leituras de sequenciamento desperdiçadas. Este trabalho descreve um protocolo para ATAC-seq específico para adipócitos usando camundongos Adipoq-NuTRAP (Figura 1). Aproveitando a classificação de núcleos marcados com fluorescência, este protocolo permite a coleta de populações puras de núcleos de adipócitos longe de outros tipos de células de confusão e a remoção eficiente de lipídios, mitocôndrias e debris teciduais. Assim, este protocolo pode gerar dados de alta qualidade específicos do tipo celular e minimizar o desperdício de leituras mitocondriais enquanto usa uma quantidade reduzida de entrada e reagentes em comparação com o protocolo padrão.
Neste artigo, apresentamos um protocolo ATAC-seq otimizado para avaliar a acessibilidade da cromatina específica para adipócitos in vivo. Este protocolo ATAC-seq usando o camundongo Adipoq-NuTRAP gerou com sucesso perfis de acessibilidade à cromatina específica para adipócitos. O fator mais crítico para experimentos ATAC-seq bem-sucedidos e reprodutíveis é a qualidade do núcleo. É fundamental congelar imediatamente os tecidos adiposos dissecados em nitrogênio líquido e armazená-los com segurança a …
The authors have nothing to disclose.
Este trabalho foi apoiado pelo IUSM Showalter Research Trust Fund (para H.C.R.), um IUSM Center for Diabetes and Metabolic Diseases Pilot and Feasibility grant (para H.C.R.), o National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases (R01DK129289 to H.C.R.), e o American Diabetes Association Junior Faculty Award (7-21-JDF-056 to H.C.R.).
Animals | |||
Adiponectin-Cre mouse | The Jackson Laboratory | 28020 | |
NuTRAP mouse | The Jackson Laboratory | 29899 | |
Reagents & Materials | |||
1.5 mL DNA-LoBind tubes | Eppendorf | 86-923 | |
100 µm cell strainer | Falcon | 352-360 | |
15 mL tubes | VWR | 525-1071 | |
2x TD buffer | Illumina | 15027866 | |
384-well PCR plate | Applied biosystem | 4483285 | |
40 µm cell strainer | Falcon | 352-340 | |
50 mL tubes | VWR | 525-1077 | |
AMPure XP reagent (SPRI beads) | Beckman Coulter | A63881 | |
Bioanalyzer High Sensitivity DNA kit | Agilent Technologies | 5067-4626 | |
Clear adhesive film | Applied biosystem | 4306311 | |
DNase/RNase-free distilled water | Invitrogen | 10977015 | |
Dounce tissue grinder | DWK Life Sciences | 357542 | |
DTT | Sigma | D9779 | |
DynaMag-96 side skirted magnet | Thermo Fishers | 12027 | |
FACS tubes | Falcon | 28719128 | |
HEPES | Boston BioProducts | BBH-75 | |
Hoechst 33342 | Invitrogen | 2134015 | |
KCl (2 M) | Boston BioProducts | MT-252 | |
Magnetic separation rack for PCR 8-tube strips | EpiCypher | 10-0008 | |
MgCl2 (1 M) | Boston BioProducts | MT-200 | |
MinElute PCR purification kit | Qiagen | 28004 | |
NEBNext High-Fidelity 2x PCR master mix | BioLabs | M0541S | |
NP40 | Thermo Fishers | 28324 | |
PCR 8-tube strip | USA scientific | 1402-4708 | |
Protease inhibitor cocktail (100x) | Thermo Fishers | 78439 | |
Qubit dsDNA HS assay kit | Invitrogen | Q32851 | |
Sucrose | Sigma | S0389-1KG | |
SYBR Green I (10,000x) | Invitrogen | S7563 | |
TDE I enzyme | Illumina | 15027865 | |
Instruments | |||
Flow cytometer | BD Biosciences | FACSAria Fusion | |
Qubit fluorometer | Invitrogen | Q33226 | |
Real-Time PCR system | Thermo Fishers | QuantStudio 5 |