המיטוכונדריה הם אברונים מטבוליים מרכזיים המציגים רמה גבוהה של פלסטיות פנוטיפית בשריר השלד. ייבוא חלבונים מן הציטוסול הוא מסלול קריטי עבור biogenesis אברון, חיוני להרחבת הרשתית ותחזוקה של תפקוד מיטוכונדריאלי. לכן, יבוא חלבון משמש ברומטר של בריאות התא.
המיטוכונדריה הם אברונים מטבוליים ורגולטוריים מרכזיים הקובעים את אספקת האנרגיה, כמו גם את הבריאות הכללית של התא. בשריר השלד, המיטוכונדריה קיימת בסדרה של מורפולוגיות מורכבות, החל מאברונים אליפטיים קטנים ועד לרשת רחבה דמוית רשת רטיקולום. הבנת האופן שבו הרשתית המיטוכונדריאלית מתרחבת ומתפתחת בתגובה לגירויים מגוונים כגון שינויים בביקוש לאנרגיה כבר מזמן נושא למחקר. היבט מרכזי של גידול זה, או ביוגנזה, הוא ייבוא של חלבונים קודמים, המקודדים במקור על ידי הגנום הגרעיני, מסונתזים בציטוסול, והועברו לתאי משנה מיטוכונדריאליים שונים. המיטוכונדריה פיתחה מנגנון מתוחכם לתהליך יבוא זה, הכולל ערוצי ממברנה פנימיים וחיצוניים סלקטיביים רבים, המכונים מכונות ייבוא החלבון (PIM). הייבוא לתוך המיטוכונדריון תלוי בפוטנציאל הממברנה המעשית ובזמינות של ATP שמקורו באברונים באמצעות זרחן חמצוני. לכן המדידה שלה יכולה לשמש מידה של בריאות האברונים. ה- PIM מציג גם רמה גבוהה של פלסטיות אדפטיבית בשריר השלד המצמידה בחוזקה למצב האנרגיה של התא. לדוגמה, אימון תרגיל הוכח כדי להגדיל את יכולת הייבוא, בעוד שימוש בשרירים מפחית אותו, בקנה אחד עם שינויים סמנים של תוכן מיטוכונדריאלי. למרות ייבוא חלבון הוא צעד קריטי ביוגנזה והתרחבות של המיטוכונדריה, התהליך אינו נחקר באופן נרחב בשריר השלד. לכן, מאמר זה מתאר כיצד להשתמש במיטוכונדריה מבודדת ותפקודית מלאה משריר השלד כדי למדוד את יכולת ייבוא החלבון על מנת לקדם הבנה טובה יותר של השיטות המעורבות והערכה של חשיבות המסלול למחזור האברונים בפעילות גופנית, בריאות ומחלות.
המיטוכונדריה הם אברונים הקיימים במורפולוגיות מורכבות בסוגי תאים שונים ומוכרים כבעלי מערך הולך וגדל של פונקציות קריטיות לבריאות התא. ככאלה, הם כבר לא יכולים להיות מגולפים רק לאברונים המייצרים אנרגיה. המיטוכונדריה הם רגולטורים מטבוליים מרכזיים, דטרמיננטים של גורל התא, ורכזות איתות, הפונקציות של אשר יכול לשמש אינדיקטורים שימושיים של בריאות הסלולר הכללית. בתאי שריר השלד, מחקרי מיקרוסקופיה אלקטרונים חושפים את נוכחותם של תת-עכבישים מובהקים מבחינה גיאוגרפית (SS) ומיטוכונדריה בין-מיומיופיברילר (IMF), המציגים מידה מסוימת של קישוריות1,2,3,3,4 המוכרת כיום כדינמית מאוד ומסתגלת לשינויים ברמות פעילות שרירי השלד, כמו גם עם גיל ומחלות. תוכן מיטוכונדריאלי ותפקוד בשרירים ניתן להעריך בדרכים רבות5,6, ושיטות מסורתיות של בידוד אברונים הוחלו כדי להבין טוב יותר את היכולות הנשימתיות והאנזימטיות (Vmax) של המיטוכונדריה השונה מהשפעת המילייה התאי7,8. בפרט, שיטות מסורתיות אלה חשפו הבחנות ביוכימיות עדינות בין המיטוכונדריה המבודדת מאזורים תת-קרקעיים ואינטרמיופיברילרים, תוך הסתמכות על השלכות תפקודיות אפשריות על חילוף החומרים באזורים תת-תאיים אלה8,9,10,10,11.
הביוגנזה של המיטוכונדריה ייחודית בדרישה לתרומתם של מוצרי גנים הן מהדנ”א הגרעיני והן מהדנ”א המיטוכונדריאלי. עם זאת, הרוב המכריע של אלה נגזרים מהגרעין מאז שעתוק mtDNA רק מוביל לסינתזה של 13 חלבונים. מאז המיטוכונדריה בדרך כלל מורכבים >1000 חלבונים המעורבים במסלולים מטבוליים מגוונים, biogenesis של האברונית דורש אמצעי מוסדר היטב של ייבוא והרכבה של חלבונים מבשר מן הציטוסול לתוך תת-תאים מיטוכונדריאליים שונים כדי לשמור על stoichiometry תקין ותפקוד12,13. חלבונים המקודדים בגרעין המיועדים למיטוכונדריה נושאים בדרך כלל רצף מיקוד מיטוכונדריאלי (MTS) המכוון אותם לאברון ומאפשר את הלוקליזציה התת-מידורית שלהם. רוב החלבונים הקשורים למטריקס מכילים MTS N-terminal ניתן לסדוק, ואילו אלה המיועדים לקרום המיטוכונדריאלי החיצוני או הפנימי בדרך כלל יש תחומי מיקוד פנימיים14. תהליך הייבוא מתבצע על ידי קבוצה של ערוצים מגוונים המספקים אפיקים מרובים לכניסה לאברוגל13. הטרנסלוקאז של הממברנה החיצונית (TOM) מבשרי מבשרי מבשרי מהציטוסול לחלל הבין-קרקעי, שם הם מוכרים על ידי הטרנסלוקאז של קומפלקס הממברנה הפנימית (TIM). קומפלקס זה אחראי לייבוא מבשרי המקודדים בגרעין לתוך המטריצה, שם פרוטאזים מבקעים את מסוף N-terminal מיקוד presequence. חלבונים המיועדים לקרום החיצוני ניתן להכניס ישירות לתוך קרום זה דרך קומפלקס TOM, בעוד אלה המיועדים הממברנה הפנימית מוכנסים על ידי חלבון TIM, במיוחד TIM22. לאחר היבוא שלהם, חלבונים מעובדים עוד יותר על ידי פרוטאזים מקומיים ומלווים ולעתים קרובות לשלב כדי ליצור מתחמים גדולים יותר, כגון אלה שנמצאו בשרשרת הובלת האלקטרונים.
ייבוא חלבון מיטוכונדריאלי עצמו משמש גם כמדידה של בריאות המיטוכונדריה, שכן תהליך זה מסתמך על נוכחות של פוטנציאל ממברנה ומקור אנרגיה בצורה של ATP15. לדוגמה, כאשר פוטנציאל הממברנה מתפוגג, חלבון קינאז PINK1 לא יכול להילקח על ידי האברונית, וזה מוביל לאותות זרחן המפעילים את הופעת השפלה של האברונית דרך מסלול שנקרא mitophagy16,17. בנסיבות דומות, כאשר הייבוא מונע, החלבון ATF5 אינו יכול להיכנס לאברוגל, ולאחר מכן הוא עובר לגרעין, שם הוא משמש כגורם שעתוק לרגולציה של ביטוי הגנים UPR18,19. לפיכך, מדידת יעילות יבוא החלבון יכולה לספק תובנה מקיפה על בריאות האברונים, בעוד שניתן להשתמש בתגובת ביטוי הגנים כדי לציין את מידת האיתות המדרדר לגרעין.
למרות חשיבותו הברורה לביוגנזה של המיטוכונדריה ולבריאות התאים בכלל, מסלול היבוא במיטוכונדריה היונקים אינו מוערך להפליא. בדו”ח זה אנו מתארים את הצעדים הספציפיים הכרוכים במדידת ייבוא חלבונים מבשרים למיטוכונדריה של שרירי השלד ומספקים נתונים הממחישים את התגובה האדפטיבית של מערכת היבוא לשינויים בשרירים ובשימוש לרעה, הממחישים את תרומתו של יבוא החלבון לפלסטיות האדפטיבית של שרירי השלד.
המיטוכונדריה תלויה באופן ייחודי בביטוי ובתיאום של הגנום הגרעיני והמיטוכונדריאלי לסינתזה ולהתרחבות שלהם בתוך התאים. עם זאת, הגנום הגרעיני מקודד את הרוב המכריע (99%) של הפרוטאום המיטוכונדריאלי, וזה מדגיש את החשיבות של מכונות ייבוא החלבון בתמיכה ביוגנזה מיטוכונדריאלית. הייבוא משמש גם כאירוע…
The authors have nothing to disclose.
המחברים רוצים להודות לד”ר ג.C שור מאוניברסיטת מקגיל, ד”ר א. שטראוס מבית הספר לרפואה של וושינגטון, וד”ר .M.ט. ריאן מאוניברסיטת לה טרובה על התרומות המקוריות של פלסמידים ביטוי ששימשו למחקר זה. עבודה זו נתמכה על ידי מימון מהמועצה למדעי הטבע ומחקר ההנדסה של קנדה (NSERC) לD. A. Hood. ד.א. הוד הוא גם בעלים של יו”ר מחקר קנדה בפיזיולוגיה של התא.
0.2% BSA | Sigma | A2153 | |
35S-methionine | Perkin Elmer | NEG709A500UC | Purchase requires a valid radioisotope permit |
ATP | Sigma | A7699 | |
Blotting paper; Whatman 3MM CHR Paper | Thermo Fisher | 05-714-5 | |
Cassette for film | Kodak | Kodak Xomatic | |
Centrifugation Tube | Thermo Fisher | 3138-0050 | |
Chloroform | Thermo Fisher | C298-4 | |
DTT | Sigma | D9779-5G | |
EDTA | BioShop | EDT002 | |
EGTA | Sigma | E4378 | |
Gel Dryer | BioRad | Model 583 | |
Gel Drying Kit | Sigma or BioRad | Z377570-1PAK or OW-GDF-10 | Various options are commercially available through many companies, these are just as few examples. |
Glycerol | Caledon Laboratory Chemicals | 5350-1-40 | |
HEPES | Sigma | H3375 | |
High Speed Centrifuge | Beckman Coulter | Avanti J-25 Centrifuge | |
Homogenizer | IKA | T25 Digital Ultra Turrex | |
Isoamylalcohol, or 3-methylbutanol | Sigma | I9392 | |
KAc | BioShop | POA301.500 | |
KCl | Sigma | P3911 | |
M7G | New England Biolab | S1404S | Dilute with 1000ul 20mM HEPES to make 1mM stock |
MgCl | BioShop | MAG510 | |
MgSO4 | Thermo Fisher | M65-500 | |
MOPS | BioShop | MOP001 | |
NaCl | BioShop | SOD001 | |
NTP | Thermo Fisher | R0191 | |
OCT Plasmid | – | – | Donated from Dr. G. C. Shore, McGill University, Montreal, Canada; alternative available through Addgene, plasmid #71877 |
pGEM4Z/hTom40 Plasmid | – | – | Donated from Dr. M. T. Ryan, La Trobe University, Melbourne, Australia |
pGMDH Plasmid | – | – | Donated from Dr. A. Strauss, Washington University School of Medicine |
Phenol | Sigma | P4557 | |
Phenol:Chloroform:Isoamyalcohol | Sigma | P3803 | Can also be made with the ratio provided |
Phosphorus Film | Fujifilm | BAS-IP MS 2025 | |
Rabbit reticulocyte lysate | Promega | L4960 | Avoid freeze-thaw; aliquot lysate upon arrival; amino acids are provided in the kit as well |
RNAsin | Promega | N2311 | |
Rotor for High Speed Centrifuge | Beckman Coulter | JA-25.50 | |
SDS | BioShop | SDS001.500 | Caution: harmful if ingested or inhaled, wear a mask. |
Sodium acetate | Bioshop | SAA 304 | |
Sodium Carbonate | VWR | BDH9284 | |
Sodium salicylate | Millipore Sigma | 106601 | |
Sorbitol | Sigma | S6021 | |
SP6 RNA Polymerase | Promega | P1085 | |
Spectrophotometer | Thermo Fisher | Nanodrop 2000 | |
Spermidine | Sigma | S-2626 | |
Sucrose | BioShop | SUC507 | |
T7 RNA Polymerase | Promega | P2075 | |
Tabletop Centrifuge | Thermo Fisher | AccuSpin Micro 17 | |
Trichloroacetic acid | Thermo Fisher | A322-500 | |
Tris | BioShop | TRS001 | |
β-mercaptoethanol | Sigma | M6250-100ML |